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Yorodumi- PDB-4kh1: The R state structure of E. coli ATCase with CTP,UTP, and Magnesi... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4kh1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The R state structure of E. coli ATCase with CTP,UTP, and Magnesium bound | ||||||
 Components | 
  | ||||||
 Keywords | TRANSFERASE / pyrimidine nucleotide biosynthesis / feedback inhibition / competing pathway product activation / allostery | ||||||
| Function / homology |  Function and homology informationAspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology  | ||||||
| Biological species | ![]()  | ||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å  | ||||||
 Authors | Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
 Citation |  Journal: Biochemistry / Year: 2013Title: New Paradigm for Allosteric Regulation of Escherichia coli Aspartate Transcarbamoylase. Authors: Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Truong, J.K. / Kantrowitz, E.R.  | ||||||
| History | 
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil Jmol/JSmol | 
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format |  4kh1.cif.gz | 382.5 KB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb4kh1.ent.gz | 314.5 KB | Display |  PDB format | 
| PDBx/mmJSON format |  4kh1.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  4kh1_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  4kh1_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML |  4kh1_validation.xml.gz | 39.8 KB | Display | |
| Data in CIF |  4kh1_validation.cif.gz | 56.1 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kh1 | HTTPS FTP  | 
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4kgvC ![]() 4kgxC ![]() 4kgzC ![]() 4kh0C ![]() 1d09S C: citing same article ( S: Starting model for refinement  | 
|---|---|
| Similar structure data | 
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]() 
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]() 
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| Unit cell | 
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| Components on special symmetry positions | 
  | 
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD   
| #1: Protein | Mass: 34337.105 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 17143.625 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]()  | 
|---|
-Non-polymers , 7 types, 469 molecules 












| #3: Chemical | | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical |  ChemComp-PO4 /  | #9: Water |  ChemComp-HOH /  |  | 
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1  | 
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.19 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microdialysis / pH: 5.9  Details: 50 mM maleic acid, 1 mM PALA, 3 mM sodium azide, pH 5.9, Microdialysis, temperature 293K  | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source:  ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.542 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 18, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.542 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.2→31.81 Å / Num. all: 66369 / Num. obs: 66369 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.68 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 16.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | 
  | 
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Processing
| Software | 
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| Refinement | Method to determine structure:  MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 1D09 Resolution: 2.2→31.807 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.58 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / Phase error: 21.89 / Stereochemistry target values: ML 
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 60.1597 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→31.807 Å
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| Refine LS restraints | 
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| LS refinement shell | 
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
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| Refinement TLS group | 
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