PDB-4k5c: From DARPins to LoopDARPins: Novel LoopDARPin Design Allows the S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k5c

タイトル

From DARPins to LoopDARPins: Novel LoopDARPin Design Allows the Selection of Low Picomolar Binders in a Single Round of Ribosome Display

要素

Loop Designed Ankyrin Repeat Protein Nran1_G06_C

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schilling, J. / Schoeppe, J. / Plueckthun, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: From DARPins to LoopDARPins: novel LoopDARPin design allows the selection of low picomolar binders in a single round of ribosome display
著者: Schilling, J. / Schoeppe, J. / Plueckthun, A.

履歴

登録	2013年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k5c.cif.gz	87.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k5c.ent.gz	66.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k5c_validation.pdf.gz	422.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k5c_full_validation.pdf.gz	424 KB	表示
XML形式データ	4k5c_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	4k5c_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k5a 4k5b
類似構造データ	7lcy-2 3f9q-d 6fnq-2 2oqh-3 6fnt-2 3ffa-d 4ovs-2 3fet-2 4pin-2 2ogj-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Loop Designed Ankyrin Repeat Protein Nran1_G06_C

B: Loop Designed Ankyrin Repeat Protein Nran1_G06_C

39.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.600, 63.900, 113.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Loop Designed Ankyrin Repeat Protein Nran1_G06_C 分子量: 19811.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: XL1-blue / プラスミド: pQIq / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Na-cacodylate, 0.2M Li2SO4, 8% PEG20000, 8% PEG550 MME, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 40279 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 26.707 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.15

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74		0.767	0.467	2.51	9285	2957	2942	0.563	99.5
1.74-1.79		0.549	0.369	3.18	9125	2866	2854	0.444	99.6
1.79-1.84		0.425	0.294	4.2	9630	2829	2821	0.35	99.7
1.84-1.9		0.356	0.247	5.01	9206	2706	2700	0.294	99.8
1.9-1.96		0.256	0.183	6.46	8831	2629	2625	0.217	99.8
1.96-2.03		0.206	0.147	7.68	8395	2556	2538	0.175	99.3
2.03-2.11		0.152	0.106	9.87	7731	2481	2461	0.128	99.2
2.11-2.19		0.122	0.095	11.25	7860	2387	2375	0.113	99.5
2.19-2.29		0.101	0.082	13.32	7771	2285	2276	0.098	99.6
2.29-2.4		0.084	0.07	15.26	7439	2202	2192	0.084	99.5
2.4-2.53		0.065	0.06	17.49	6952	2092	2077	0.071	99.3
2.53-2.69		0.057	0.049	19.49	6165	1983	1954	0.059	98.5
2.69-2.87		0.049	0.045	22.24	6157	1872	1865	0.053	99.6
2.87-3.1		0.037	0.037	26.31	5944	1753	1745	0.044	99.5
3.1-3.4		0.031	0.034	28.17	5309	1602	1597	0.041	99.7
3.4-3.8		0.028	0.034	31.29	4642	1482	1450	0.04	97.8
3.8-4.39		0.024	0.029	32.95	4015	1304	1293	0.035	99.2
4.39-5.38		0.023	0.029	34.73	3719	1131	1126	0.035	99.6
5.38-7.6		0.028	0.03	30.15	2598	881	870	0.036	98.8
	7.6	0.024	0.03	32.83	1545	532	518	0.036	97.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	45.46 Å
Translation	2.5 Å	45.46 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→45.456 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.8786 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1969	2016	5.01 %
R_work	0.1713	-	-
obs	0.1726	40275	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.934 Å² / k_sol: 0.362 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.72 Å² / B_iso mean: 21.5691 Å² / B_iso min: 7.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6248 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.0046 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.3798 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.456 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2591	0	0	488	3079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2693
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	3673
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	487
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.97	950

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7425	0.2792	138	0.2574	2695	2833	99
1.7425-1.7896	0.2805	155	0.2408	2671	2826	100
1.7896-1.8423	0.2626	140	0.2223	2738	2878	100
1.8423-1.9018	0.2414	160	0.2079	2668	2828	100
1.9018-1.9697	0.2843	136	0.1842	2731	2867	100
1.9697-2.0486	0.1894	153	0.178	2664	2817	99
2.0486-2.1418	0.211	127	0.1612	2735	2862	99
2.1418-2.2547	0.2062	143	0.173	2718	2861	100
2.2547-2.396	0.1942	138	0.1672	2717	2855	100
2.396-2.581	0.2014	138	0.1678	2736	2874	99
2.581-2.8407	0.2149	139	0.1592	2732	2871	99
2.8407-3.2516	0.1724	139	0.1658	2781	2920	100
3.2516-4.0963	0.1418	152	0.148	2757	2909	99
4.0963-45.4723	0.1935	158	0.1666	2916	3074	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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