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万見
- PDB-4kij: Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type II ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kij
タイトルDesign and structural analysis of aromatic inhibitors of type II dehydroquinase dehydratase from Mycobacterium tuberculosis - compound 35c [3,4-dihydroxy-5-(3-nitrophenoxy)benzoic acid]
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードLyase/Lyase Inhibitor / dehydratase / Lyase-Lyase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-dihydroxy-5-(3-nitrophenoxy)benzoic acid / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dias, M.V.B. / Howard, N.G. / Blundell, T.L. / Abell, C.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2015
タイトル: Design and Structural Analysis of Aromatic Inhibitors of Type II Dehydroquinase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Howard, N.I. / Dias, M.V. / Peyrot, F. / Chen, L. / Schmidt, M.F. / Blundell, T.L. / Abell, C.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9253
ポリマ－16,5991
非ポリマー3272
水54030
1
A: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,10636
ポリマ－199,18612
非ポリマー3,92024
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation16_545x,-y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation19_545-z,-x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation21_545y,z-1/2,x+1/21
crystal symmetry operation27_455-x-1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation29_455z-1/2,x,y+1/21
crystal symmetry operation36_455-y-1/2,-z,x+1/21
crystal symmetry operation38_445-x-1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation42_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation46_445-y-1/2,z-1/2,-x1
Buried area27910 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area53650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.980, 126.980, 126.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CL

21A-313-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase


分子量: 16598.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: aroD, aroQ, MT2612, MTCY159.19, Rv2537c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3)
参照: UniProt: P0A4Z6, UniProt: P9WPX7*PLUS, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-KIJ / 3,4-dihydroxy-5-(3-nitrophenoxy)benzoic acid


分子量: 291.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9NO7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes, 25% PEG 6000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9716 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9716 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.9 Å / Num. all: 4288 / Num. obs: 4286 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→25.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 17.22 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 195 4.6 %RANDOM
Rwork0.1901 ---
obs0.1929 4281 99.63 %-
all-4286 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.94 Å2 / Biso mean: 26.1213 Å2 / Biso min: 2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1077 0 22 30 1129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7681.9821523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6135141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.8823.26549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.60115174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1971510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021855
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 14 -
Rwork0.264 289 -
all-303 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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