PDB-4k8l: Crystal structure of a putative 4-hydroxyproline epimerase/3-hydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k8l

タイトル

Crystal structure of a putative 4-hydroxyproline epimerase/3-hydroxyproline dehydratse from the soil bacterium ochrobacterium anthropi, target efi-506495, disordered loops

要素

Proline racemase

キーワード

ISOMERASE / PROLINE RACEMASE / PROPOSED 3-OH PROLINE DEHYDRATASE / EFI / ENZYME FUNCTION INTIATIVE / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative

機能・相同性

4-hydroxyproline epimerase / 4-hydroxyproline epimerase activity / Proline racemase family / Proline racemase / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta / 4-hydroxyproline 2-epimerase 1

機能・相同性情報

生物種

Ochrobactrum anthropi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glen, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative 4-hydroxyproline epimerase/3-hydroxyproline dehydratse from the soil bacterium ochrobacterium anthropi, target efi-506495, disordered loops
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glen, A. / Chowdhury, S. / Evens, B. / Hammonds, J. ...

履歴

登録	2013年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月26日	Group: Structure summary
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k8l.cif.gz	181.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k8l.ent.gz	146.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k8l_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k8l_full_validation.pdf.gz	430 KB	表示
XML形式データ	4k8l_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	4k8l_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/4k8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/4k8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tm0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1q7t-d 2hjr-3 4mwz-d 2hjr-2 1rq7-d 7a9w-d 2qvh-d 1oc4-d 3fve-2 6mtf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-506495

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Proline racemase

37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Proline racemase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.263, 78.329, 114.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-430- HOH
2	1	A-533- HOH
3	1	A-535- HOH

#1: タンパク質	Proline racemase 分子量: 37028.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ochrobactrum anthropi (バクテリア) 株: ATCC 49188 / 遺伝子: Oant_0439 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6WW16
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein (15 mM Hepes, Reservoir MCSG2-C10 (0.2 M Sodium Nitrate, 20 %(w/v) PEG 3350) Cryoprotection (Reservoir+20% glycerol), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月25日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→64.635 Å / Num. all: 27674 / Num. obs: 27674 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.9-2	7.3	0.594	1.3	28890	3981	0.594	100
2-2.12	7.3	0.383	2	27505	3781	0.383	100
2.12-2.27	7.3	0.255	3	26104	3584	0.255	100
2.27-2.45	7.3	0.186	4.1	24058	3306	0.186	100
2.45-2.69	7.3	0.132	5.5	22429	3083	0.132	100
2.69-3	7.3	0.108	6	20337	2791	0.108	100
3-3.47	7.3	0.09	6.8	18012	2483	0.09	100
3.47-4.25	7.2	0.067	9.3	15144	2097	0.067	100
4.25-6.01	7.1	0.041	14	11880	1669	0.041	100
6.01-28.606	6.5	0.036	17.2	5849	899	0.036	94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TM0

1tm0

解像度: 1.9→28.606 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8627 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2071	1391	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1654	-	-	-
all	0.1675	27671	-	-
obs	0.1675	27671	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.12 Å² / B_iso mean: 34.0144 Å² / B_iso min: 7.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.606 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2282	0	0	191	2473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.349	3148
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	412
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.031	860

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9679	0.2261	131	0.2077	2579	2710	100
1.9679-2.0467	0.2173	139	0.1756	2612	2751	100
2.0467-2.1398	0.2477	141	0.1618	2607	2748	100
2.1398-2.2526	0.1951	122	0.1525	2607	2729	100
2.2526-2.3936	0.2216	139	0.1468	2625	2764	100
2.3936-2.5783	0.1738	140	0.151	2600	2740	100
2.5783-2.8376	0.2181	157	0.1569	2611	2768	100
2.8376-3.2477	0.2011	155	0.1581	2623	2778	100
3.2477-4.0898	0.2021	120	0.1677	2696	2816	100
4.0898-28.6092	0.2076	147	0.1751	2720	2867	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7093	-0.1376	0.1752	1.8679	-0.4905	1.5239	-0.0143	0.1223	0.1128	-0.0809	0.0198	0.0985	-0.0939	-0.0744	-0.0155	0.13	0.0004	-0.0154	0.0964	0.0221	0.0934	33.3754	15.0447	46.7239
2	1.9705	-0.2124	0.6191	0.5488	-0.0875	3.1508	0.0704	1.1001	0.311	-0.3464	-0.2235	-0.3663	-0.3053	1.0662	0.0656	0.3181	0.0864	0.0064	0.5674	0.1497	0.236	32.718	23.1909	21.8278
3	1.5764	0.4939	-0.0964	0.5232	0.1744	1.074	0.2603	0.2904	-0.2853	-0.2675	-0.0483	0.149	0.3412	0.068	-0.1963	0.3397	0.0951	-0.1003	0.2969	0.0259	0.2949	19.1339	18.4238	25.8548
4	0.6737	-0.4221	0.352	0.9571	-0.2203	0.6817	-0.0699	0.1082	0.2979	-0.2005	0.0187	-0.0672	-0.1354	-0.0201	-0.0115	0.1974	-0.0163	-0.0229	0.1222	0.0577	0.216	31.601	14.6092	40.6798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 142 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 222 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 223 through 280 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 289 through 332 )	A

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)