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- PDB-4khb: Structure of the Spt16D Pob3N heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4khb
タイトルStructure of the Spt16D Pob3N heterodimer
要素
  • Uncharacterized protein POB3N
  • Uncharacterized protein SPT16D
キーワードTRANSCRIPTION/REPLICATION / PH like domains / TRANSCRIPTION-REPLICATION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin organization => GO:0006325 / FACT complex / replication fork protection complex / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / nucleosome binding / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated DNA replication / histone binding / DNA replication / DNA repair ...chromatin organization => GO:0006325 / FACT complex / replication fork protection complex / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / nucleosome binding / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated DNA replication / histone binding / DNA replication / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FACT complex subunit Spt16p/Cdc68p / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / : / FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain / FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / Structure-specific recognition protein (SSRP1) ...FACT complex subunit Spt16p/Cdc68p / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / : / FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain / FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / POB3-like N-terminal PH domain / FACT complex subunit Spt16 domain / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain / FACT complex subunit Spt16 / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FACT complex subunit / FACT complex subunit POB3
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stuwe, T. / Zhang, E. / Ladurner, A.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis of histone H2A-H2B recognition by the essential chaperone FACT.
著者: Hondele, M. / Stuwe, T. / Hassler, M. / Halbach, F. / Bowman, A. / Zhang, E.T. / Nijmeijer, B. / Kotthoff, C. / Rybin, V. / Amlacher, S. / Hurt, E. / Ladurner, A.G.
履歴
登録2013年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein SPT16D
D: Uncharacterized protein POB3N
F: Uncharacterized protein POB3N
H: Uncharacterized protein POB3N
G: Uncharacterized protein SPT16D
E: Uncharacterized protein SPT16D
C: Uncharacterized protein SPT16D
B: Uncharacterized protein POB3N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,08017
ポリマ－146,2168
非ポリマー8659
水4,774265
1
A: Uncharacterized protein SPT16D
B: Uncharacterized protein POB3N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8425
ポリマ－36,5542
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area14940 Å2
手法PISA
2
D: Uncharacterized protein POB3N
C: Uncharacterized protein SPT16D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8425
ポリマ－36,5542
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
3
F: Uncharacterized protein POB3N
E: Uncharacterized protein SPT16D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7464
ポリマ－36,5542
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
4
H: Uncharacterized protein POB3N
G: Uncharacterized protein SPT16D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6503
ポリマ－36,5542
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.391, 128.082, 132.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細heterodimer

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein SPT16D


分子量: 14720.704 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 522-647 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0052370, Spt16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SDN1
#2: タンパク質
Uncharacterized protein POB3N


分子量: 21833.240 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-192 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0070340, Pob3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHK5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 2.2M NH4SO4, 0.2M Na-K-tatrate, 0.2M Na3citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月8日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.8 Å / Num. obs: 57453 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / Biso Wilson estimate: 43.14 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.778 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8163 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 2873 5 %
Rwork0.202 --
obs0.2043 57449 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.15 Å2 / Biso mean: 24.4568 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8981 0 45 265 9291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91212525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.723444
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.43940.30971160.271526232739
2.4394-2.48140.34971450.273325282673
2.4814-2.52650.35541320.268725612693
2.5265-2.57510.30121420.266525682710
2.5751-2.62770.3461420.265825442686
2.6277-2.68480.2981510.24825362687
2.6848-2.74730.30681430.255926042747
2.7473-2.8160.331320.248825522684
2.816-2.89210.28721370.233725512688
2.8921-2.97720.29031360.239326102746
2.9772-3.07330.24061450.219825662711
3.0733-3.18310.26941210.212425912712
3.1831-3.31050.26661280.212525942722
3.3105-3.46110.23111350.207725862721
3.4611-3.64350.22921490.199925932742
3.6435-3.87170.18951170.17626262743
3.8717-4.17050.19651360.168326102746
4.1705-4.58990.20481440.153826272771
4.5899-5.25340.19741340.159926502784
5.2534-6.61590.25031320.20926772809
6.6159-47.7870.23131560.196227792935

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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