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- PDB-4k8x: Binary complex of 9N DNA polymerase in the replicative state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k8x
タイトルBinary complex of 9N DNA polymerase in the replicative state
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*(DOC))-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / Binary complex / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site ...DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5CY / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Betz, K. / Diederichs, K. / Marx, A.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: Structures of KOD and 9N DNA Polymerases Complexed with Primer Template Duplex
著者: Bergen, K. / Betz, K. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
T: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*(DOC))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,03317
ポリマ－98,4073
非ポリマー1,62614
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area36840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.215, 142.616, 66.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 89826.570 Da / 分子数: 1 / 変異: D141A, E143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus (古細菌) / 株: 9oN-7 / 遺伝子: pol, polA / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q56366, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4948.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA template
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*(DOC))-3')


分子量: 3632.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA primer

-
非ポリマー , 5種, 148分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-5CY / 1-(3-hydroxypropyl)-2-{(1E,3E,5E)-5-[1-(3-hydroxypropyl)-3,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-ylidene]penta-1,3-dien-1-y l}-3,3-dimethyl-3H-indolium / N,N'-(dipropyl)-tetramethylindodicarbocyanine / 1-(3-ヒドロキシプロピル)-2-[5-[1-(3-ヒドロキシプロピル)-3,3-ジメチル-2,3-ジヒドロ-1H-(以下略)


分子量: 471.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39N2O2
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Lithium chloride, 2.2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月5日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→48.712 Å / Num. all: 49646 / Num. obs: 49600 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 43.96 Å2 / Net I/σ(I): 9.07
反射 シェル解像度: 2.28→2.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1345)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QHT

1qht


解像度: 2.28→48.712 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.38 / Isotropic thermal model: isotropic and tls / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 2524 5.09 %
Rwork0.1953 --
obs0.1976 49542 99.81 %
all-49586 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 180.4 Å2 / Biso mean: 61.701 Å2 / Biso min: 24.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→48.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6217 573 95 134 7019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1579849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7182826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721035
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051196
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.28-2.32390.42171260.3662603100
2.3239-2.37130.38541330.34832563100
2.3713-2.42280.39831430.32882584100
2.4228-2.47920.35811360.30422584100
2.4792-2.54120.37611430.28672565100
2.5412-2.60990.27821330.26472582100
2.6099-2.68670.28841610.26522559100
2.6867-2.77340.32171350.25842581100
2.7734-2.87250.3341170.24982600100
2.8725-2.98750.32511510.25472586100
2.9875-3.12350.3241440.24632598100
3.1235-3.28810.29281350.21392607100
3.2881-3.49410.25311340.18612632100
3.4941-3.76370.23461380.1785260099
3.7637-4.14230.16321390.14682650100
4.1423-4.74130.15381400.12242644100
4.7413-5.97180.19711520.14632677100
5.9718-48.72350.18241640.1632803100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6473-0.4046-0.20061.3190.71053.82820.02060.92070.2682-0.2214-0.03410.1697-0.0939-0.18260.02410.2563-0.0399-0.04490.59630.17240.5609-32.144939.1512-40.3743
25.43081.8564-2.50322.4759-1.46933.0655-0.16720.4184-0.32820.0020.10080.08160.099-0.68090.05090.24570.016-0.00020.5913-0.11570.4435-51.426929.519-12.1571
32.0972-0.24330.08220.96760.03110.6157-0.044-0.0959-0.15250.1334-0.0222-0.09820.08490.07280.06440.2627-0.019-0.0220.33010.02950.3865-19.428824.2237-14.4604
43.83530.4740.81281.7817-0.0561.56050.1827-0.4446-0.98850.33090.01810.26330.2539-0.291-0.16520.45830.01930.0860.50240.11760.871-24.08682.8494-1.5516
51.74680.320.74720.3294-0.21022.23710.16010.3177-0.9959-0.2326-0.37280.34750.3333-0.14840.22980.3951-0.04820.06190.5226-0.07431.0002-22.31394.9457-16.3651
60.2381-0.96480.29654.7352-2.36812.15010.57510.3973-1.6466-0.5994-0.2244-0.7420.8849-0.1494-0.37250.6738-0.03090.01530.5691-0.15581.593-22.7619-3.1801-17.2415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:123)A1 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 124:255 )A124 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 256:553 )A256 - 553
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 554:758 )A554 - 758
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T' and (resseq 1:16)T1 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resseq 1:11)P1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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