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万見
- PDB-4k3i: Crystal Structure of the Quinol Form of Methylamine Dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k3i
タイトルCrystal Structure of the Quinol Form of Methylamine Dehydrogenase in Complex with the Diferrous Form of MauG, C2 Space Group
要素
  • (Methylamine dehydrogenase ...) x 2
  • Methylamine utilization protein MauG
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity ...methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain ...Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Di-c-type haem protein, MauG/cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HEME C / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine utilization protein MauG
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yukl, E.Y. / Wilmot, C.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structures of MauG in complex with quinol and quinone MADH.
著者: Yukl, E.T. / Jensen, L.M. / Davidson, V.L. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylamine utilization protein MauG
B: Methylamine utilization protein MauG
C: Methylamine dehydrogenase light chain
D: Methylamine dehydrogenase heavy chain
E: Methylamine dehydrogenase light chain
F: Methylamine dehydrogenase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,97221
ポリマ－197,0196
非ポリマー2,95315
水30,7521707
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25400 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area59620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)346.356, 55.558, 112.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-907-

HOH

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要素

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タンパク質 / 抗体 / Methylamine dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ABCEDF

#1: タンパク質 Methylamine utilization protein MauG


分子量: 41146.629 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-387 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: Pd 1222 / 遺伝子: mauG, Pden_4736 / 発現宿主: Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: Q51658, 酸化還元酵素
#2: 抗体 Methylamine dehydrogenase light chain / MADH / Methylamine dehydrogenase (amicyanin)


分子量: 15041.593 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 58-188 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
遺伝子: mauA / 発現宿主: Rhodobacter spheroides (バクテリア)
参照: UniProt: P22619, methylamine dehydrogenase (amicyanin)
#3: タンパク質 Methylamine dehydrogenase heavy chain


分子量: 42321.152 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-417 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_4730 / 発現宿主: Rhodobacter spheroides (バクテリア) / 参照: UniProt: A1BB97, EC: 1.4.99.3

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非ポリマー , 6種, 1722分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1707 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Drops contained 1uL protein with 3uL reservoir solution. WT-MauG and MADH were each reduced in an anaerobic glove box prior to preparing the protein mixture for crystallization. Protein ...詳細: Drops contained 1uL protein with 3uL reservoir solution. WT-MauG and MADH were each reduced in an anaerobic glove box prior to preparing the protein mixture for crystallization. Protein mixture: 100uM reduced WT-MauG and 50uM reduced MADH in 10mM potassium phosphate pH7.5 with 2mM sodium dithionite. Reservoir solution contained: 24% w/v PEG 8000, 0.1M sodium acetate, 0.1M MES pH 6.4 and 2mM sodium dithionite. Crystallization was carried out in an anaerobic glove box at ambient temperature., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月5日 / 詳細: BIOMORPH MIRRORS (KIRKPATRICK- BAEZ CONFIGURATION)
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 132241 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 13.55
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Rsym value: 0.551 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3SXT

3sxt


解像度: 2→43.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.983 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19013 6968 5 %RANDOM
Rwork0.14369 ---
all0.14602 132241 --
obs0.14602 131712 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.748 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20.1 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13249 0 198 1707 15154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01914018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0651.97619148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9443.00229340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.71151743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55723.686681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.604152086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.72315114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02116298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023294
LS精密化 シェル解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 511 -
Rwork0.205 9428 -
obs--96.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1215-0.003-0.06820.02380.01810.0968-0.01390.0221-0.00450.0176-0.0098-0.0230.0145-0.05840.02370.0251-0.0156-0.04070.1291-0.010.0924-43.5701-29.84064.044
20.11090.03110.01080.1034-0.01530.41510.00870.0168-0.0157-0.00740.017-0.0269-0.0344-0.0052-0.02570.0383-0.0003-0.03530.1015-0.00060.091-15.1369-9.2095-36.2709
30.1751-0.0226-0.18240.03770.09491.10480.01710.0360.0130.01250.0038-0.0398-0.006-0.1962-0.0210.00850.0066-0.01810.1780.00790.0589-77.6499-15.130642.17
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C7 - 131
2X-RAY DIFFRACTION1D11 - 386
3X-RAY DIFFRACTION1E7 - 131
4X-RAY DIFFRACTION1F11 - 386
5X-RAY DIFFRACTION2A6 - 359
6X-RAY DIFFRACTION2A401 - 403
7X-RAY DIFFRACTION3B6 - 362
8X-RAY DIFFRACTION3B401 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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