PDB-4km4: E. coli alkaline phosphatase mutant S102G/R166S in complex with i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4km4

タイトル

E. coli alkaline phosphatase mutant S102G/R166S in complex with inorganic phosphate

要素

Alkaline phosphatase

キーワード

HYDROLASE / Phosphate Monoester Hydrolase / periplasmic

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on phosphorus or arsenic in donors / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / hydrogenase (acceptor) activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / magnesium ion binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Andrews, L.D. / Fenn, T.D. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: Ground state destabilization by anionic nucleophiles contributes to the activity of phosphoryl transfer enzymes.
著者: Andrews, L.D. / Fenn, T.D. / Herschlag, D.

履歴

登録	2013年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4km4.cif.gz	297.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4km4.ent.gz	250.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4km4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4km4_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4km4_full_validation.pdf.gz	454 KB	表示
XML形式データ	4km4_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	4km4_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4km4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4km4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1alkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ely-d 4yr1-d 1ura-d 1kh4-d 1y6v-d 3dpc-d 2g9y-d 2ga3-d 1ew9-d 1ajb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alkaline phosphatase

B: Alkaline phosphatase

ヘテロ分子

93.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.935, 160.935, 139.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Alkaline phosphatase / APase 分子量: 46537.742 Da / 分子数: 2 / 変異: S102G, R166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: phoA, b0383, JW0374 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00634, alkaline phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Equal parts 23.5 mg/mL enzyme in 10 mM NaMOPS and 50 mM NaCl and 0.2 M NH4F, 17-21% PEG 3350, and 500 uM ZnCl2, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2011年6月6日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 26488 / % possible obs: 99.21 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.4 % / R_merge(I) obs: 0.337 / R_sym value: 0.41 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
Blu-Ice	データ収集
PHASER	位相決定
FFX	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ALK

1alk

解像度: 2.8→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.296114	1335	5 %	RANDOM
R_work	0.232049	-	-	-
all	-	26488	-	-
obs	-	26488	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6530	0	16	0	6546

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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