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万見
- PDB-1acz: GLUCOAMYLASE, GRANULAR STARCH-BINDING DOMAIN COMPLEX WITH CYCLODE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1acz
タイトルGLUCOAMYLASE, GRANULAR STARCH-BINDING DOMAIN COMPLEX WITH CYCLODEXTRIN, NMR, 5 STRUCTURES
要素GLUCOAMYLASE
キーワードPOLYSACCHARIDE DEGRADATION / HYDROLASE / STARCH BINDING DOMAIN / GLYCOSIDASE / GLYCOPROTEIN / ALTERNATIVE SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan 1,4-alpha-glucosidase / polysaccharide metabolic process / glucan 1,4-alpha-glucosidase activity / starch binding / fungal-type vacuole / polysaccharide catabolic process / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Glucoamylase, starch-binding / Glucoamylase, CBM20 domain / Glucoamylase / : / Glucoamylase active site region signature. / GH15-like domain / Glycosyl hydrolases family 15 / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. ...Glucoamylase, starch-binding / Glucoamylase, CBM20 domain / Glucoamylase / : / Glucoamylase active site region signature. / GH15-like domain / Glycosyl hydrolases family 15 / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cyclodextrin / Glucoamylase / Glucoamylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sorimachi, K. / Le Gal-Coeffet, M.-F. / Williamson, G. / Archer, D.B. / Williamson, M.P.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the granular starch binding domain of Aspergillus niger glucoamylase bound to beta-cyclodextrin.
著者: Sorimachi, K. / Le Gal-Coeffet, M.F. / Williamson, G. / Archer, D.B. / Williamson, M.P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Solution Structure of the Granular Starch Binding Domain of Glucoamylase from Aspergillus Niger by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy
著者: Sorimachi, K. / Jacks, A.J. / Le Gal-Coeffet, M.F. / Williamson, G. / Archer, D.B. / Williamson, M.P.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: 1H and 15N Assignments and Secondary Structure of the Starch-Binding Domain of Glucoamylase from Aspergillus Niger
著者: Jacks, A.J. / Sorimachi, K. / Le Gal-Coeffet, M.F. / Williamson, G. / Archer, D.B. / Williamson, M.P.
履歴
登録1997年2月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOAMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1913
ポリマ－11,8851
非ポリマー2,3062
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 100RANDOM FROM 81 GOOD STRUCTURES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 GLUCOAMYLASE / 1 / 4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCOHYDROLASE


分子量: 11884.820 Da / 分子数: 1 / 断片: STARCH-BINDING DOMAIN, RESIDUES 509 - 616 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: AB4.1 / プラスミド: PIGF / 遺伝子 (発現宿主): GLAA / 発現宿主: Aspergillus niger (黒麹菌)
参照: UniProt: P04064, UniProt: P69328*PLUS, glucan 1,4-alpha-glucosidase
#2: 多糖 Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-EDITED TOCSY
121NOESY

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試料調製

試料状態pH: 5.7 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX 500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RANDOM FROM 81 GOOD STRUCTURES
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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