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- PDB-4kbj: Structure of Mtb RNAP Beta subunit B1 and B2 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kbj
タイトルStructure of Mtb RNAP Beta subunit B1 and B2 domains
要素DNA-directed RNA polymerase subunit beta
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / DNA dependent RNA polymerase / CarD / TRCF / sigma factors / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding ...cell wall / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 ...Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4532 Å
データ登録者Gulten, G. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of the Mtb CarD/RNAP beta-Lobes Complex Reveals the Molecular Basis of Interaction and Presents a Distinct DNA-Binding Domain for Mtb CarD.
著者: Gulten, G. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2013年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5332
ポリマ－92,5332
非ポリマー00
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area36510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.183, 123.911, 135.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 46266.324 Da / 分子数: 2 / 断片: B1-B2 domains of Mtb RNAP / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT0695, MTCI376.08c, rpoB, Rv0667 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A680, UniProt: P9WGY9*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M potassium citrate tribasic monohydrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月9日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si (111) Liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.513 Å / Num. all: 33628 / Num. obs: 33628 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.0545
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4532→49.513 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 1701 5.07 %Random
Rwork0.2136 ---
all0.2161 33551 --
obs0.2161 33551 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.381 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6731 Å20 Å2-0 Å2
2--12.6434 Å2-0 Å2
3----11.9703 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4532→49.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6097 0 0 128 6225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6818393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2622365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031091
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4532-2.52540.30681480.26432541X-RAY DIFFRACTION97
2.5254-2.60690.36441300.27342582X-RAY DIFFRACTION100
2.6069-2.70.34591530.27942637X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.80810.33241530.26792615X-RAY DIFFRACTION100
2.8081-2.93590.3261270.2452636X-RAY DIFFRACTION100
2.9359-3.09070.3041490.25242622X-RAY DIFFRACTION100
3.0907-3.28430.29231590.23722621X-RAY DIFFRACTION100
3.2843-3.53780.27191300.22442689X-RAY DIFFRACTION100
3.5378-3.89370.26951160.20142656X-RAY DIFFRACTION100
3.8937-4.45680.20761360.16842702X-RAY DIFFRACTION100
4.4568-5.61390.21471380.18192721X-RAY DIFFRACTION100
5.6139-49.52280.24041620.20562828X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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