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- PDB-4kbm: Structure of the Mtb CarD/RNAP Beta subunit B1-B2 domains complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kbm
タイトルStructure of the Mtb CarD/RNAP Beta subunit B1-B2 domains complex
要素
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • RNA polymerase-binding transcription factor CarD
キーワードTRANSFERASE/TRANSCRIPTION / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Tudor / DNA-dependent RNA polymerase / transcription regulator / protein-protein complex / CarD / DNA / sigma factor / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of growth rate / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / cell wall / stringent response / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...regulation of growth rate / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / cell wall / stringent response / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CarD-like, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / : / : / CarD, C-terminal domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Thrombin, subunit H - #170 ...CarD-like, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / : / : / CarD, C-terminal domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Thrombin, subunit H - #170 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Thrombin, subunit H / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase-binding transcription factor CarD / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase-binding transcription factor CarD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1146 Å
データ登録者Gulten, G. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of the Mtb CarD/RNAP beta-Lobes Complex Reveals the Molecular Basis of Interaction and Presents a Distinct DNA-Binding Domain for Mtb CarD.
著者: Gulten, G. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2013年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
B: RNA polymerase-binding transcription factor CarD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2002
ポリマ－64,2002
非ポリマー00
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.152, 128.889, 225.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 46266.324 Da / 分子数: 1 / 断片: B1 and B2 domains of Mtb RNAP / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT0695, MTCI376.08c, rpoB, Rv0667 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS
参照: UniProt: P0A680, UniProt: P9WGY9*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 RNA polymerase-binding transcription factor CarD


分子量: 17933.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: carD, MT3689, Rv3583c / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O53568, UniProt: P9WJG3*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 14% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR 300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→37.59 Å / Num. all: 40844 / Num. obs: 40844 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.11→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique all: 4675 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXPhaserモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXPhaser位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KBJ

4kbj


解像度: 2.1146→37.588 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 2055 5.04 %Random
Rwork0.2079 ---
all0.2095 40748 --
obs0.2095 40748 97.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.559 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6012 Å2-0 Å20 Å2
2---3.4405 Å20 Å2
3---4.0417 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1146→37.588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4203 0 0 305 4508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8725770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2761617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1146-2.16380.31191200.27182215X-RAY DIFFRACTION85
2.1638-2.21790.29321300.25342587X-RAY DIFFRACTION99
2.2179-2.27790.29271310.2422573X-RAY DIFFRACTION100
2.2779-2.34490.27331390.23282600X-RAY DIFFRACTION100
2.3449-2.42060.25211430.23042555X-RAY DIFFRACTION100
2.4206-2.50710.2711430.22072623X-RAY DIFFRACTION100
2.5071-2.60740.28681400.2262573X-RAY DIFFRACTION100
2.6074-2.72610.28451200.23182650X-RAY DIFFRACTION100
2.7261-2.86980.30251330.22872623X-RAY DIFFRACTION100
2.8698-3.04950.27921410.22372588X-RAY DIFFRACTION100
3.0495-3.28480.24021150.2132652X-RAY DIFFRACTION99
3.2848-3.61510.22881400.20012585X-RAY DIFFRACTION98
3.6151-4.13770.20741360.18622579X-RAY DIFFRACTION97
4.1377-5.21080.18931560.16192566X-RAY DIFFRACTION96
5.2108-37.59360.22091680.20582724X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1422-0.71961.00971.4838-0.00161.6877-0.0423-0.12030.0235-0.1048-0.0237-0.0311-0.06850.04270.01980.07770.0179-0.0230.1676-0.03070.0997-10.1388-4.468439.7123
20.4729-0.6321-0.21351.70150.36380.2404-0.0101-0.1019-0.0939-0.0446-0.06870.0390.0766-0.06060.03390.0877-0.0105-0.01880.14630.00840.1579-9.5773-28.838133.399
31.3749-1.4717-0.38773.07810.15260.15140.0283-0.21250.12650.0860.1574-0.79840.09550.0301-0.1870.13160.01240.00310.18410.0080.36293.8151-34.265334.3786
45.2176-0.85420.61935.5468-0.27014.824-0.05390.27410.069-0.48230.0562-0.2875-0.27220.1617-0.01630.1485-0.0033-0.0140.12450.02420.2051-33.07111.63117.1702
53.79680.00860.7592.6988-0.5657.2488-0.29780.06050.0230.288-0.07650.0438-0.10830.38540.38580.38470.12670.10860.28480.04370.2496-43.921216.4987-2.2026
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq -5:128)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 129:325)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 328:379)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 2:58)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 63:145)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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