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- PDB-4k5y: Crystal structure of human corticotropin-releasing factor recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k5y
タイトルCrystal structure of human corticotropin-releasing factor receptor 1 (CRF1R) in complex with the antagonist CP-376395
要素Corticotropin-releasing factor receptor 1, T4-Lysozyme chimeric construct
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RECEPTOR / 7TM / GPCR / FAMILY B / SIGNALLING PROTEIN / G-PROTEIN / MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


corticotropin-releasing hormone binding / corticotropin-releasing hormone receptor activity / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin secretion / general adaptation syndrome, behavioral process / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / parturition / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / behavioral response to ethanol ...corticotropin-releasing hormone binding / corticotropin-releasing hormone receptor activity / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin secretion / general adaptation syndrome, behavioral process / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / parturition / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / behavioral response to ethanol / fear response / Class B/2 (Secretin family receptors) / G protein-coupled peptide receptor activity / adrenal gland development / exploration behavior / activation of adenylate cyclase activity / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / female pregnancy / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic density membrane / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / neuron projection / cell surface receptor signaling pathway / endosome / defense response to bacterium / immune response / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. ...GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1Q5 / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-PGW / Endolysin / Corticotropin-releasing factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
ENTEROBACTERIA PHAGE T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.977 Å
データ登録者Hollenstein, K. / Kean, J. / Bortolato, A. / Cheng, R.K.Y. / Dore, A.S. / Jazayeri, A. / Cooke, R.M. / Weir, M. / Marshall, F.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structure of class B GPCR corticotropin-releasing factor receptor 1.
著者: Hollenstein, K. / Kean, J. / Bortolato, A. / Cheng, R.K. / Dore, A.S. / Jazayeri, A. / Cooke, R.M. / Weir, M. / Marshall, F.H.
履歴
登録2013年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticotropin-releasing factor receptor 1, T4-Lysozyme chimeric construct
B: Corticotropin-releasing factor receptor 1, T4-Lysozyme chimeric construct
C: Corticotropin-releasing factor receptor 1, T4-Lysozyme chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,77219
ポリマ－151,2893
非ポリマー5,48416
水1448
1
A: Corticotropin-releasing factor receptor 1, T4-Lysozyme chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8486
ポリマ－50,4301
非ポリマー1,4185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Corticotropin-releasing factor receptor 1, T4-Lysozyme chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,88610
ポリマ－50,4301
非ポリマー3,4579
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Corticotropin-releasing factor receptor 1, T4-Lysozyme chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0393
ポリマ－50,4301
非ポリマー6092
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.559, 123.968, 166.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Corticotropin-releasing factor receptor 1, T4-Lysozyme chimeric construct / CRF-R-1 / CRF-R1 / CRFR-1 / Corticotropin-releasing hormone receptor 1 / CRH-R-1 / CRH-R1 / ...CRF-R-1 / CRF-R1 / CRFR-1 / Corticotropin-releasing hormone receptor 1 / CRH-R-1 / CRH-R1 / Endolysin Lysis protein / Muramidase


分子量: 50429.598 Da / 分子数: 3
断片: UNP P34998 RESIDUES 104-220, UNP P00720 RESIDUES 2-161, UNP P34998 RESIDUES 224-373
変異: v120a, l144a, w156a, s160a, n40s, a41v, c54s, c97s, t151a, k228a, f260a, i277a, y309a, f330a, s349a, y363a
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト), (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE T4 (ファージ)
遺伝子: CRF1R, CRFR, CRFR1, CRHR, CRHR1, E / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P34998, UniProt: P00720

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非ポリマー , 7種, 24分子

#2: 化合物 ChemComp-1Q5 / 3,6-dimethyl-N-(pentan-3-yl)-2-(2,4,6-trimethylphenoxy)pyridin-4-amine / CP-376395


分子量: 326.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N2O
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CRYSTALLIZED SEQUENCE REFERS TO ISOFORM 2 CRF-R2 OF CORTICOTROPIN-RELEASING FACTOR RECEPTOR 1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 35

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 295.6 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 30% (v/v) PEG 400, 0.2M lithium sulphate, 0.1M sodium citrate 5.5, Lipidic Cubic Phase, temperature 295.6K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月27日
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→34.14 Å / Num. all: 32141 / Num. obs: 30535 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.97→3.14 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 68.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3EML; 3PBL

3eml

3pbl


解像度: 2.977→34.14 Å / SU ML: 0.45 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 27.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2646 1586 4.94 %
Rwork0.2417 --
obs0.2428 30535 85.67 %
all-81748 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.977→34.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8477 0 338 8 8823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39512180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7323287
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1091349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9774-3.07340.36381080.34211964X-RAY DIFFRACTION62
3.0734-3.18320.37891410.3222567X-RAY DIFFRACTION81
3.1832-3.31050.32731300.29552619X-RAY DIFFRACTION82
3.3105-3.4610.29471410.272733X-RAY DIFFRACTION85
3.461-3.64330.28091160.25292743X-RAY DIFFRACTION85
3.6433-3.87130.26391580.23292886X-RAY DIFFRACTION90
3.8713-4.16970.26131590.2232898X-RAY DIFFRACTION90
4.1697-4.58840.25291470.21422973X-RAY DIFFRACTION92
4.5884-5.25030.22051590.20983007X-RAY DIFFRACTION93
5.2503-6.6070.2831580.24573012X-RAY DIFFRACTION91
6.607-34.15720.21451690.2273124X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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