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- PDB-4k28: 2.15 Angstrom resolution crystal structure of a shikimate dehydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k28
タイトル2.15 Angstrom resolution crystal structure of a shikimate dehydrogenase family protein from Pseudomonas putida KT2440 in complex with NAD+
要素Shikimate dehydrogenase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann-fold NAD(P)(+)-binding site / Shikimate dehydrogenase / NAD+ binding / Shikimate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase family / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Shikimate dehydrogenase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Garcia, C. / Peek, J. / Petit, P. / Christendat, D.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Insights into the function of RifI2: structural and biochemical investigation of a new shikimate dehydrogenase family protein.
著者: Peek, J. / Garcia, C. / Lee, J. / Christendat, D.
履歴
登録2013年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年4月17日ID: 3TUM
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shikimate dehydrogenase family protein
B: Shikimate dehydrogenase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,87211
ポリマ－56,1922
非ポリマー1,6799
水4,666259
1
A: Shikimate dehydrogenase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9245
ポリマ－28,0961
非ポリマー8284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Shikimate dehydrogenase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9476
ポリマ－28,0961
非ポリマー8515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Shikimate dehydrogenase family protein
ヘテロ分子

A: Shikimate dehydrogenase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,87211
ポリマ－56,1922
非ポリマー1,6799
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y+1/2,-z-1/21
Buried area5050 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area21810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.437, 76.688, 153.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Shikimate dehydrogenase family protein


分子量: 28096.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT2440 / 遺伝子: pp2608, PP_2608 / プラスミド: p15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q88JP1
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG 8000 , pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→19.22 Å / Num. all: 29340 / Num. obs: 29145 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4202 / Rsym value: 0.559 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_237)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→19.22 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 22.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2382 1399 5.07 %RANDOM
Rwork0.1791 ---
obs0.1821 27601 94.15 %-
all-29340 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.413 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.032 Å20 Å20 Å2
2---0.0863 Å2-0 Å2
3---0.0543 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 95 259 4236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2725570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.3781546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.22680.25721310.21122371X-RAY DIFFRACTION87
2.2268-2.31580.29141180.21232391X-RAY DIFFRACTION88
2.3158-2.4210.28191280.20932474X-RAY DIFFRACTION90
2.421-2.54840.25591230.20762526X-RAY DIFFRACTION92
2.5484-2.70760.28441580.19832571X-RAY DIFFRACTION94
2.7076-2.9160.28051320.20542642X-RAY DIFFRACTION95
2.916-3.20820.24651450.18672714X-RAY DIFFRACTION97
3.2082-3.66970.22551420.16122776X-RAY DIFFRACTION99
3.6697-4.61280.19141480.14392809X-RAY DIFFRACTION99
4.6128-19.2250.19811740.14862928X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.9082 Å / Origin y: 13.7382 Å / Origin z: -18.9135 Å
111213212223313233
T0.0254 Å2-0.0011 Å20.0158 Å2-0.0317 Å20.0195 Å2--0.0461 Å2
L0.1616 °20.175 °2-0.0462 °2-0.1489 °2-0.0406 °2--0.2722 °2
S-0.0184 Å °0.0274 Å °-0.0424 Å °-0.037 Å °0.0546 Å °-0.0486 Å °0.0283 Å °-0.064 Å °-0.0299 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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