[日本語] English
万見
- PDB-2llf: Sixth Gelsolin-like domain of villin in 5 mM CaCl2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2llf
タイトルSixth Gelsolin-like domain of villin in 5 mM CaCl2
要素Villin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / actin regulation / beta-core / modular protein / villin / calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization ...regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / actin filament capping / actin polymerization or depolymerization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / actin filament bundle / microvillus / positive regulation of epithelial cell migration / ruffle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / cellular response to epidermal growth factor stimulus / filopodium / response to bacterium / epidermal growth factor receptor signaling pathway / actin filament binding / lamellipodium / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Severin / Severin ...Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Pfaff, D.A. / Brockerman, J. / Fedechkin, S. / Burns, L. / Zhang, F. / Mcknight, C. / Smirnov, S.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Gelsolin-like activation of villin: calcium sensitivity of the long helix in domain 6.
著者: Fedechkin, S.O. / Brockerman, J. / Pfaff, D.A. / Burns, L. / Webb, T. / Nelson, A. / Zhang, F. / Sabantsev, A.V. / Melnikov, A.S. / McKnight, C.J. / Smirnov, S.L.
履歴
登録2011年11月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Derived calculations / Other
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Villin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4281
ポリマ－12,4281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 600target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Villin-1


分子量: 12427.699 Da / 分子数: 1 / 断片: Gelsolin-like 6 domain containing residues 619-725 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: VIL1, VIL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02640

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Sixth Gelsolin-like domain of villin
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1422D 1H-1H NOESY
1513D HNHA
1613D HNHB
1713D HBHA(CO)NH
1813D 1H-15N TOCSY
1913D 1H-13C NOESY aliphatic
11013D 1H-13C NOESY aromatic
11113D 1H-15N NOESY
11213D (H)CCH-TOCSY
11313D (H)CCH-COSY
1141HN(CA)CO
1151HNCO
11632D 1H-1H TOCSY
11732D 1H-1H NOESY
11812D 1H-13C HSQC
11912D 1H-13C HSQC aliphatic
12012D 1H-13C HSQC aromatic

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150 M H2O, 5 M [U-2H] D2O, 10 mM [U-2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 20 mM [U-2H] PIPES, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] D6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
250 M H2O, 5 M [U-2H] D2O, 10 mM [U-2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 20 mM [U-2H] PIPES, 1 mM D6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
355 M [U-2H] D2O, 10 mM [U-2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 20 mM [U-2H] PIPES, 1 mM D6, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 MH2O-11
5 MD2O-2[U-2H]1
10 mMDTT-3[U-2H]1
0.01 %sodium azide-41
5 mMCalcium Chloride-51
20 mMPIPES-6[U-2H]1
1 mMD6-7[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 MH2O-82
5 MD2O-9[U-2H]2
10 mMDTT-10[U-2H]2
0.01 %sodium azide-112
5 mMCalcium Chloride-122
20 mMPIPES-13[U-2H]2
1 mMD6-142
55 MD2O-15[U-2H]3
10 mMDTT-16[U-2H]3
0.01 %sodium azide-173
5 mMCalcium Chloride-183
20 mMPIPES-19[U-2H]3
1 mMD6-203
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7201
Varian INOVAVarianINOVA5002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipe5.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
PREDITOR1Berjanskii MV, Neal S, Wishart DS構造決定
PREDITOR1Berjanskii MV, Neal S, Wishart DSdihedral prediction
PREDITOR1Berjanskii MV, Neal S, Wishart DSgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1056 / NOE intraresidue total count: 339 / NOE long range total count: 239 / NOE medium range total count: 140 / NOE sequential total count: 338 / Protein chi angle constraints total count: 94 / Protein other angle constraints total count: 104 / Protein phi angle constraints total count: 100 / Protein psi angle constraints total count: 104
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum torsion angle constraint violation: 7.15 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.38 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0411 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る