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- PDB-4kl7: Crystal structure of the catalytic domain of RpfB from Mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kl7
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of RpfB from Mycobacterium tuberculosis
要素Resuscitation-promoting factor RpfB
キーワードHYDROLASE / cell wall hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy exit of symbiont in host / positive regulation of growth rate / 加水分解酵素 / quorum sensing / regulation of cell population proliferation / hydrolase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Resuscitation-promoting factor, domain of unknown function DUF348 / G5-linked-Ubiquitin-like domain / Resuscitation-promoting factor, core lysozyme-like domain / : / Transglycosylase-like domain / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / Lysozyme - #10 ...Resuscitation-promoting factor, domain of unknown function DUF348 / G5-linked-Ubiquitin-like domain / Resuscitation-promoting factor, core lysozyme-like domain / : / Transglycosylase-like domain / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Resuscitation-promoting factor RpfB / Resuscitation-promoting factor RpfB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Squeglia, F. / Romano, M. / Ruggiero, A. / Berisio, R.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2013
タイトル: Carbohydrate Recognition by RpfB from Mycobacterium tuberculosis Unveiled by Crystallographic and Molecular Dynamics Analyses.
著者: Squeglia, F. / Romano, M. / Ruggiero, A. / Vitagliano, L. / De Simone, A. / Berisio, R.
履歴
登録2013年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Resuscitation-promoting factor RpfB
B: Resuscitation-promoting factor RpfB
C: Resuscitation-promoting factor RpfB
D: Resuscitation-promoting factor RpfB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3306
ポリマ－34,1374
非ポリマー1922
水9,296516
1
A: Resuscitation-promoting factor RpfB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6302
ポリマ－8,5341
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Resuscitation-promoting factor RpfB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6302
ポリマ－8,5341
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Resuscitation-promoting factor RpfB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5341
ポリマ－8,5341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Resuscitation-promoting factor RpfB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5341
ポリマ－8,5341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.427, 51.595, 66.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Resuscitation-promoting factor RpfB


分子量: 8534.348 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 283-362 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: rv37 / 遺伝子: rpfB, Rv1009, MT1038, MTC1237.26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O05594, UniProt: P9WG29*PLUS, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 6 mg mL-1, 0,5% (w/v) PEG8000, 1M ammonium sulphate, 0,1 M Hepes, pH 7.5, and 120 mM benzamidine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: Saturn944 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. all: 38135 / Num. obs: 38135 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→25.327 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.347 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19221 2076 5.1 %RANDOM
Rwork0.14487 ---
obs0.14727 -82.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.104 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å2-0.39 Å2
2--1.16 Å20 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→25.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 10 516 2918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.8893360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0883.0043836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.785316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.80123.226124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48715316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8811524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.361.51552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5461.5680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09422404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0543912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3874.5956
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.49334080
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.6933531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.21634018
LS精密化 シェル解像度: 1.451→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 114 -
Rwork0.162 2076 -
obs--61.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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