[日本語] English
万見
- PDB-4kjm: Crystal structure of the Staphylococcus aureus protein (NP_646141... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kjm
タイトルCrystal structure of the Staphylococcus aureus protein (NP_646141.1, domain 3912-4037) similar to streptococcal adhesins emb and ebhA/ebhB
要素Extracellular matrix-binding protein ebh
キーワードCELL ADHESION / ADHESIN / MCSG / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / PSI-Biology / hypothetical protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Extracellular matrix-binding protein Ebh domain / : / Domain of unknown function DUF1542 / Domain of Unknown Function (DUF1542) / Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / FIVAR domain / Immunoglobulin FC, subunit C ...Extracellular matrix-binding protein Ebh domain / : / Domain of unknown function DUF1542 / Domain of Unknown Function (DUF1542) / Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / FIVAR domain / Immunoglobulin FC, subunit C / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Extracellular matrix-binding protein ebh / Extracellular matrix-binding protein ebh
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cymborowski, M. / Shabalin, I.G. / Joachimiak, G. / Chruszcz, M. / Gornicki, P. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Staphylococcus aureus protein (NP_646141.1, domain 3912-4037) similar to streptococcal adhesins emb and ebhA/ebhB
著者: Cymborowski, M. / Shabalin, I.G. / Joachimiak, G. / Chruszcz, M. / Gornicki, P. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2013年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年5月29日ID: 1XVH
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Structure summary
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Extracellular matrix-binding protein ebh
B: Extracellular matrix-binding protein ebh
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,65927
ポリマ－27,2352
非ポリマー1,42425
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-443 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
2
A: Extracellular matrix-binding protein ebh
B: Extracellular matrix-binding protein ebh
ヘテロ分子

A: Extracellular matrix-binding protein ebh
B: Extracellular matrix-binding protein ebh
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,31954
ポリマ－54,4704
非ポリマー2,84850
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area10770 Å2
ΔGint-1062 kcal/mol
Surface area22480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.783, 59.230, 88.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-341-

HOH

21A-342-

HOH

31B-374-

HOH

41B-376-

HOH

51B-410-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 128 / Label seq-ID: 3 - 128

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Extracellular matrix-binding protein ebh / ECM-binding protein homolog


分子量: 13617.561 Da / 分子数: 2 / 断片: APC298NP_646141.1 domain (UNP residues 3912-4037) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MW2 / 遺伝子: 1003436, ebh / プラスミド: PG117 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21magic / 参照: UniProt: A8Z414, UniProt: Q8NWQ6*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 318分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 2.5M NACL, 0.1M IMIDAZOLE, 0.2M ZN(ACO)2, PH 8.00, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98011, 0.98031, 0.96487
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980111
20.980311
30.964871
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 18707 / Num. obs: 18652 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 55.027
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 16.1 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 12.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.7.0029. HKL3000精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 6.368 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22986 944 5.1 %RANDOM
Rwork0.18542 ---
all0.18767 17632 --
obs0.18767 17530 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.356 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å2-0 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1757 0 28 293 2078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.9232467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11233886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5595244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34328.35197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17115297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.158154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6317 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 79 -
Rwork0.202 1253 -
obs-1332 98.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92253.3604-0.717215.31046.068425.5510.0630.0434-0.02780.27830.0896-0.20730.355-0.1161-0.15260.17650.03860.05640.11560.01810.19587.46213.7185.328
23.12672.4329-0.72435.3786-1.57096.2068-0.0368-0.06850.10220.11680.1369-0.1134-0.5047-0.1326-0.10020.059-0.01680.02250.1022-0.03220.1343.42111.76724.215
33.04241.4828-2.52847.2141-6.254410.4407-0.00540.40430.1276-0.10620.12610.3216-0.6388-0.7593-0.12070.2861-0.00410.00210.218500.25553.84320.3239.783
41.0675-0.401-0.06315.3755-9.189117.71410.0208-0.1390.1173-0.1256-0.234-0.3654-0.08530.6890.21320.1262-0.09420.02890.1415-0.02650.211.16713.14123.368
52.1781.3733-1.35241.9618-0.03285.1970.1458-0.5358-0.15010.3699-0.1654-0.2372-0.0140.48430.01970.0922-0.0197-0.06260.31660.02640.09427.1680.70148.971
610.8622-2.355-3.9120.757-1.40722.19420.42490.05040.0297-0.1221-0.04620.02920.14750.1326-0.37870.12740.01390.00590.23870.00750.213714.016-3.70534.729
72.75550.41381.57891.0647-0.52376.4880.19530.0121-0.3277-0.2198-0.0484-0.2080.7140.3334-0.14690.11110.0324-00.1669-0.01520.222112.531-6.66418.597
822.61865.38428.8215.13423.643315.42980.3439-0.8961-0.77231.618-0.0867-0.50961.47050.7623-0.25730.33930.0533-0.09450.26220.13760.132520.123-10.17536.155
93.5564-0.77817.97722.1562-4.171821.386-0.1250.0413-0.03680.0597-0.0815-0.4766-0.28220.41380.20650.00960.0318-0.02020.2729-0.04490.324218.783-1.65822.654
102.83150.25940.67091.1692-0.29464.9388-0.12470.39780.1829-0.44580.2019-0.1478-0.3210.3466-0.07730.273-0.07780.06330.12470.00730.07846.0954.95-6.256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2A12 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3A35 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4A57 - 83
5X-RAY DIFFRACTION5A84 - 128
6X-RAY DIFFRACTION6B3 - 12
7X-RAY DIFFRACTION7B13 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8B43 - 56
9X-RAY DIFFRACTION9B57 - 77
10X-RAY DIFFRACTION10B78 - 128

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る