ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XSCALE | | データスケーリング | | PHASER | 2.3.0位相決定 | | PHENIX | 1.7.2_869精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→45.456 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.8786 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1969 | 2016 | 5.01 % |
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Rwork | 0.1713 | - | - |
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obs | 0.1726 | 40275 | 99.37 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.934 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 75.72 Å2 / Biso mean: 21.5691 Å2 / Biso min: 7.39 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.6248 Å2 | 0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 4.0046 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -3.3798 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.456 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2591 | 0 | 0 | 488 | 3079 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 2693 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.991 | 3673 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.064 | 416 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 487 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.97 | 950 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.7-1.7425 | 0.2792 | 138 | 0.2574 | 2695 | 2833 | 99 | 1.7425-1.7896 | 0.2805 | 155 | 0.2408 | 2671 | 2826 | 100 | 1.7896-1.8423 | 0.2626 | 140 | 0.2223 | 2738 | 2878 | 100 | 1.8423-1.9018 | 0.2414 | 160 | 0.2079 | 2668 | 2828 | 100 | 1.9018-1.9697 | 0.2843 | 136 | 0.1842 | 2731 | 2867 | 100 | 1.9697-2.0486 | 0.1894 | 153 | 0.178 | 2664 | 2817 | 99 | 2.0486-2.1418 | 0.211 | 127 | 0.1612 | 2735 | 2862 | 99 | 2.1418-2.2547 | 0.2062 | 143 | 0.173 | 2718 | 2861 | 100 | 2.2547-2.396 | 0.1942 | 138 | 0.1672 | 2717 | 2855 | 100 | 2.396-2.581 | 0.2014 | 138 | 0.1678 | 2736 | 2874 | 99 | 2.581-2.8407 | 0.2149 | 139 | 0.1592 | 2732 | 2871 | 99 | 2.8407-3.2516 | 0.1724 | 139 | 0.1658 | 2781 | 2920 | 100 | 3.2516-4.0963 | 0.1418 | 152 | 0.148 | 2757 | 2909 | 99 | 4.0963-45.4723 | 0.1935 | 158 | 0.1666 | 2916 | 3074 | 99 |
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