PDB-4ked: Crystal Structure of Cofilin Mutant (cof1-157p)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ked

タイトル

Crystal Structure of Cofilin Mutant (cof1-157p)

要素

Cofilin

キーワード

Actin Binding Protein / Actin Depolymerization Factor

機能・相同性

機能・相同性情報

actin cortical patch / actin filament severing / Golgi to plasma membrane protein transport / actin filament depolymerization / actin filament organization / nuclear matrix / endocytosis / actin filament binding / actin cytoskeleton / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Kish-Trier, E. / Haarer, B. / Cingolani, G. / Amberg, D.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Cofilin Mutant (cof1-157p)
著者: Kish-Trier, E. / Haarer, B. / Cingolani, G. / Amberg, D.C.

履歴

登録	2013年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ked.cif.gz	119.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ked.ent.gz	94.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ked.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ked_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ked_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	4ked_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	4ked_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ked ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ked	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kee 4kef
類似構造データ	6ogq-d 2hqt-15 6bs9-4 3obl-2 1zj7-d 4hoi-3 3m95-1 2hqt-7 1heg-d 4kef-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cofilin

B: Cofilin

31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cofilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cofilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.023, 30.325, 104.268
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 133.01, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cofilin / Actin-depolymerizing factor 1 分子量: 15803.492 Da / 分子数: 2 / 変異: R135D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: COF1, YLL050C, L0596 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03048
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG4000, 150mM NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 50075 / % possible obs: 94.68 % / Observed criterion σ(F): 2.9 / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.84 Å² / R_sym value: 0.049

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.901→27.427 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2327	1959	7.36 %
R_work	0.1807	-	-
obs	0.1845	26623	96.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→27.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2072	0	0	207	2279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2110
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.972	2852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.738	768
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	364

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9013-1.9488	0.3134	124	0.2616	1422	X-RAY DIFFRACTION	80
1.9488-2.0015	0.2843	122	0.2076	1686	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0015-2.0603	0.2137	137	0.1904	1739	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0603-2.1268	0.2407	159	0.1791	1764	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1268-2.2028	0.2359	119	0.1799	1776	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2028-2.291	0.2543	150	0.1912	1721	X-RAY DIFFRACTION	95
2.291-2.3952	0.2461	144	0.1883	1781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3952-2.5214	0.2319	144	0.1884	1821	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5214-2.6792	0.2347	137	0.1921	1811	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6792-2.8859	0.216	149	0.1866	1811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8859-3.1759	0.202	135	0.1882	1840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1759-3.6345	0.2254	150	0.1765	1842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6345-4.5757	0.2173	149	0.1527	1848	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5757-27.4301	0.2562	140	0.1847	1802	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4046	-0.4534	0.3566	0.851	0.1686	0.7692	-0.0031	0.0943	0.1022	0.0566	-0.0314	-0.0722	-0.2276	0.3102	-0.0002	0.2628	-0.0283	-0.0326	0.2089	0.0151	0.1618	-67.1349	25.7995	105.5918
2	1.0489	-0.7499	0.0684	0.708	0.2842	0.5457	0.0989	0.2416	-0.1025	-0.4157	-0.0146	0.2323	0.2798	0.1073	0.0289	0.3119	0.0096	-0.0514	0.23	0.0037	0.1549	-72.2097	18.6871	99.2451
3	0.0367	-0.0314	0.0536	0.4408	-0.0809	0.0874	-0.0277	0.433	-0.008	-0.4547	-0.2173	-0.4213	0.0662	0.3407	-0.6188	0.1545	0.2494	0.246	0.7831	0.139	0.2092	-58.1604	22.9011	93.8069
4	0.6209	0.2961	0.2365	0.3075	-0.3027	1.1623	0.3099	0.251	-0.4501	-0.7284	-0.1069	0.082	0.6359	0.3076	-0.0098	0.5139	0.0403	-0.1068	0.2687	-0.0363	0.3277	-73.0108	13.8329	96.7046
5	0.8114	-0.1743	-0.0884	0.695	-0.2895	0.1736	-0.0816	-0.2372	0.5734	0.1124	0.0475	0.0459	-0.1581	0.0705	0.0027	0.1949	-0.016	0.0238	0.2581	-0.0548	0.3408	-100.305	24.3982	79.7987
6	0.4698	-0.1652	-0.2828	0.4387	-0.4569	0.846	-0.1338	-0.0082	-0.1475	-0.0036	0.0878	-0.2368	0.1977	0.4168	-0.0036	0.1613	-0.0231	0.028	0.3067	0.0138	0.3057	-93.2302	17.0405	75.9362
7	0.1335	0.0175	0.0394	0.2403	0.0909	0.0463	-0.0182	-0.488	-0.2932	0.792	0.2365	-0.6238	0.0884	0.1154	-0.0136	0.5186	-0.0356	-0.1144	0.7136	-0.0168	0.4216	-90.2418	21.2668	90.7597
8	0.2107	-0.0123	0.0192	0.2378	0.1554	0.2638	-0.3506	-0.2151	-0.8015	0.0853	0.0417	-0.3496	0.5654	0.1723	-0.0059	0.2985	0.0168	0.0792	0.3394	0.053	0.5297	-90.5814	12.5251	75.5505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 94 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 95 through 111 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 112 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 56 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 57 through 94 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 95 through 111 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 112 through 137 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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