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- PDB-4kki: Crystal Structure of Haptocorrin in Complex with CNCbl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kki
タイトルCrystal Structure of Haptocorrin in Complex with CNCbl
要素Transcobalamin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Cobalamin transport protein / alpha6-alpha6 helical barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of RCbl within the body / Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / cobalt ion transport / cobalamin transport / molecular sequestering activity / cobalamin binding / specific granule lumen / tertiary granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel ...Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANOCOBALAMIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Transcobalamin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Furger, E. / Frei, D.C. / Schibli, R. / Fischer, E. / Prota, A.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for universal corrinoid recognition by the cobalamin transport protein haptocorrin.
著者: Furger, E. / Frei, D.C. / Schibli, R. / Fischer, E. / Prota, A.E.
履歴
登録2013年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcobalamin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,30921
ポリマ－52,1971
非ポリマー4,11220
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.890, 149.890, 57.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 A

#1: タンパク質 Transcobalamin-1 / TC-1 / Transcobalamin I / TC I / TCI


分子量: 52196.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 GnTI- / 遺伝子: TC1, TCN1 / プラスミド: pcDNA4/myc-His A / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20061
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 147分子

#3: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.56 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.5
詳細: 50% PEG 400, 0.2M magnesium chloride, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0015
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月25日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR, SAGITTALLY - HORIZONTALLY FOCUSSED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49 Å / Num. obs: 31018 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1.485 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Rsym value: 1.485 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 2PMV, 2BB6

2pmv

2bb6


解像度: 2.35→49 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 1565 5.05 %
Rwork0.196 --
obs0.197 31015 100 %
all-31018 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3116 0 269 134 3519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6834661
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0371303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002571
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.42580.30221570.26872652X-RAY DIFFRACTION100
2.4258-2.51250.28121350.25262670X-RAY DIFFRACTION100
2.5125-2.61310.29161280.2282651X-RAY DIFFRACTION100
2.6131-2.7320.29221340.22082672X-RAY DIFFRACTION100
2.732-2.8760.2891370.22182660X-RAY DIFFRACTION100
2.876-3.05620.25811360.21762680X-RAY DIFFRACTION100
3.0562-3.29210.2461510.22142622X-RAY DIFFRACTION100
3.2921-3.62330.23861500.19612688X-RAY DIFFRACTION100
3.6233-4.14740.22431220.17522703X-RAY DIFFRACTION100
4.1474-5.22440.19561680.16452684X-RAY DIFFRACTION100
5.2244-49.07370.19371470.19422768X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

S33: 0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4661-0.2342-0.42332.01360.32491.8127-0.058-0.0157-0.18870.0238-0.02590.0503-0.0191-0.08970.2079-0.015-0.02580.25630.0390.2608-27.55348.97217.5992
21.03850.08010.59850.33110.2290.3384-0.14370.0562-0.04270.0460.0877-0.09330.09430.42520.3184-0.022-0.02330.68710.02680.4658-1.387745.484813.6403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:294)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 331:411)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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