PDB-4kcd: Crystal Structure of the NMDA Receptor GluN3A Ligand Binding Doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kcd

タイトル

Crystal Structure of the NMDA Receptor GluN3A Ligand Binding Domain Apo State

要素

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

serine binding / negative regulation of dendritic spine development / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / glutamate receptor activity / NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / neurotransmitter receptor complex / glycine binding / monoatomic cation transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Yao, Y. / Lau, A.Y. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
著者: Yao, Y. / Belcher, J. / Berger, A.J. / Mayer, M.L. / Lau, A.Y.

履歴

登録	2013年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kcd.cif.gz	352.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kcd.ent.gz	294.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kcd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kcd_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kcd_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	4kcd_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	4kcd_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/4kcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/4kcd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4kccC 2rc7S 2rc8 2rc9 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rc7-1 2rcb-1 6z31-d 1yh3-1 2i67-1 2o3q-1 3u6e-d 7ab2-d 3dzg-1 3u6l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (10) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A

B: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A

ヘテロ分子

66.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.029, 83.885, 99.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a dimer but this can not be generated by crystal symmetry operations for this structure

#1: タンパク質	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A / GluN3A / Glutamate receptor chi-1 / N-methyl-D-aspartate receptor / N-methyl-D-aspartate receptor ...GluN3A / Glutamate receptor chi-1 / N-methyl-D-aspartate receptor / N-methyl-D-aspartate receptor subtype 3A / NMDAR3A / NR3A / NMDAR-L / NMDAR-L1 分子量: 32936.301 Da / 分子数: 2 断片: Ligand Binding Domain (UNP residues 511-660, 776-915) 由来タイプ: 組換発現詳細: THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GluN3A. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKE R THEREFORE, THE SEQUENCE ...詳細: THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GluN3A. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKE R THEREFORE, THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE (5 11-660 AND 776-915) 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin3a / プラスミド: pET22 modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q9R1M7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GlUN3A. TRANSMEMBRANE ...THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GlUN3A. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER THEREFORE, THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE (511-660 AND 776-915).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4 詳細: 10% PEG 6K, 0.1 M MES, 0.12 M NaCl, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日 / 詳細: Double crystal
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→30 Å / Num. all: 72079 / Num. obs: 72079 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 27.9
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2RC7

2rc7

解像度: 1.68→29.449 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	3567	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1542	-	-	-
obs	0.1557	71098	98.9 %	-
all	-	71098	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.474 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0764 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3636 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.449 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4586	0	12	579	5177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4899
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.307	6675
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.215	1828
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	725
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	874

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.703	0.264	141	0.1852	2639	X-RAY DIFFRACTION	98
1.703-1.7274	0.2446	141	0.1712	2605	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7274-1.7531	0.1916	139	0.1649	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7531-1.7805	0.2272	153	0.1648	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7805-1.8097	0.2215	134	0.1588	2637	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8097-1.8409	0.1659	136	0.1503	2658	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8409-1.8744	0.1879	138	0.1447	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8744-1.9104	0.1885	137	0.1513	2659	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9104-1.9494	0.175	139	0.1442	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9494-1.9918	0.2064	146	0.1424	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9918-2.0381	0.1893	155	0.14	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0381-2.0891	0.1715	139	0.1398	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0891-2.1455	0.1482	149	0.1369	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1455-2.2087	0.1453	130	0.1343	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2087-2.2799	0.1853	145	0.14	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2799-2.3614	0.1863	145	0.1459	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3614-2.4559	0.1916	137	0.151	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4559-2.5676	0.1903	142	0.1545	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5676-2.7029	0.211	134	0.1567	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7029-2.8721	0.1892	148	0.1562	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8721-3.0936	0.1717	146	0.1559	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0936-3.4045	0.1796	153	0.1603	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4045-3.8962	0.1658	147	0.154	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8962-4.9051	0.1639	142	0.135	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9051-29.4537	0.2063	151	0.2	2943	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0417	0.2472	0.6696	1.3388	0.5829	2.1931	-0.0525	0.1133	0.0757	-0.1016	-0.0399	0.2087	-0.0476	-0.101	0.0101	0.0493	-0.012	-0.0204	0.0572	-0.0002	0.0526	-4.3774	-2.8409	-25.0859
2	1.8523	-0.6836	0.0146	4.406	-0.8745	2.6892	-0.0586	-0.3305	0.2956	0.5569	-0.0231	-0.2827	-0.1608	0.3441	0.0348	0.0766	-0.0167	-0.0012	0.1624	-0.0377	0.1227	16.9964	6.0122	-1.214
3	1.9021	-0.6403	-0.5659	2.5059	-0.1396	2.066	-0.1435	-0.2535	-0.1455	0.1952	0.0161	0.0417	0.379	-0.0278	0.0723	0.1028	0.0067	0.0377	0.0958	0.0152	0.0736	8.2764	-3.6177	1.499
4	1.0313	0.0246	0.6046	0.3912	-0.0955	1.7292	-0.0257	0.1396	0.1101	-0.0507	0.0474	-0.0333	-0.1477	0.1982	-0.0492	0.0709	-0.0316	0.0186	0.0812	0.014	0.0845	9.9393	3.9424	-17.004
5	1.4709	0.5018	0.2695	1.341	0.3139	1.8769	0.035	-0.2825	0.0679	0.0663	-0.0221	-0.1269	-0.0165	0.3848	-0.0128	0.07	0.0119	0.0134	0.189	-0.0048	0.121	44.7774	-3.9175	-7.1515
6	1.4598	0.2944	-0.1486	1.1572	0.0946	1.4802	-0.0893	-0.2325	-0.1979	-0.0077	0.0263	-0.1478	0.262	0.1342	-0.0105	0.1057	0.0541	0.028	0.0794	0.0398	0.0997	37.7737	-15.55	-12.5293
7	1.6064	-0.1573	-0.2083	2.0561	0.6624	1.7981	0.0237	0.0861	-0.0288	-0.0892	-0.0035	-0.2159	0.0478	0.0715	0.0067	0.0593	0.021	-0.0004	0.0572	-0.0011	0.089	44.6418	-17.8414	-36.5612
8	1.022	0.0965	0.0863	1.5568	-0.2626	1.4677	-0.0977	-0.0332	-0.0463	-0.0214	0.0237	0.0626	0.0518	-0.0917	0.0575	0.0633	0.0179	0.0117	0.076	-0.0126	0.091	27.5657	-11.1397	-19.0342

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:143)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 144:164)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 165:198)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 199:292)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 4:64)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 65:142)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 143:249)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 250:294)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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