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万見
- PDB-4kf5: Crystal Structure of Split GFP complexed with engineered sfCherry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kf5
タイトルCrystal Structure of Split GFP complexed with engineered sfCherry with an insertion of GFP fragment
要素
  • fluorescent protein GFP1-9
  • fluorescent protein sfCherry+GFP10-11
キーワードFLUORESCENT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Red fluorescent protein drFP583
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.599 Å
データ登録者Nguyen, H.B. / Hung, L.-W. / Yeates, T.O. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Split green fluorescent protein as a modular binding partner for protein crystallization.
著者: Nguyen, H.B. / Hung, L.W. / Yeates, T.O. / Terwilliger, T.C. / Waldo, G.S.
履歴
登録2013年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fluorescent protein GFP1-9
B: fluorescent protein GFP1-9
C: fluorescent protein sfCherry+GFP10-11
D: fluorescent protein sfCherry+GFP10-11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3024
ポリマ－103,3024
非ポリマー00
水72140
1
A: fluorescent protein GFP1-9
C: fluorescent protein sfCherry+GFP10-11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6512
ポリマ－51,6512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
2
B: fluorescent protein GFP1-9
D: fluorescent protein sfCherry+GFP10-11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6512
ポリマ－51,6512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.360, 86.490, 167.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 fluorescent protein GFP1-9


分子量: 22183.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: タンパク質 fluorescent protein sfCherry+GFP10-11


分子量: 29468.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6Y8*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Bis-Tris Buffer pH 8.3, 20% PEG 3350, and 6% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月4日
放射モノクロメーター: si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.599→50 Å / Num. obs: 31541 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1338)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.599→46.995 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 1878 5.95 %
Rwork0.2028 --
obs0.2055 31541 92.5 %
all-34098 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.599→46.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7190 0 0 40 7230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8529938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6342718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321054
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5994-2.66970.37321120.32911743X-RAY DIFFRACTION72
2.6697-2.74820.39551300.30692000X-RAY DIFFRACTION83
2.7482-2.83690.35051320.28132126X-RAY DIFFRACTION87
2.8369-2.93830.32021370.27282167X-RAY DIFFRACTION89
2.9383-3.05590.33841380.27952223X-RAY DIFFRACTION91
3.0559-3.1950.30681490.26732326X-RAY DIFFRACTION95
3.195-3.36340.291500.25282375X-RAY DIFFRACTION96
3.3634-3.5740.2911510.22652398X-RAY DIFFRACTION98
3.574-3.84990.30871540.21012415X-RAY DIFFRACTION99
3.8499-4.23710.22371520.18282438X-RAY DIFFRACTION98
4.2371-4.84960.17371570.14772462X-RAY DIFFRACTION99
4.8496-6.10790.18761590.15732493X-RAY DIFFRACTION99
6.1079-47.00310.21321570.18052497X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87540.0729-0.61833.73950.33136.4953-0.0386-0.55890.8026-0.00910.38080.1291-1.9749-0.0328-0.35210.96330.09310.03840.7586-0.19280.56877.473916.1956-6.8815
24.15370.24890.62545.47611.6656.4066-0.2126-0.772-0.44081.11150.28290.23671.46160.3755-0.10610.87820.18730.08570.90510.09480.420410.4959-14.84195.0883
30.61520.75150.74571.39921.79361.85910.18130.18350.1626-0.1164-0.15550.08420.0966-0.2862-0.01220.48590.07720.02640.59220.07720.38960.47337.752530.7422
40.7992-0.4614-0.36120.88921.18111.5530.0177-0.2084-0.2340.0622-0.03050.3074-0.0911-0.26760.06830.4345-0.0126-0.02910.59870.11680.48437.8782-39.0831-32.1778
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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