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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kiv | ||||||
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タイトル | RECOMBINANT KRINGLE IV-10/W72R MUTANT OF HUMAN APOLIPOPROTEIN(A) | ||||||
要素 | APOLIPOPROTEIN | ||||||
キーワード | LYSINE BINDING SITE / SITE MUTATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma lipoprotein particle / LDL remodeling / blood circulation / lipid transport / endopeptidase inhibitor activity / apolipoprotein binding / fibronectin binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / lipid metabolic process / heparin binding ...plasma lipoprotein particle / LDL remodeling / blood circulation / lipid transport / endopeptidase inhibitor activity / apolipoprotein binding / fibronectin binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / lipid metabolic process / heparin binding / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Mochalkin, I. / Tulinsky, A. / Scanu, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Recombinant kringle IV-10 modules of human apolipoprotein(a): structure, ligand binding modes, and biological relevance. 著者: Mochalkin, I. / Cheng, B. / Klezovitch, O. / Scanu, A.M. / Tulinsky, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kiv.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kiv.ent.gz | 18.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kiv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/4kiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/4kiv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9170.088 Da / 分子数: 1 / 断片: KRINGLE IV-10 / 変異: W72R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: KIV-10/W72R MUTANT OF HUMAN APOLIPOPROTEIN(A) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08519 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | N-TERMINAL (VR) AND C-TERMINAL (SDTEGTV) INTERKRINGULAR PARTS ARE DISORDERED. SIDE CHAIN FOR ...N-TERMINAL (VR) AND C-TERMINAL (SDTEGTV) INTERKRING |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日 / 詳細: MSC-YALE MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→24.3 Å / Num. obs: 6494 / % possible obs: 64 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 45 |
反射 | *PLUS Num. obs: 2241 / Num. measured all: 6494 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 45 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→7 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |