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万見
- PDB-4kdr: Crystal Structure of UBIG/SAH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kdr
タイトルCrystal Structure of UBIG/SAH complex
要素3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


2-polyprenyl-6-hydroxyphenol methylase / 3-demethylubiquinol 3-O-methyltransferase / 2-polyprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methyltransferase activity / 3,4-dihydroxy-5-polyprenylbenzoic acid O-methyltransferase activity / 2-octaprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-methoxy-1,4-benzoquinone methyltransferase activity / 3-demethylubiquinol-n 3-O-methyltransferase activity / 2-polyprenyl-6-hydroxyphenol methylase activity / ubiquinone biosynthesis complex / phosphatidylglycerol binding / hyperosmotic salinity response ...2-polyprenyl-6-hydroxyphenol methylase / 3-demethylubiquinol 3-O-methyltransferase / 2-polyprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methyltransferase activity / 3,4-dihydroxy-5-polyprenylbenzoic acid O-methyltransferase activity / 2-octaprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-methoxy-1,4-benzoquinone methyltransferase activity / 3-demethylubiquinol-n 3-O-methyltransferase activity / 2-polyprenyl-6-hydroxyphenol methylase activity / ubiquinone biosynthesis complex / phosphatidylglycerol binding / hyperosmotic salinity response / ubiquinone biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Zhu, Y. / Teng, M. / Li, X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the UBIG/SAH complex
著者: Zhu, Y. / Teng, M. / Li, X.
履歴
登録2013年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2172
ポリマ－24,8321
非ポリマー3841
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.133, 39.500, 40.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase / 2-polyprenyl-6-hydroxyphenyl methylase / 3 / 4-dihydroxy-5-hexaprenylbenzoate methyltransferase / ...2-polyprenyl-6-hydroxyphenyl methylase / 3 / 4-dihydroxy-5-hexaprenylbenzoate methyltransferase / DHHB methyltransferase


分子量: 24832.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ubiG, pufX, yfaB, b2232, JW2226 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P17993, 3-demethylubiquinol 3-O-methyltransferase, 2-polyprenyl-6-hydroxyphenol methylase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M citric acid PH 5.0 and 20% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.003→38.03 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.003→38.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 752 5.01 %
Rwork0.1892 --
obs0.1913 15024 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.321 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å20 Å20.56 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.003→38.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1559 0 26 72 1657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0962213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.677574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.003-2.15760.24971480.18412829X-RAY DIFFRACTION99
2.1576-2.37470.24971550.1772837X-RAY DIFFRACTION99
2.3747-2.71820.24031450.19482860X-RAY DIFFRACTION99
2.7182-3.42430.23761510.19322850X-RAY DIFFRACTION99
3.4243-38.03690.21751530.19022896X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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