PDB-4kha: Structural basis of histone H2A-H2B recognition by the essential ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kha

タイトル

Structural basis of histone H2A-H2B recognition by the essential chaperone FACT

要素

Histone H2A
Spt16M-Histone H2B 1.1 chimera

キーワード

CHAPERONE/NUCLEAR PROTEIN / tandem PHL / Pleckstrin-homology like / U-turn motif / Histone Chaperone / chromatin / transcription / Histones / Nucleus / CHAPERONE-NUCLEAR PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

FACT complex / nucleosome binding / transcription elongation by RNA polymerase II / structural constituent of chromatin / nucleosome / DNA replication / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Hondele, M. / Halbach, F. / Hassler, M. / Ladurner, A.G.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis of histone H2A-H2B recognition by the essential chaperone FACT.
著者: Hondele, M. / Stuwe, T. / Hassler, M. / Halbach, F. / Bowman, A. / Zhang, E.T. / Nijmeijer, B. / Kotthoff, C. / Rybin, V. / Amlacher, S. / Hurt, E. / Ladurner, A.G.

履歴

登録	2013年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月5日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2013年6月12日	Group: Database references
改定 1.3	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.4	2017年8月16日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kha_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kha_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	4kha_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	4kha_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kha	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (12) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Spt16M-Histone H2B 1.1 chimera

B: Histone H2A

ヘテロ分子

57.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.421, 108.421, 117.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1357- HOH

#1: タンパク質	Spt16M-Histone H2B 1.1 chimera / H2B1.1 分子量: 46745.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 652-945 and 34-126 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類), (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0052370, CTHT_0052370 / プラスミド: pETM-CN-His (Amp) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: G0SDN1, UniProt: P02281
#2: タンパク質	Histone H2A 分子量: 10162.794 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 15-103 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / プラスミド: pETM-CN untagged (Kan) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q6AZJ8
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: manual setup 1ul protein (15 mg / ml) plus 1 ul crystallization buffer (7.25% [vol/vol] PEG8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 7.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: horizontally side diffracting Silicon 111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.7 Å / Num. obs: 31867 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 51.797 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.01096 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP	Phaser	位相決定
PHENIX	Refine	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→46.699 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2285	1505	5.04 %
R_work	0.1908	-	-
obs	0.1927	29835	99.9 %
all	-	31828	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.699 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3411	0	10	116	3537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.896	4749
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.185	1228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	562
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	614

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.4259	0.3025	127	0.2637	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4259-2.5126	0.3036	118	0.243	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5126-2.6132	0.2603	126	0.2345	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6132-2.7321	0.266	137	0.2247	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7321-2.8761	0.2566	125	0.2238	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8761-3.0563	0.2562	139	0.2232	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0563-3.2922	0.3065	148	0.2146	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2922-3.6234	0.2364	140	0.1958	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6234-4.1474	0.2413	153	0.1739	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1474-5.2242	0.1652	139	0.1509	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2242-46.7086	0.1976	153	0.184	2756	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9758	-0.7352	-3.1117	2.2471	-0.303	3.7946	-0.0479	0.4439	0.7085	0.1408	-0.3094	0.6529	-0.3975	-0.6789	-0.3865	0.9239	-0.0874	0.309	0.6818	0.5472	0.9141	2.4348	-14.272	-19.5974
2	0.0236	-0.0198	0.014	0.0317	0.0527	0.2178	-0.888	2.2318	-0.1334	-1.4722	0.7176	-0.7723	-0.0137	0.6715	0.1502	1.2019	-0.3246	0.0538	0.9879	0.2103	1.2414	20.2829	-7.8788	-21.9824
3	5.9335	1.8711	-1.2272	5.402	-0.4232	2.7007	0.0318	0.0668	-0.0193	0.0006	-0.4147	-0.2425	-0.8068	0.8909	0.0733	0.6924	-0.3635	0.0875	0.6553	0.0992	0.559	22.1438	-24.0169	-18.8317
4	0.2098	0.1779	-0.2318	0.3796	-0.5182	0.6709	0.4311	0.228	-0.2204	-0.6051	-0.8536	-0.192	0.9169	-0.4559	0.039	0.9065	-0.0374	0.0531	0.9308	0.1841	0.5054	10.4071	-31.775	-21.1413
5	4.1776	0.3109	-0.9634	2.1467	-0.0372	6.2041	-0.0757	0.2882	0.1295	-0.3592	0.1956	-0.2392	-0.2856	0.306	-0.0591	0.6984	-0.2084	0.1226	0.7496	0.0932	0.5465	17.7311	-22.4952	-22.0537
6	0.0709	-0.0149	-0.4821	0.0011	0.0886	3.2792	0.2392	1.0947	0.5468	-1.0189	-0.2419	-0.6703	0.0818	-0.3103	-0.4495	0.5408	-0.6417	0.4751	1.2847	0.3676	-0.0404	15.2291	-23.7095	-31.8602
7	4.1287	0.4555	-2.167	3.7241	0.1929	5.4923	-0.1468	0.1552	-0.1483	-0.2507	0.1053	-0.1036	-0.4161	0.0664	0.1359	0.4922	-0.1318	0.0565	0.5993	0.1548	0.457	10.9902	-25.1519	-12.6296
8	4.959	-1.9094	5.2759	0.7258	-2.051	5.6393	0.6848	1.2905	-0.5891	-0.6213	-0.494	-0.0467	0.2789	0.0318	-0.7207	0.6918	0.1037	-0.0212	1.2484	0.1679	0.8331	27.9599	-37.264	-11.9393
9	5.1654	1.0267	-1.2142	1.4508	-0.3199	7.118	0.1195	-0.135	0.2294	0.0434	-0.0979	-0.2762	-1.1005	1.3626	-0.0927	0.6467	-0.3115	0.0382	0.8415	0.0516	0.5224	20.6376	-21.8313	-5.8832
10	6.2952	2.722	-0.1636	4.8317	0.8399	5.2233	-0.2404	-0.1872	-0.5547	-0.134	0.2027	-0.5828	-0.3233	0.7267	0.0592	0.3902	-0.0359	0.0377	0.5747	0.1216	0.4859	8.8137	-35.8542	-1.7472
11	3.3748	0.7018	-0.7283	2.1815	0.988	2.815	0.0566	-0.1276	-0.0551	0.0408	-0.08	-0.1349	-0.2444	0.0011	0.0733	0.359	0.0345	-0.0443	0.3909	0.0556	0.2541	-6.7867	-34.7713	5.9417
12	0.08	0.0232	-0.0354	0.1374	-0.1529	0.1027	0.5812	0.0229	-0.3351	0.4184	-0.1995	0.3597	-0.4484	0.0326	0.5267	0.7449	0.0208	-0.0656	0.7174	-0.0531	0.7053	-11.9935	-45.2386	10.8751
13	1.3072	1.5981	0.5231	5.8138	1.3605	3.6992	-0.1389	-0.2179	-0.1009	0.4104	0.1964	-0.0419	-0.0276	-0.3	-0.0094	0.2593	0.0516	0.0201	0.5052	0.064	0.2794	-24.4918	-44.7676	8.5126
14	3.5338	1.167	0.1594	6.8277	1.0487	6.5539	0.3033	0.134	-0.8	-0.1455	-0.1048	0.6664	0.8823	-0.8827	0.0187	0.4423	-0.1391	-0.054	0.462	-0.0202	0.6111	-31.8084	-63.7949	-0.6463
15	7.7933	-2.327	-2.5709	0.7161	0.971	2.439	-0.1733	1.0722	-0.7655	-0.0188	-0.3824	0.0216	0.3579	0.5624	0.7033	0.2196	-0.6963	1.2005	0.7449	-0.1027	0.974	-40.4428	-53.7969	11.3867
16	4.7698	0.6147	0.2515	7.4893	1.7372	0.45	0.0125	0.1367	0.0736	-0.2818	0.1261	1.0107	-0.3549	-1.4112	0.102	0.3214	-0.0103	-0.0213	0.6477	-0.0162	0.6186	-38.1165	-49.2014	-4.258
17	2.3364	-1.1847	-1.7842	4.9848	2.0359	1.6737	0.1669	0.158	0.3654	-0.9726	0.0142	0.0818	-0.175	-0.1429	-0.3552	0.4715	0.0809	-0.043	0.4589	0.0022	0.3308	-26.4836	-43.0759	-7.8618
18	6.1287	4.484	3.7451	4.5526	1.274	3.9418	-0.0397	0.5954	-0.3727	-0.5459	-0.1731	-1.3455	0.6268	0.9177	0.1557	0.3466	0.0141	0.0068	0.3584	-0.048	0.4189	-19.7893	-54.4216	-4.8315
19	7.3895	4.2613	3.2554	3.4268	0.9375	2.3686	0.5453	0.2041	-1.1817	0.0502	0.0633	-0.5332	1.4022	0.7008	-0.3253	0.5737	0.0599	-0.037	0.4931	-0.0373	0.5243	-19.1799	-61.765	-4.7401
20	2.4925	-0.999	-0.381	6.9912	4.65	3.2096	0.0034	0.1021	-0.1269	-0.1612	-0.1568	0.5556	-0.0368	-0.5382	0.4179	0.3797	0.0031	0.0127	0.5011	0.0458	0.4079	-30.1783	-51.2629	-0.7741
21	2.9686	-0.1356	-0.5654	5.9278	5.8802	5.9123	0.1808	-0.4276	0.4785	0.2289	-0.1675	1.7085	-0.7629	-1.1444	0.7961	0.4592	0.1463	0.0817	0.5672	0.0414	0.3975	-33.6206	-41.0167	14.155
22	8.1172	3.0457	-1.4515	2.8682	1.3524	2.3555	-0.529	-1.189	0.1154	1.1755	-0.6	1.5145	-0.5522	-0.9913	0.683	0.6862	0.2651	0.0611	0.9705	0.0918	0.462	-33.7391	-33.3221	21.5495
23	3.6947	0.3152	0.4825	7.956	4.8583	2.9652	0.3272	-0.6961	0.4797	0.1811	-0.2317	0.4717	-0.8359	-0.0205	-0.0302	0.5408	0.1512	0.0441	0.5523	-0.0712	0.2992	-26.5532	-31.8342	20.6744
24	2.4295	-3.8652	-3.8202	6.2934	6.1472	6.0141	0.034	0.0071	0.3341	1.7967	-0.4055	-0.0142	0.7937	0.7073	0.3124	0.66	0.2311	0.0034	0.8413	-0.0269	0.3963	-27.3839	-41.6403	23.3591
25	0.852	1.2547	-0.4344	8.4273	3.8449	8.4511	-0.154	-0.3372	0.3659	1.161	-0.1948	0.8583	0.9501	-0.6675	0.2542	0.6731	-0.0395	0.1504	0.696	0.107	0.5832	-33.8262	-50.9479	18.9246
26	2.126	-3.7168	-3.6556	6.6838	6.6414	6.6114	0.4963	0.8072	-1.3161	1.5692	0.8542	-1.836	2.318	1.3453	-1.3987	1.0152	0.1531	0.0218	1.3602	-0.1332	0.91	-23.1527	-48.8295	24.0348

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 649 through 656 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 657 through 662 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 663 through 672 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 673 through 677 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 678 through 697 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 698 through 701 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 702 through 748 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 749 through 783 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 784 through 816 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 817 through 848 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 849 through 940 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 941 through 1031 )	A
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 1032 through 1075 )	A
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 1076 through 1099 )	A
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 1100 through 1103 )	A
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 1104 through 1121 )	A
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 11 through 30 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 31 through 34 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 35 through 41 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 42 through 60 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 61 through 67 )	B
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 68 through 73 )	B
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 74 through 79 )	B
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 80 through 85 )	B
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 86 through 98 )	B
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 99 through 102 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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