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- PDB-4k5a: Co-crystallization with conformation-specific designed ankyrin re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k5a
タイトルCo-crystallization with conformation-specific designed ankyrin repeat proteins explains the conformational flexibility of BCL-W
要素
  • Bcl-2-like protein 2
  • Designed Ankyrin Repeat Protein 013_D12
キーワードAPOPTOSIS / anti-apoptotic BCL-2 family / BCL-W / crystal structure / ligand binding-competent conformation / DARPins
機能・相同性
機能・相同性情報


Sertoli cell proliferation / Bcl-2 family protein complex / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / disordered domain specific binding / channel activity / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of apoptotic process ...Sertoli cell proliferation / Bcl-2 family protein complex / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / disordered domain specific binding / channel activity / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-W / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Ankyrin repeat-containing domain / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-W / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Ankyrin repeat-containing domain / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schilling, J. / Schoeppe, J. / Sauer, E. / Plueckthun, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Co-Crystallization with Conformation-Specific Designed Ankyrin Repeat Proteins Explains the Conformational Flexibility of BCL-W
著者: Schilling, J. / Schoppe, J. / Sauer, E. / Pluckthun, A.
履歴
登録2013年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22014年6月11日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 2
B: Designed Ankyrin Repeat Protein 013_D12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3822
ポリマ－38,3822
非ポリマー00
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.700, 42.600, 76.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 2 / Bcl2-L-2 / Apoptosis regulator Bcl-W


分子量: 20194.453 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-171 / 変異: P128V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: BCL2L2 / プラスミド: pPANK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue / 参照: UniProt: Q1RMX3
#2: タンパク質 Designed Ankyrin Repeat Protein 013_D12


分子量: 18187.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pQIq / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THE ENTITY 2 DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1M HEPES, 0.2M Li2SO4 , 25% PEG4000, pH 8, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 52907 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.547 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.5-1.540.4430.3333.5612285399538390.39796.1
1.54-1.580.3640.2854.3912922382736910.33596.4
1.58-1.630.290.2415.313313377336850.28297.7
1.63-1.680.2330.1986.2212793361235470.23398.2
1.68-1.730.2050.1687.1612392356334800.19897.7
1.73-1.790.1780.148.1611614345333910.16698.2
1.79-1.860.1270.1159.9111246329032240.13598
1.86-1.940.1070.09811.9911508318231360.11498.6
1.94-2.020.0860.08213.7610889303830010.09698.8
2.02-2.120.0640.06616.5510537295129220.07899
2.12-2.240.0550.05718.619452275527160.06798.6
2.24-2.370.0450.0520.398765266726170.05998.1
2.37-2.540.0410.04723.478903244424270.05599.3
2.54-2.740.0360.04424.858389233023080.05199.1
2.74-30.0310.03926.937462212721090.04699.2
3-3.350.030.03627.436095194319010.04397.8
3.35-3.870.0230.03333.016076172017010.03998.9
3.87-4.740.0230.03234.195167145414430.03899.2
4.74-6.710.0260.03431.53629115111230.0497.6
6.710.0240.03436.5922666596460.04198

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.39 Å
Translation2.5 Å39.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→39.393 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8941 / SU ML: 0.38 / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1903 2691 5.09 %
Rwork0.1565 --
obs0.1582 52902 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.642 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 60.69 Å2 / Biso mean: 19.7008 Å2 / Biso min: 5.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8284 Å20 Å2-0.0519 Å2
2--0.6295 Å2-0 Å2
3---0.1989 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 0 402 2870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9373537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.77929
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.52730.2411260.20682604273096
1.5273-1.55670.25871500.19222552270297
1.5567-1.58840.22971470.18652598274597
1.5884-1.6230.20561320.1782630276298
1.623-1.66070.22291380.16292602274098
1.6607-1.70230.22571430.17112599274297
1.7023-1.74830.21731300.15882647277799
1.7483-1.79970.20891350.14882639277498
1.7997-1.85780.2031600.1372611277198
1.8578-1.92420.20821310.14052650278199
1.9242-2.00130.16471400.14412647278799
2.0013-2.09230.21241720.14752616278899
2.0923-2.20270.17321480.14042650279899
2.2027-2.34060.171370.13922652278998
2.3406-2.52130.17651440.14532662280699
2.5213-2.7750.18511380.15432680281899
2.775-3.17640.18831490.15912692284199
3.1764-4.00130.17951310.14982716284799
4.0013-39.40640.17361400.17672764290498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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