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万見
- PDB-4kmd: Crystal structure of Sufud60-Gli1p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kmd
タイトルCrystal structure of Sufud60-Gli1p
要素
  • Sufu
  • Zinc finger protein GLI1
キーワードPROTEIN BINDING/TRANSCRIPTION / protein peptide complex / PROTEIN BINDING-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


notochord regression / GLI proteins bind promoters of Hh responsive genes to promote transcription / smoothened signaling pathway involved in ventral spinal cord interneuron specification / smoothened signaling pathway involved in spinal cord motor neuron cell fate specification / positive regulation of cellular response to drug / regulation of hepatocyte proliferation / GLI-SUFU complex / ventral midline development / epidermal cell differentiation / pituitary gland development ...notochord regression / GLI proteins bind promoters of Hh responsive genes to promote transcription / smoothened signaling pathway involved in ventral spinal cord interneuron specification / smoothened signaling pathway involved in spinal cord motor neuron cell fate specification / positive regulation of cellular response to drug / regulation of hepatocyte proliferation / GLI-SUFU complex / ventral midline development / epidermal cell differentiation / pituitary gland development / prostate gland development / proximal/distal pattern formation / ciliary tip / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / cerebellar cortex morphogenesis / coronary vasculature development / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / aorta development / ventricular septum development / regulation of osteoblast differentiation / skin development / ciliary base / smoothened signaling pathway / digestive tract morphogenesis / negative regulation of protein import into nucleus / heart looping / axoneme / spermatid development / negative regulation of osteoblast differentiation / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of DNA replication / neural tube closure / liver regeneration / Degradation of GLI1 by the proteasome / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / lung development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / response to wounding / osteoblast differentiation / transcription corepressor activity / microtubule binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / Sufu, C-terminal domain / Suppressor of fused / Suppressor of fused, eukaryotic / Suppressor of fused C-terminal / Suppressor of fused, N-terminal / Suppressor of fused, C-terminal domain superfamily / Suppressor of Fused Gli/Ci N terminal binding domain / Suppressor of fused-like domain / Suppressor of fused protein (SUFU) ...C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / Sufu, C-terminal domain / Suppressor of fused / Suppressor of fused, eukaryotic / Suppressor of fused C-terminal / Suppressor of fused, N-terminal / Suppressor of fused, C-terminal domain superfamily / Suppressor of Fused Gli/Ci N terminal binding domain / Suppressor of fused-like domain / Suppressor of fused protein (SUFU) / Gyrase A; domain 2 / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Zinc finger protein GLI1 / Suppressor of fused homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhang, Y. / Qi, X. / Zhang, Z. / Wu, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structural insight into the mutual recognition and regulation between Suppressor of Fused and Gli/Ci.
著者: Zhang, Y. / Fu, L. / Qi, X. / Zhang, Z. / Xia, Y. / Jia, J. / Jiang, J. / Zhao, Y. / Wu, G.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Experimental preparation
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sufu
B: Zinc finger protein GLI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7699
ポリマ－51,0622
非ポリマー7077
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sufu
B: Zinc finger protein GLI1
ヘテロ分子

A: Sufu
B: Zinc finger protein GLI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,53818
ポリマ－102,1244
非ポリマー1,41414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9340 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area30990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.830, 82.118, 149.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Sufu / SUFUH


分子量: 49380.262 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-285, 346-484 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUFU, UNQ650/PRO1280 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UMX1
#2: タンパク質・ペプチド Zinc finger protein GLI1 / Glioma-associated oncogene / Oncogene GLI


分子量: 1681.829 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 112-128 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08151
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細UNP RESIDUES 286-345 ARE DELETION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.32 % / Mosaicity: 0.571 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium Chloride, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2013年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 47766 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.767.30.48947691.0041100
1.76-1.837.30.34947621.0161100
1.83-1.917.30.243480811100
1.91-2.027.30.16947930.9971100
2.02-2.147.40.12447890.991100
2.14-2.317.40.09648111.0091100
2.31-2.547.30.08548341.0281100
2.54-2.917.30.09248431.016199.9
2.91-3.666.90.07547681.021197.3
3.66-506.40.05245891.001190.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KM8

4km8


解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 4.13 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2221 2416 5.1 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.196 47718 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.48 Å2 / Biso mean: 29.618 Å2 / Biso min: 4.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2987 0 44 223 3254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0741.9634227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4965377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.07624145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54915495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6551517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.511.51879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97823039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.34331235
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1994.51186
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 182 -
Rwork0.215 3351 -
all-3533 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42230.1738-0.15210.5231-0.02561.4790.03760.04240.0180.00940.02450.006-0.07130.0936-0.06210.01240.00370.00630.04580.0040.0542-20.354815.338415.9858
215.2211-1.8123-0.92725.5891-1.76316.1879-0.0443-0.0643-0.4471-0.09540.12390.25510.2092-0.0866-0.07970.0501-0.02340.01730.05170.00410.0422-23.234914.950512.4725
30.51960.3315-0.39440.5268-0.14271.64760.01050.0486-0.00010.03210.01480.0018-0.07280.0689-0.02530.009700.00240.0273-0.00190.0174-21.690314.614318.0328
42.8401-0.26932.28217.3843-4.45974.3024-0.1260.1663-0.057-1.1039-0.3236-0.65010.57350.36150.44960.47250.08220.2770.1904-0.04690.4338-24.43162.971124.5234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 480
2X-RAY DIFFRACTION2B119 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3A602 - 817
4X-RAY DIFFRACTION3B201 - 206
5X-RAY DIFFRACTION4A501 - 506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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