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- PDB-4k06: Crystal structure of MTX-II from Bothrops brazili venom complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k06
タイトルCrystal structure of MTX-II from Bothrops brazili venom complexed with polyethylene glycol
要素MTX-II
キーワードTOXIN / Phospholipase A2
機能・相同性
機能・相同性情報


: / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PE / TRIETHYLENE GLYCOL / Basic phospholipase A2 homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops brazili (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Fernandes, C.A.H. / Comparetti, E.J. / Borges, R.J. / Fontes, M.R.M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structural bases for a complete myotoxic mechanism: Crystal structures of two non-catalytic phospholipases A2-like from Bothrops brazili venom.
著者: Fernandes, C.A.H. / Comparetti, E.J. / Borges, R.J. / Huancahuire-Vega, S. / Ponce-Soto, L.A. / Marangoni, S. / Soares, A.M. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MTX-II
B: MTX-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,80210
ポリマ－27,5062
非ポリマー1,2958
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.010, 71.414, 44.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MTX-II


分子量: 13753.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops brazili (ヘビ) / 参照: UniProt: I6L8L6*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT


分子量: 310.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING IS ...A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING IS USED IN THIS ENTRY. MANY NUMBERS WERE SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING AND HAVE NOTHING TO DO WITH LACK OF ELECTRON DENSITY.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% (w/v) PEG 8000, 0.25M Ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.435 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日
放射モノクロメーター: Single Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.435 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→20 Å / Num. all: 13821 / Num. obs: 13752 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 5.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→19.017 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.78 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 23.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 693 5.04 %
Rwork0.1927 --
obs0.195 13751 95.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.2752 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→19.017 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1837 0 76 251 2164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041959
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8612607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.944734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0801-2.24040.26421410.21672599X-RAY DIFFRACTION96
2.2404-2.46550.24621420.20052669X-RAY DIFFRACTION98
2.4655-2.82120.25331440.20292628X-RAY DIFFRACTION97
2.8212-3.55070.22391370.19172643X-RAY DIFFRACTION96
3.5507-19.01750.22231290.17712519X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5656-0.0718-0.85030.0978-0.03681.1167-0.02320.1503-0.1679-0.3329-0.0002-0.04250.154-0.1818-0.00170.18690.019-0.01620.16510.00720.14955.668-3.8462-14.1441
20.38430.00140.37130.75290.26190.2169-0.2616-0.2586-0.01730.00730.2407-0.1261-0.4460.0474-0.00070.20520.00780.01220.19330.00680.158510.01446.7924-7.6769
30.202-0.1013-0.0920.3428-0.24850.3497-0.0644-0.0007-0.2539-0.5462-0.2095-0.870.2070.4157-0.03270.25610.05570.06250.32830.06170.343722.7491.298-4.657
40.10860.0504-0.09080.11490.14010.4090.1263-0.0918-0.70480.1208-0.1958-0.13770.22270.0321-0.01270.22460.0012-0.04230.22160.02810.259316.235-10.305-10.851
50.4097-0.0852-0.52790.5175-0.02630.85830.0645-0.05350.058-0.0819-0.0359-0.106-0.0735-0.06360.01410.13680.024-0.00480.1389-0.00630.161813.057-8.695-4.155
61.16290.5333-0.36412.4725-0.55840.2052-0.8636-0.32960.0407-1.1860.56370.0487-0.29440.587-0.04270.3675-0.0862-0.04550.42290.01350.1859-2.7960.086-6.467
70.0795-0.08710.02780.04850.00940.00630.09590.18680.0270.18430.1477-0.2393-0.11810.49220.00040.39440.0365-0.01880.2106-0.05350.316-1.6448.586-16.738
80.4484-0.26960.79980.3002-0.15232.8012-0.1023-0.08360.14010.1487-0.02920.2038-0.0236-0.05420.02270.145-0.04210.04080.1538-0.01110.211713.404114.4997-27.6276
90.33780.4180.2040.95210.26930.1636-0.0288-0.1659-0.09550.66890.04230.72620.28730.0052-0.00650.2289-0.0360.03120.22540.02450.15716.72135.0039-28.9111
100.01690.00420.02990.00350.00710.0332-0.1079-0.4044-0.09430.6836-0.151-0.18440.04640.05670.00040.3057-0.02580.05340.25430.01650.429113.9652-1.6225-26.8034
110.24130.2201-0.66670.2506-0.68932.09570.0901-0.102-0.00790.36410.1213-0.0630.2238-0.27340.04610.24890.0075-0.00090.1995-0.03480.271915.507-6.069-31.738
120.2569-0.16940.00140.13640.09330.119-0.12480.4656-0.1641-0.16930.0806-0.2394-0.06750.1189-0.00040.18280.0192-0.01010.17850.01240.194119.26021.8732-33.2393
130.4209-0.2505-0.21230.2995-0.0590.24710.0542-0.25380.55150.788-0.1173-0.4935-0.10820.01340.00720.3695-0.0015-0.09390.28360.04180.216230.7756.678-27.058
140.08530.02370.17930.01080.02020.32180.13940.55120.4404-0.0836-0.2286-0.16680.25590.2136-0.0290.1477-0.0199-0.04030.18770.05760.30620.65117.611-26.737
150.29510.34270.35480.4136-0.24620.9045-0.14320.2984-0.07160.00560.0931-0.0511-0.09390.0412-0.02780.1374-0.01240.00750.1132-0.00130.154421.91214.657-32.606
160.27530.11480.28960.77130.23250.2684-0.0419-0.6505-0.17810.4240.12690.46160.0856-0.1485-0.0390.391-0.09280.08320.2863-0.02340.25885.8384.726-38.973
170.1852-0.36050.10521.4334-0.47741.5275-0.5649-0.0375-1.05440.3921-0.0419-0.39920.29570.3919-0.72720.28820.00280.08870.2583-0.02510.48293.124-3.45-30.104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:26)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 27:53)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 57:61)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 67:79)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 80:107)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 108:114)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 115:121)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 1:13)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 15:26)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 27:31)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 32:38)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 39:53)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 57:61)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 67:79)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 80:107)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 108:114)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 115:121)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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