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- PDB-4k3c: The crystal structure of BamA from Haemophilus ducreyi lacking PO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k3c
タイトルThe crystal structure of BamA from Haemophilus ducreyi lacking POTRA domains 1-3
要素Outer membrane protein assembly factor BamA
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / beta-barrel membrane protein / insertase
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain ...membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / ポリン (タンパク質) / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Βバレル / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus ducreyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.913 Å
データ登録者Noinaj, N. / Lukacik, P. / Chang, H. / Easley, N. / Buchanan, S.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural insight into the biogenesis of beta-barrel membrane proteins.
著者: Noinaj, N. / Kuszak, A.J. / Gumbart, J.C. / Lukacik, P. / Chang, H. / Easley, N.C. / Lithgow, T. / Buchanan, S.K.
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22013年10月2日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4281
ポリマ－59,4281
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.779, 88.162, 244.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量: 59427.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus ducreyi (バクテリア)
遺伝子: D15, bamA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93PM2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.6 %
結晶化温度: 295 K
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法, bicelles
pH: 7.5
詳細: 100 mM Na-citrate, 100 mM HEPES 7.5, 12% MPD, Vapor Diffusion, Hanging Drop, bicelles, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月3日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 24429 / Num. obs: 23056 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2023 / Rsym value: 0.76 / % possible all: 84.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIX/AutoSOLモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1042)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX/AutoSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.913→19.947 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2704 3706 8.57 %random
Rwork0.2195 ---
obs0.2239 23056 99.35 %-
all-24429 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.913→19.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3947 0 0 12 3959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8615619
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6091471
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.13596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.913-2.95120.44981500.33961591X-RAY DIFFRACTION99
2.9512-2.99150.34881410.31761490X-RAY DIFFRACTION99
2.9915-3.03410.36661400.28771505X-RAY DIFFRACTION98
3.0341-3.07930.34591350.27131459X-RAY DIFFRACTION99
3.0793-3.12720.26561410.25231554X-RAY DIFFRACTION99
3.1272-3.17830.33121470.25251559X-RAY DIFFRACTION100
3.1783-3.23290.26071410.23981511X-RAY DIFFRACTION100
3.2329-3.29140.31481330.22811491X-RAY DIFFRACTION100
3.2914-3.35440.33071470.211551X-RAY DIFFRACTION100
3.3544-3.42250.32061490.21261553X-RAY DIFFRACTION100
3.4225-3.49660.29461440.21411494X-RAY DIFFRACTION100
3.4966-3.57750.23571440.18451528X-RAY DIFFRACTION100
3.5775-3.66640.23381520.18251566X-RAY DIFFRACTION99
3.6664-3.76490.26111350.2011420X-RAY DIFFRACTION99
3.7649-3.87490.26161420.19311534X-RAY DIFFRACTION99
3.8749-3.9990.23641430.22541577X-RAY DIFFRACTION100
3.999-4.14070.28041370.22491484X-RAY DIFFRACTION100
4.1407-4.30490.26131480.22251549X-RAY DIFFRACTION100
4.3049-4.49870.26331430.20871488X-RAY DIFFRACTION99
4.4987-4.73290.23851420.18841531X-RAY DIFFRACTION99
4.7329-5.0250.24111440.1991510X-RAY DIFFRACTION99
5.025-5.40580.25841470.21531532X-RAY DIFFRACTION99
5.4058-5.93670.26011370.20841537X-RAY DIFFRACTION100
5.9367-6.76630.30071490.21571515X-RAY DIFFRACTION100
6.7663-8.41680.23071370.22241499X-RAY DIFFRACTION99
8.4168-19.94740.2551380.24261510X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1972-0.4566-0.17911.70050.74080.319-0.06190.845-0.5408-1.08160.14490.02660.45250.0429-0.16281.71150.0540.0690.9624-0.40840.92283.19528.8268-104.4904
21.03070.5858-0.22862.3907-0.64570.2010.0914-0.0531-0.0282-0.0047-0.12270.0446-0.015-0.00730.04520.30280.03720.05420.3602-0.03680.3212-0.947512.9309-55.9038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 262 through 398 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 399 through 793 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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