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万見
- PDB-4kiw: Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type II ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kiw
タイトルDesign and structural analysis of aromatic inhibitors of type II dehydroquinate dehydratase from Mycobacterium tuberculosis - compound 49e [5-[(3-nitrobenzyl)amino]benzene-1,3-dicarboxylic acid]
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードLyase/Lyase Inhibitor / dehydratase / Lyase-Lyase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KIW / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Dias, M.V.B. / Howard, N.G. / Blundell, T.L. / Abell, C.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2015
タイトル: Design and Structural Analysis of Aromatic Inhibitors of Type II Dehydroquinase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Howard, N.I. / Dias, M.V. / Peyrot, F. / Chen, L. / Schmidt, M.F. / Blundell, T.L. / Abell, C.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
E: 3-dehydroquinate dehydratase
F: 3-dehydroquinate dehydratase
G: 3-dehydroquinate dehydratase
H: 3-dehydroquinate dehydratase
I: 3-dehydroquinate dehydratase
J: 3-dehydroquinate dehydratase
K: 3-dehydroquinate dehydratase
L: 3-dehydroquinate dehydratase
M: 3-dehydroquinate dehydratase
N: 3-dehydroquinate dehydratase
O: 3-dehydroquinate dehydratase
P: 3-dehydroquinate dehydratase
Q: 3-dehydroquinate dehydratase
R: 3-dehydroquinate dehydratase
S: 3-dehydroquinate dehydratase
T: 3-dehydroquinate dehydratase
U: 3-dehydroquinate dehydratase
V: 3-dehydroquinate dehydratase
W: 3-dehydroquinate dehydratase
X: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,46146
ポリマ－431,50324
非ポリマー6,95822
水19,8351101
1
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
E: 3-dehydroquinate dehydratase
F: 3-dehydroquinate dehydratase
G: 3-dehydroquinate dehydratase
H: 3-dehydroquinate dehydratase
I: 3-dehydroquinate dehydratase
J: 3-dehydroquinate dehydratase
K: 3-dehydroquinate dehydratase
L: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,91422
ポリマ－215,75212
非ポリマー3,16310
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26630 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area55580 Å2
手法PISA
2
M: 3-dehydroquinate dehydratase
N: 3-dehydroquinate dehydratase
O: 3-dehydroquinate dehydratase
P: 3-dehydroquinate dehydratase
Q: 3-dehydroquinate dehydratase
R: 3-dehydroquinate dehydratase
S: 3-dehydroquinate dehydratase
T: 3-dehydroquinate dehydratase
U: 3-dehydroquinate dehydratase
V: 3-dehydroquinate dehydratase
W: 3-dehydroquinate dehydratase
X: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,54724
ポリマ－215,75212
非ポリマー3,79512
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26450 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area55090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.710, 135.220, 143.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ...
3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase


分子量: 17979.303 Da / 分子数: 24 / 断片: aroD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: aroD, aroQ, MT2612, MTCY159.19, Rv2537c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3)
参照: UniProt: P0A4Z6, UniProt: P9WPX7*PLUS, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物...
ChemComp-KIW / 5-[(3-nitrobenzyl)amino]benzene-1,3-dicarboxylic acid


分子量: 316.266 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12N2O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8
詳細: 0.15M KBr, 30% PEG 5000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9716 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月20日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9716 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→142.781 Å / Num. all: 99630 / Num. obs: 99630 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.57-2.714.10.74710.747185.3
2.71-2.874.10.5051.40.505185.6
2.87-3.074.10.3422.20.342186.5
3.07-3.324.10.2153.40.215187.1
3.32-3.634.10.1464.90.146187.1
3.63-4.064.10.1016.80.101186.4
4.06-4.694.20.0797.50.079185.5
4.69-5.754.10.1075.30.107184.8
5.75-8.134.10.0698.30.069182.8
8.13-67.614.40.03715.70.037181.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.57→67.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 15.433 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.433 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: LARGE DIFFERENCE BETWEEN R_FREE AND R_WORK, HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29379 4996 5 %RANDOM
Rwork0.19716 ---
obs0.20195 94578 85.21 %-
all-99630 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.068 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å20.01 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→67.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25342 0 506 1101 26949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01926302
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.98335813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.40253318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19223.3851152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.537154107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.98215226
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.24181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02120108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9053.6313368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1055.43216654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0833.81312934
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.637 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 376 -
Rwork0.331 6957 -
obs--84.95 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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