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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k30 | ||||||
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タイトル | Structure of the N-acetyltransferase domain of human N-acetylglutamate synthase | ||||||
要素 | N-acetylglutamate synthase, mitochondrial | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GCN5-ralated N-acetyltransferase fold / synthase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methione N-acyltransferase activity / amino-acid N-acetyltransferase / acetyl-CoA:L-glutamate N-acetyltransferase activity / Urea cycle / glutamate metabolic process / urea cycle / arginine biosynthetic process / arginine binding / mitochondrial matrix / phosphorylation / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, D. / Zhao, G. / Jin, Z. / Allewell, N.M. / Tuchman, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Crystal structure of the N-acetyltransferase domain of human N-acetyl-L-glutamate synthase in complex with N-acetyl-L-glutamate provides insights into its catalytic and regulatory mechanisms. 著者: Zhao, G. / Jin, Z. / Allewell, N.M. / Tuchman, M. / Shi, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k30.cif.gz | 268.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k30.ent.gz | 218.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k30.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4k30_validation.pdf.gz | 470.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4k30_full_validation.pdf.gz | 480.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4k30_validation.xml.gz | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4k30_validation.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k30 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3s6hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18320.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAGS / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N159, amino-acid N-acetyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-NLG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Bis-tris, pH 6.5, 35% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 44139 / Num. obs: 44139 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.276 / Net I/σ(I): 12.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3S6H 解像度: 2.103→38.458 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8226 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 24.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 157.27 Å2 / Biso mean: 55.433 Å2 / Biso min: 18.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.103→38.458 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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