PDB-4k6f: X-ray crystal structure of a putative Acetoacetyl-CoA reductase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k6f

タイトル

X-ray crystal structure of a putative Acetoacetyl-CoA reductase from Burkholderia cenocepacia bound to the co-factor NADP

要素

Putative Acetoacetyl-CoA reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Acetoacetyl-CoA reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetoacetyl-CoA reductase / acetoacetyl-CoA reductase activity / poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / monocarboxylic acid metabolic process / lipid metabolic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-ray crystal structure of a putative Acetoacetyl-CoA reductase from Burkholderia cenocepacia bound to the co-factor NADP
著者: Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k6f.cif.gz	404.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k6f.ent.gz	330.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k6f_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k6f_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4k6f_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	4k6f_validation.cif.gz	66.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k6cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k6c-1 6wpr-1 6gd4-d 3jqg-d 3gn1-d 5vml-2 4clo-d 3osu-1 2wd8-d 4cm5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuceA.00010.o

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (5) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative Acetoacetyl-CoA reductase

B: Putative Acetoacetyl-CoA reductase

C: Putative Acetoacetyl-CoA reductase

D: Putative Acetoacetyl-CoA reductase

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.740, 101.330, 134.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative Acetoacetyl-CoA reductase 分子量: 27446.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: phbB, BceJ2315_08230, BCAL0833 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EAU4, acetoacetyl-CoA reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 945 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: JCSG+ G4: 0.1 M TRIS-HCl, 200 mM trimethylamine N-oxide, 20% PEG 2000 MME , pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→47.415 Å / Num. all: 146320 / Num. obs: 145003 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 19.215 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19.78

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.5-1.54		0.546	3.71	64115	10555	98.4
1.54-1.58		0.447	4.53	62718	10317	98.8
1.58-1.63		0.381	5.25	61216	10031	98.8
1.63-1.68		0.319	6.25	59752	9790	99.1
1.68-1.73		0.275	7.13	57298	9416	98.8
1.73-1.79		0.208	9.09	55862	9200	99
1.79-1.86		0.167	11.05	53223	8854	99.1
1.86-1.94		0.131	13.26	50618	8571	99.3
1.94-2.02		0.1	16.62	48250	8257	99.3
2.02-2.12		0.076	20.55	45258	7859	99.5
2.12-2.24		0.061	24.31	43025	7542	99.5
2.24-2.37		0.051	28.39	39948	7112	99.6
2.37-2.54		0.045	31.02	37307	6695	99.5
2.54-2.74		0.039	35.24	34559	6272	99.6
2.74-3		0.034	39.35	31552	5779	99.5
3-3.35		0.029	44.63	27686	5259	99.5
3.35-3.87		0.025	51.91	23914	4625	99.5
3.87-4.74		0.024	56.16	20214	3980	99.5
4.74-6.71		0.024	53.86	15919	3125	99.3
	6.71	0.023	56.1	8388	1764	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4K6C

4k6c

解像度: 1.5→47.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 3.217 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2126	7264	5 %	RANDOM
R_work	0.1652	-	-	-
obs	0.1676	137740	99.13 %	-
all	-	146320	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.9 Å² / B_iso mean: 15.131 Å² / B_iso min: 4.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7152	0	118	945	8215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	7463
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.966	10186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.811	3	16281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.627	5	993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.024	24.085	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.982	15	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.216	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8583
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.572	1.212	3921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.572	1.212	3920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.859	1.825	4898
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.062	3	14574
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	32.668	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.913	5	15129

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	512	-
R_work	0.23	10031	-
all	-	10543	-
obs	-	-	98.28 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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