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- PDB-4k7b: Crystal structure of Extrinsic protein in photosystem II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k7b
タイトルCrystal structure of Extrinsic protein in photosystem II
要素Extrinsic protein in photosystem II
キーワードPHOTOSYNTHESIS
機能・相同性Sodium ion translocating NADH-quinone reductase subunit C-like / Photosystem II Psb31 protein / Photosystem II Psb31 protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Extrinsic protein in photosystem II
機能・相同性情報
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散, 分子置換 / 単一同系置換・異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Nagao, R. / Suga, M. / Niikura, A. / Okumura, A. / Koua, F.H.M. / Suzuki, T. / Tomo, T. / Enami, I. / Shen, J.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Psb31, a Novel Extrinsic Protein of Photosystem II from a Marine Centric Diatom and Implications for Its Binding and Function
著者: Nagao, R. / Suga, M. / Niikura, A. / Okumura, A. / Koua, F.H. / Suzuki, T. / Tomo, T. / Enami, I. / Shen, J.R.
履歴
登録2013年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extrinsic protein in photosystem II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5584
ポリマ－13,2741
非ポリマー2843
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.411, 92.411, 31.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-361-

HOH

21A-380-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Extrinsic protein in photosystem II


分子量: 13273.858 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 56-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 遺伝子: psb31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6ZHE7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 % / Mosaicity: 0.17 °
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.547→50 Å / Num. obs: 22604 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 16.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.387 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.55-1.585.10.49911261.022199.5
1.58-1.615.70.43711081.0981100
1.61-1.645.90.43111321.0961100
1.64-1.676.10.38111151.0711100
1.67-1.716.20.32311071.0551100
1.71-1.756.20.28711581.1131100
1.75-1.796.30.25410831.1421100
1.79-1.846.20.18911461.1671100
1.84-1.896.30.18311031.1631100
1.89-1.956.20.14911361.2041100
1.95-2.026.30.11911211.2171100
2.02-2.16.20.10111331.2911100
2.1-2.26.30.08711241.4221100
2.2-2.326.30.08711301.7721100
2.32-2.466.10.08411322.151199.9
2.46-2.6560.07511402.256199.8
2.65-2.925.90.06511322.335199.7
2.92-3.346.10.05411412.185199.7
3.34-4.216.20.02911501.148199.2
4.21-5060.02311870.801197.8

-
位相決定

位相決定
手法
単一同系置換・異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SHELX位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散, 分子置換
解像度: 1.55→30.249 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 19.92 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 1118 4.99 %
Rwork0.1855 21308 -
obs0.186 22426 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.52 Å2 / Biso mean: 21.3791 Å2 / Biso min: 8.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数827 0 16 99 942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1661230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077131
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.744345
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.62050.22071240.220826222746100
1.6205-1.7060.2261400.204626242764100
1.706-1.81280.23971510.191726532804100
1.8128-1.95280.20221430.176926802823100
1.9528-2.14930.18631570.180925972754100
2.1493-2.46010.21991440.176326652809100
2.4601-3.0990.19351290.189627112840100
3.099-30.25430.17091300.18272756288699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.9653 Å / Origin y: -13.5112 Å / Origin z: -13.9442 Å
111213212223313233
T0.1467 Å20.0243 Å2-0.0131 Å2-0.0697 Å20.0101 Å2--0.0909 Å2
L1.1185 °20.5905 °2-0.2969 °2-0.7536 °2-0.0043 °2--1.024 °2
S0.0715 Å °0.0414 Å °0.0147 Å °0.0547 Å °-0.039 Å °0 Å °-0.0988 Å °-0.0939 Å °-0.0252 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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