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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ki3 | ||||||
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タイトル | 1.70 Angstrom resolution crystal structure of outer-membrane lipoprotein carrier protein (lolA) from Yersinia pestis CO92 | ||||||
要素 | Outer-membrane lipoprotein carrier protein | ||||||
キーワード | CHAPERONE / IDP02066 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases | ||||||
機能・相同性 | Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis biovar Medievalis (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: 1.70 Angstrom resolution crystal structure of outer-membrane lipoprotein carrier protein (lolA) from Yersinia pestis CO92 著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ki3.cif.gz | 465.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ki3.ent.gz | 383.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ki3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ki3_validation.pdf.gz | 565.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ki3_full_validation.pdf.gz | 606.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ki3_validation.xml.gz | 94.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ki3_validation.cif.gz | 134.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/4ki3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/4ki3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3ksnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20383.354 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia pestis biovar Medievalis (ペスト菌) 株: Harbin 35 / 遺伝子: lolA, YPC_2798 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: E8P443 #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 3350 20% w/v NH4 dihydrogen Phosphate 0.2M, protein at 34 mg/mL, cryo- 20% glycerol+paratone, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月9日 / 詳細: Be-Lenses | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 207123 / Num. obs: 207123 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.22 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 10516 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3KSN 解像度: 1.7→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.607 / SU ML: 0.082 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.516 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.738 Å / Total num. of bins used: 20
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