PDB-4ke7: Crystal structure of Monoglyceride lipase from Bacillus sp. H257 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ke7

タイトル

Crystal structure of Monoglyceride lipase from Bacillus sp. H257 in complex with an 1-myristoyl glycerol analogue

要素

Thermostable monoacylglycerol lipase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold / monoglyceride lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

acylglycerol lipase / monoacylglycerol lipase activity / carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.699 Å

データ登録者

Rengachari, S. / Aschauer, P. / Gruber, K. / Dreveny, I. / Oberer, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Conformational plasticity and ligand binding of bacterial monoacylglycerol lipase.
著者: Rengachari, S. / Aschauer, P. / Schittmayer, M. / Mayer, N. / Gruber, K. / Breinbauer, R. / Birner-Gruenberger, R. / Dreveny, I. / Oberer, M.

履歴

登録	2013年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.details / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ke7.cif.gz	209.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ke7.ent.gz	166.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ke7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ke7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ke7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ke6C 4ke8C 4ke9C 4keaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rm3-d 4kea-3 4ke6-3 4kea-2 5e1b-1 3rli-d 4kea-5 6tc4-d 1zm8-d 4dgj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermostable monoacylglycerol lipase

B: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

60 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.750, 71.240, 72.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thermostable monoacylglycerol lipase / MGLP 分子量: 29560.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: H-257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P82597, acylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-1QX / dodecyl hydrogen (S)-(3-azidopropyl)phosphonate 分子量: 333.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₂N₃O₃P
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD and 0.02 M alcohols (0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1, 2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0. ...詳細: 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD and 0.02 M alcohols (0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1, 2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol), VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.56 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD and 0.02 M alcohols (0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1, 2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

EMBL/DESY, HAMBURG

/ ビームライン: X13 / 波長: 0.81 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月26日

放射

モノクロメーター: Si 111, horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.81 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→71.307 Å / Num. all: 47227 / Num. obs: 47227 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3 % / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.69-1.78	2.8	0.215	1.8	0.215	1	87.8
1.78-1.89	3.1	0.154	4.2	0.154	1	99.8
1.89-2.02	3	0.185	2.4	0.185	1	98.8
2.02-2.19	3.1	0.078	6.5	0.078	1	99.6
2.19-2.39	2.9	0.118	2.4	0.118	1	96.2
2.39-2.68	3.1	0.048	10.9	0.048	1	99.1
2.68-3.09	3.2	0.037	16.5	0.037	1	98.7
3.09-3.79	3.1	0.042	7.1	0.042	1	97.5
3.79-5.35	3.2	0.03	16	0.03	1	97.5
5.35-23.747	3	0.071	2.5	0.071	1	95.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 1274.38 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	23.56 Å
Translation	2.5 Å	23.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DNA		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.699→23.555 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 22.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2084	2375	5.05 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.1748	47066	97.46 %
all	-	47081	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.8974 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.3496 Å²	-0 Å²	-0.6055 Å²
2-	-	-1.237 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.4832 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.699→23.555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3768	0	58	408	4234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.109	5390
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.057	1431
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	604
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	688

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.699-1.7334	0.2941	130	0.2294	2325	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7334-1.7711	0.2275	142	0.1904	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7711-1.8123	0.2382	137	0.1755	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8123-1.8576	0.2102	138	0.1707	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8576-1.9078	0.2293	153	0.1707	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9078-1.9639	0.3024	125	0.2565	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9639-2.0273	0.2083	127	0.1672	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0273-2.0997	0.1886	132	0.1589	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0997-2.1837	0.1992	143	0.1587	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1837-2.283	0.3009	134	0.2389	2495	X-RAY DIFFRACTION	93
2.283-2.4033	0.1997	139	0.1657	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4033-2.5537	0.2189	157	0.1674	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5537-2.7506	0.2013	154	0.1635	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7506-3.0269	0.1911	132	0.1655	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0269-3.4637	0.1831	164	0.1556	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4637-4.3593	0.1525	125	0.1457	2652	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3593-23.5574	0.1906	143	0.1638	2581	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2699	1.2861	-0.7869	1.9442	-0.5707	0.9228	-0.1006	0.0555	-0.1902	-0.1754	0.0183	-0.2346	0.1332	0.0815	0.0777	0.0728	0.0043	0.01	0.0615	0.0049	0.0661	7.3223	-5.231	25.8152
2	1.0415	-0.3518	-0.5045	1.5961	0.234	1.5838	0.0354	0.2062	0.0104	-0.174	-0.009	0.1207	0.0413	-0.1222	-0.0206	0.0605	-0.0021	-0.0151	0.0701	0.0049	0.0452	-4.0375	0.4062	24.7946
3	1.7487	0.8817	-2.1278	0.693	-0.5553	3.5024	0.1258	0.0129	0.1433	-0.0045	0.0666	-0.007	-0.4257	0.183	-0.119	0.1516	-0.0343	0.0007	0.1116	0.0025	0.1251	15.4699	8.1375	32.543
4	5.368	-0.5315	-1.3115	1.3531	-0.0178	1.3182	0.1004	0.2161	0.4926	-0.2217	-0.0288	-0.0599	-0.1898	0.0257	-0.0221	0.1199	-0.015	0.0065	0.0779	0.032	0.0865	3.6085	12.8567	22.1151
5	3.1354	-0.2136	0.596	1.2881	-0.3016	0.9888	0.0213	-0.1804	0.1002	0.1424	-0.041	0.0816	-0.0458	-0.0914	0.024	0.0746	-0.0032	0.0076	0.0499	-0.0058	0.0308	-5.8109	6.7135	37.4684
6	9.4584	3.8249	4.131	2.4616	1.0374	2.5137	0.2304	-0.5074	0.0227	0.2129	-0.2546	0.1759	0.0256	-0.2043	0.0289	0.1413	-0.0211	0.022	0.0748	0.012	0.0685	-5.5485	-6.2125	41.43
7	4.9357	3.7923	-4.6452	4.9775	-2.8913	7.0141	-0.1769	0.2441	-0.1972	-0.1193	0.1317	-0.1839	0.1103	0.1104	-0.0646	0.1061	0.0288	0.0483	0.1052	-0.0298	0.1792	30.27	-3.7421	56.022
8	2.2807	1.1031	-0.396	2.1923	-0.4305	1.0535	-0.043	0.1903	-0.1427	-0.0958	0.0019	-0.1818	0.1144	0.043	0.0436	0.0618	0.008	0.0064	0.0631	-0.004	0.0436	19.7787	-4.8482	62.3438
9	2.5701	2.7641	0.0642	8.9545	-0.6169	2.3658	-0.0681	0.2118	-0.0049	-0.3332	-0.0132	0.2779	0.0455	-0.1383	0.0251	0.0774	0.0101	-0.0181	0.1167	-0.0156	0.0391	11.3929	-4.4922	54.7917
10	0.8838	-0.7575	-0.6898	1.0996	-0.2829	1.6013	0.0601	0.1744	0.1924	-0.0333	-0.0063	-0.0021	-0.0809	-0.064	-0.0264	0.0598	0.0033	-0.016	0.0655	0.0177	0.0633	12.441	5.6675	63.2271
11	1.8962	-0.1584	-3.4295	-0.0015	0.2778	6.1604	0.2098	-0.1129	-0.0479	0.2034	0.0684	-0.3278	-0.0155	0.4706	-0.2243	0.1447	-0.0396	-0.0617	0.1952	-0.0138	0.1648	29.2605	3.43	72.9829
12	6.2105	0.3782	-1.9723	1.6703	-0.4448	1.6057	0.1177	0.355	0.5069	-0.1642	0.0206	-0.001	-0.1974	-0.1068	-0.1093	0.1394	0.0123	0.0036	0.0693	0.0314	0.0842	14.4652	12.8493	58.8413
13	2.4165	-0.3985	0.5605	1.0199	-0.4895	1.4604	0.0345	-0.1101	0.0505	0.1493	-0.0002	0.1269	-0.0881	-0.0527	-0.0359	0.0861	-0.0043	0.0093	0.0352	-0.0103	0.0542	9.6367	6.4441	74.8941
14	2.1152	3.0143	5.2514	2.7767	0.6308	4.2695	0.0034	-0.596	0.1833	0.3006	-0.1059	0.3201	0.1435	-0.3706	0.0019	0.1062	-0.0099	0.0352	0.1056	-0.0242	0.091	8.7607	-6.4541	76.6927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:69)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 70:131)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 132:160)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 161:179)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 180:231)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 232:250)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 2:13)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 14:69)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 70:89)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 90:143)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 144:160)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 161:183)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 184:231)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 232:250)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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