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万見
- PDB-4kds: Crystal structure of latent rainbow trout plasminogen activator i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kds
タイトルCrystal structure of latent rainbow trout plasminogen activator inhibitor 1 (PAI-1)
要素Plasminogen activator inhibitor 1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Serpin / Inactive serpin / trout uPA
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of plasminogen activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oncorhynchus mykiss (アルビノ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6682 Å
データ登録者Johansen, J.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Protein conformational change delayed by steric hindrance from an N-linked glycan.
著者: Bager, R. / Johansen, J.S. / Jensen, J.K. / Stensballe, A. / Jendroszek, A. / Buxbom, L. / Sorensen, H.P. / Andreasen, P.A.
履歴
登録2013年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1872
ポリマ－43,0911
非ポリマー961
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.065, 56.471, 59.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen activator inhibitor 1


分子量: 43091.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 遺伝子: serpine1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3WWD7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 % PEG3350, 0.2M K-thiocyanate, 0.1M Hepes 7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.039 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→34.22 Å / Num. all: 46327 / Num. obs: 44752 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
xia2データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6682→20.219 Å / SU ML: 0.26 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 2255 5.04 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
all0.1748 45054 --
obs0.1748 44707 99.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6682→20.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2890 0 5 399 3294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6244015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4711124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.129454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008522
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6682-1.70440.41221390.36662483X-RAY DIFFRACTION93
1.7044-1.74410.3631360.34192616X-RAY DIFFRACTION99
1.7441-1.78760.3561530.29382631X-RAY DIFFRACTION99
1.7876-1.83590.34471330.25142622X-RAY DIFFRACTION99
1.8359-1.88990.26811290.21312681X-RAY DIFFRACTION99
1.8899-1.95090.26711260.1972640X-RAY DIFFRACTION99
1.9509-2.02060.23771310.1892679X-RAY DIFFRACTION100
2.0206-2.10140.21791480.18632640X-RAY DIFFRACTION100
2.1014-2.19690.20861290.15972665X-RAY DIFFRACTION100
2.1969-2.31260.23111420.16692690X-RAY DIFFRACTION100
2.3126-2.45720.20451480.17522650X-RAY DIFFRACTION100
2.4572-2.64660.24341330.17422687X-RAY DIFFRACTION100
2.6466-2.91220.22041420.17032665X-RAY DIFFRACTION100
2.9122-3.3320.19381590.16022682X-RAY DIFFRACTION100
3.332-4.19180.19281500.14062684X-RAY DIFFRACTION100
4.1918-20.22050.18571570.14762737X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.2005 Å / Origin y: -10.227 Å / Origin z: -20.8396 Å
111213212223313233
T0.147 Å20.0062 Å2-0.0334 Å2-0.149 Å20.0427 Å2--0.1487 Å2
L1.5634 °2-0.39 °2-0.6025 °2-1.08 °20.637 °2--0.9628 °2
S-0.0317 Å °-0.2202 Å °0.0571 Å °0.1226 Å °0.0809 Å °-0.0647 Å °0.0344 Å °0.0328 Å °-0.047 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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