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- PDB-4khz: Crystal structure of the maltose-binding protein/maltose transpor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4khz
タイトルCrystal structure of the maltose-binding protein/maltose transporter complex in an pre-translocation conformation bound to maltoheptaose
要素
  • (Binding-protein-dependent transport systems inner membrane ...) x 2
  • Maltose transport system permease protein MalF
  • Maltose-binding periplasmic protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / ATPase Maltodextrin transporter / ATP binding maltodextrin binding / inner membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport ...ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain ...MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain / MalF, N-terminal region, transmembrane helices / MetI-like fold / MetI-like / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Nucleic acid-binding proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / alpha-maltotetraose / Chem-PGV / : / : / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Oldham, M.L. / Chen, S. / Chen, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for substrate specificity in the Escherichia coli maltose transport system.
著者: Oldham, M.L. / Chen, S. / Chen, J.
履歴
登録2013年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Maltose-binding periplasmic protein
F: Maltose transport system permease protein MalF
G: Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component
A: Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component
B: Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,4878
ポリマ－215,5675
非ポリマー1,9203
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.253, 92.221, 117.814
Angle α, β, γ (deg.)90.73, 101.68, 103.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Biological assembly is composed of chains A,B,E,F, and G

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 EF

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 41898.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4034, JW3994, malE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD126 / 参照: UniProt: P0AEX9
#2: タンパク質 Maltose transport system permease protein MalF


分子量: 57052.898 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 27-396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4033, JW3993, malF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD126 / 参照: UniProt: P02916

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Binding-protein-dependent transport systems inner membrane ... , 2種, 3分子 GAB

#3: タンパク質 Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component / Part of maltose permease / inner membrane component


分子量: 32246.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12, DH1 / 遺伝子: ECDH1ME8569_3888, EcDH1_3964, malG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD126 / 参照: UniProt: C9QV46
#4: タンパク質 Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component / Part of maltose permease / inner membrane component


分子量: 42184.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12, DH1
遺伝子: ECDH1ME8569_3888, EcDH1_3964, malG, malK, O3O_01670
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD126 / 参照: UniProt: C9QV42

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糖 , 2種, 2分子

#5: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 54分子

#7: 化合物 ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% poly-ethylene glycol 400, 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 100 mM sodium HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.07216 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07216 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 52859 / Num. obs: 52859 / % possible obs: 77.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 30.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 42.703 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.527 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2438 5 %RANDOM
Rwork0.24338 ---
obs0.24539 46052 71.65 %-
all-46052 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.709 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20.6 Å20.22 Å2
2---0.27 Å2-0.01 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14535 0 119 53 14707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01914985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7861.97720364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.656333703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.48251868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.18124.26622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.595152495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2971578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.22351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02116783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023349
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5995.1237490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5995.1237489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0637.6859352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4775.1867495
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 8 -
Rwork0.369 430 -
obs--8.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.7072-0.2605-3.002610.65387.54266.79090.2245-1.04060.7310.6559-0.84670.8666-0.3714-0.83450.62220.9210.2563-0.26640.75740.02340.423-0.78790.54929.957
23.6211-1.5962-1.04936.20842.64717.3022-0.2160.3427-0.0685-0.9353-0.0183-0.104-1.1001-0.10590.23430.4427-0.1584-0.03110.14610.05160.199910.60879.27220.329
30.3296-0.7696-1.10293.76974.56718.4341-0.1651-0.0136-0.0455-0.1460.1634-0.3896-0.23710.57580.00170.2865-0.14580.07170.28290.05180.290814.39981.3637.503
410.21680.4373-1.525411.83334.17699.1426-0.0526-0.2335-0.0250.4409-0.2550.38610.1406-0.40510.30760.2622-0.07850.02950.3269-0.12180.16522.52796.42865.775
53.879-2.42912.53326.9435-0.97945.4002-0.2101-0.5895-0.0581.03010.1733-0.5421-0.01020.06640.03680.4733-0.12270.0040.3133-0.00080.253113.85484.463.056
611.60640.97585.49755.44373.142915.3419-0.31430.7267-0.6376-0.3202-0.1084-1.25630.17152.06060.42260.81930.3081-0.2670.41270.08010.6722.49745.06948.66
74.9367-2.56822.09175.34920.99783.39240.1752-0.2892-0.54050.5156-0.08720.29690.5071-0.2961-0.0880.453-0.0256-0.04670.23620.10350.12574.89948.98150.361
85.01310.72121.26474.37620.85592.7790.0032-0.17430.40290.213-0.0372-0.20080.1290.0840.0340.23180.0532-0.00190.28140.02360.143112.7962.75151.705
910.386-5.0037-6.123521.20849.04895.59180.0437-0.47830.6739-1.16620.18290.3562-0.40070.2983-0.22660.2846-0.1669-0.1631.68640.35561.725852.13672.47649.388
102.5543-0.74770.75457.8869-1.32413.68120.00180.2590.4512-0.042-0.2345-2.4135-0.16361.28860.23270.1583-0.02410.03471.01140.03961.268937.99377.02749.615
111.67530.6012-0.32672.8358-0.84524.0118-0.0031-0.1337-0.04410.0217-0.21370.32630.4168-0.60660.21680.0803-0.12690.02580.2213-0.07450.2016-30.72816.802-14.759
124.7372-1.8264-1.16065.54850.89373.64950.1848-0.0698-0.1083-0.0717-0.37660.73270.6174-1.43290.19180.2008-0.34140.03460.6959-0.06970.3843-39.82816.645-8.437
1312.15812.12690.794212.25922.07510.2147-1.65721.27530.9854-1.71961.27941.0503-0.7769-0.07410.37781.16870.3705-0.46030.99150.27421.2563-19.59967.337-14.196
143.07081.31471.99981.06341.37143.0911-0.6888-0.02230.7947-0.872-0.20620.5496-1.4906-0.54560.8951.00430.3591-0.36950.3505-0.02690.771-25.74658.03-8.002
153.4985-0.2535-1.39694.25690.09486.20740.03050.42860.4559-0.9613-0.27040.2802-0.749-0.5860.23990.71550.1413-0.10550.28360.11550.2707-26.93637.638-46.711
162.34310.32041.09461.9161-3.560713.43670.1102-0.0647-0.0487-0.3919-0.10190.7740.4916-1.1984-0.00830.21350.3382-0.25850.9395-0.27461.016-47.8146.835-13.156
174.46040.48560.43463.04920.6053.58060.1842-0.3220.40860.6388-0.2327-0.10980.449-0.09050.04850.2102-0.08390.05580.1590.00690.1878-14.08535.06919.158
182.03621.72451.80661.79892.53654.90070.4021-0.2853-0.04150.5954-0.2934-0.09790.9066-0.3905-0.10870.4558-0.1358-0.04670.22660.08870.33-14.50436.13324.704
193.0917-1.73130.743.9261-2.56781.86350.0949-0.0118-0.19490.34790.02260.5072-0.2754-0.3367-0.11750.19530.02840.02340.9292-0.52190.5916-33.49140.2537.068
201.639-0.93671.71441.4172-2.0213.23950.913-0.2348-0.6409-0.4374-0.41190.1841.37470.495-0.50111.77210.0396-0.40470.43950.09450.6044-3.88822.30518.325
213.52332.19670.91951.38850.44113.6025-0.61220.5013-0.1198-0.40550.3295-0.0473-0.23440.56550.28270.1597-0.13940.0050.16590.05070.2077-6.15839.188-3.314
222.96221.51271.78458.51511.279614.9785-0.3362-1.16181.0062-0.8534-0.85111.0156-1.1057-1.07771.18730.63890.1375-0.16120.5254-0.2490.8076-23.04556.5316.212
231.96123.20050.74156.71392.32051.1256-0.0360.01130.2716-0.671-0.04090.378-0.5282-0.02180.07680.4445-0.0846-0.07370.21980.08130.2572-6.24257.6425.806
242.76081.4064-1.14958.66934.34864.01120.43420.1523-0.0244-0.1009-0.1863-0.5011-0.2620.1165-0.24790.1220.11770.00310.270.04850.1211-10.90933.436-1.206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3A121 - 254
4X-RAY DIFFRACTION4A255 - 284
5X-RAY DIFFRACTION5A285 - 371
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 28
7X-RAY DIFFRACTION7B29 - 116
8X-RAY DIFFRACTION8B117 - 244
9X-RAY DIFFRACTION9B245 - 266
10X-RAY DIFFRACTION10B267 - 274
11X-RAY DIFFRACTION10B277 - 371
12X-RAY DIFFRACTION11E1 - 307
13X-RAY DIFFRACTION11E501 - 504
14X-RAY DIFFRACTION12E308 - 370
15X-RAY DIFFRACTION13F18 - 49
16X-RAY DIFFRACTION14F50 - 116
17X-RAY DIFFRACTION15F117 - 219
18X-RAY DIFFRACTION16F220 - 274
19X-RAY DIFFRACTION17F275 - 340
20X-RAY DIFFRACTION18F341 - 439
21X-RAY DIFFRACTION18F601 - 603
22X-RAY DIFFRACTION18F604
23X-RAY DIFFRACTION19F440 - 505
24X-RAY DIFFRACTION20G2 - 59
25X-RAY DIFFRACTION21G60 - 114
26X-RAY DIFFRACTION22G115 - 143
27X-RAY DIFFRACTION23G144 - 226
28X-RAY DIFFRACTION24G227 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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