PDB-4khx: Crystal structure of gp41 helix complexed with antibody 8062

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4khx

タイトル

Crystal structure of gp41 helix complexed with antibody 8062

要素

8062 heavy chain
8062 light chain
gp41 helix

キーワード

IMMUNE SYSTEM / gp41

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human Immunodeficiency Virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.921 Å

データ登録者

Li, M. / Gustchina, A. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Complexes of neutralizing and non-neutralizing affinity matured Fabs with a mimetic of the internal trimeric coiled-coil of HIV-1 gp41.
著者: Gustchina, E. / Li, M. / Ghirlando, R. / Schuck, P. / Louis, J.M. / Pierson, J. / Rao, P. / Subramaniam, S. / Gustchina, A. / Clore, G.M. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2013年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name / _software.name
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4khx.cif.gz	198.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4khx.ent.gz	160.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4khx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4khx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4khx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4khtC 3mac C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kht-d 3fub-d 4im3-d 6rst-d 4im2-d 6bod-d 20906 2f8t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (2)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (2)

登録構造単位

A: gp41 helix

H: 8062 heavy chain

L: 8062 light chain

56.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: gp41 helix

H: 8062 heavy chain

L: 8062 light chain

A: gp41 helix

H: 8062 heavy chain

L: 8062 light chain

A: gp41 helix

H: 8062 heavy chain

L: 8062 light chain

ソフトウェアが定義した集合体
170 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.814, 106.814, 98.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	gp41 helix 分子量: 7574.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human Immunodeficiency Virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1YNW7*PLUS
#2: 抗体	8062 heavy chain 分子量: 26334.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	8062 light chain 分子量: 22640.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 10% PEG4000, 20% isopropanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月12日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.921→50 Å / Num. all: 13242 / Num. obs: 13242 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 20.47
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 427 / R_sym value: 0.41 / % possible all: 63.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.921→30.952 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2895	663	5.01 %	random
R_work	0.2366	-	-	-
obs	0.2393	13236	91.43 %	-
all	-	13242	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.397 Å² / k_sol: 0.278 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.3197 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-14.3197 Å²	-0 Å²
3-	-	-	40.0112 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.921→30.952 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3625	0	0	0	3625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3709
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.804	5039
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.791	1323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9212-3.1466	0.4196	94	0.336	1785	X-RAY DIFFRACTION	66
3.1466-3.4629	0.3826	156	0.3015	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4629-3.9631	0.385	137	0.3045	2524	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9631-4.9897	0.2674	128	0.2083	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9897-30.9541	0.2368	148	0.2059	2827	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7982	-0.7235	0.8947	2.0048	0.8489	1.4267	-0.1625	0.6763	-0.288	-0.3066	-0.2884	-0.0795	0.5736	-0.7986	0.0189	0.8639	0.015	-0.1151	0.8556	-0.1593	0.5962	54.6533	25.8618	-30.3567
2	2.679	0.0934	-1.5848	2.0504	-1.4431	1.7808	-0.3324	-0.2746	-0.1886	0.133	-0.234	0.796	-0.3601	-0.6383	0.0031	0.5726	0.0237	-0.0333	0.6328	0.0494	0.5971	47.3114	31.5767	17.8144
3	7.1342	0.09	-0.8215	4.8351	-1.0748	2.404	0.0284	-0.6002	-0.5498	0.0371	0.1641	0.1764	-0.1719	0.0568	-0.0004	0.6832	0.0311	0.0982	0.6557	0.0099	0.6508	30.6591	26.7396	29.3557
4	3.4449	0.1742	0.1783	3.3324	-1.4481	0.8165	0.6504	0.3413	-0.8007	-0.7691	0.7053	2.2408	0.5595	0.3295	0.0301	1.2571	-0.1211	-0.3402	1.0989	-0.0614	1.9406	1.8886	18.8401	26.5976
5	3.5084	-3.9242	1.4801	5.3981	-2.3392	5.1363	-0.1584	0.0878	0.3967	-0.3391	0.055	-0.1417	-0.7717	0.238	0.0734	0.8114	-0.0449	0.0775	0.7493	-0.063	0.8802	24.217	45.3067	19.1368
6	1.5725	0.7575	1.1295	0.9251	0.8799	0.9068	-0.3083	0.3206	-0.7788	-0.9335	0.5551	2.6454	-0.1713	-1.0993	0.0449	0.5157	0.0071	0.2627	1.5693	0.7028	3.2847	-9.2367	30.7679	31.0604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:39 )	A	2 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 40:67 )	A	40 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND RESID 3:119 )	H	3 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 120:218 )	H	120 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 2:114 )	L	2 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN L AND RESID 115:208 )	L	115 - 208

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)