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Yorodumi- PDB-5cnl: Crystal structure of an IcmL-like type IV secretion system protei... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cnl | ||||||
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Title | Crystal structure of an IcmL-like type IV secretion system protein (lpg0120) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 at 2.65 A resolution | ||||||
Components | IcmL-like | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / type IV secretion system / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
Function / homology | Type-IV b secretion system, inner-membrane complex component / Type-IV b secretion system, inner-membrane complex component / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / IcmL-like Function and homology information | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.65 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of an IcmL-like type IV secretion system protein (lpg0120) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 at 2.65 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cnl.cif.gz | 125.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cnl.ent.gz | 100.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cnl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5cnl_validation.pdf.gz | 465.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5cnl_full_validation.pdf.gz | 468.2 KB | Display | |
Data in XML | 5cnl_validation.xml.gz | 13.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5cnl_validation.cif.gz | 16.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/5cnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/5cnl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17305.326 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: lpg0120 / Plasmid: SpeedET / Production host: Escherichia Coli (E. coli) / Strain (production host): PB1 / References: UniProt: Q5ZZ91 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE CONSTRUCT (23-176) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (23-176) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.085M HEPES pH 7.5, 15% glycerol, 1.7% polyethylene glycol 400, 1.7M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL14-1 / Wavelength: 0.95369,0.9793,0.9791 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 25, 2015 Details: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.65→29.018 Å / Num. all: 13863 / Num. obs: 13863 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 14.1 % / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.155 / Rsym value: 0.149 / Net I/av σ(I): 4.786 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 194866 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.65→29.018 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9464 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9328 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 Details: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...Details: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. CONDITIONS. 3. PEG AND SO4 MODELED WERE PRESENT IN CRYO CONDITION. 4. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS).
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Displacement parameters | Biso max: 180.13 Å2 / Biso mean: 69.9986 Å2 / Biso min: 34.91 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.401 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→29.018 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.65→2.86 Å / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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