PDB-4k06: Crystal structure of MTX-II from Bothrops brazili venom complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k06

タイトル

Crystal structure of MTX-II from Bothrops brazili venom complexed with polyethylene glycol

要素

MTX-II

キーワード

TOXIN / Phospholipase A2

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops brazili (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Fernandes, C.A.H. / Comparetti, E.J. / Borges, R.J. / Fontes, M.R.M.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structural bases for a complete myotoxic mechanism: Crystal structures of two non-catalytic phospholipases A2-like from Bothrops brazili venom.
著者: Fernandes, C.A.H. / Comparetti, E.J. / Borges, R.J. / Huancahuire-Vega, S. / Ponce-Soto, L.A. / Marangoni, S. / Soares, A.M. / Fontes, M.R.M.

履歴

登録	2013年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k06.cif.gz	110.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k06.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4k06_validation.pdf.gz	801.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k06_full_validation.pdf.gz	806.9 KB	表示
XML形式データ	4k06_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	4k06_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/4k06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/4k06	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4k09C 2ok9 3cyl 3iq3 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dik-d 3i3i-2 4yz7-d 2ok9-d 3iq3-d 1y4l-d 3cxi-d 2oqd-1 5tfv-d 6b80-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (10)

登録構造単位

A: MTX-II

B: MTX-II

ヘテロ分子

28.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.010, 71.414, 44.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.500, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	MTX-II 分子量: 13753.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops brazili (ヘビ) / 参照: UniProt: I6L8L6*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル分子量: 310.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₇
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING IS ...A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING IS USED IN THIS ENTRY. MANY NUMBERS WERE SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING AND HAVE NOTHING TO DO WITH LACK OF ELECTRON DENSITY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% (w/v) PEG 8000, 0.25M Ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.435 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日
放射	モノクロメーター: Single Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.435 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→20 Å / Num. all: 13821 / Num. obs: 13752 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 5.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→19.017 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.78 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 23.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2362	693	5.04 %
R_work	0.1927	-	-
obs	0.195	13751	95.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.2752 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→19.017 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1837	0	76	251	2164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.861	2607
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.944	734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	328

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0801-2.2404	0.2642	141	0.2167	2599	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2404-2.4655	0.2462	142	0.2005	2669	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4655-2.8212	0.2533	144	0.2029	2628	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8212-3.5507	0.2239	137	0.1917	2643	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5507-19.0175	0.2223	129	0.1771	2519	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5656	-0.0718	-0.8503	0.0978	-0.0368	1.1167	-0.0232	0.1503	-0.1679	-0.3329	-0.0002	-0.0425	0.154	-0.1818	-0.0017	0.1869	0.019	-0.0162	0.1651	0.0072	0.1495	5.668	-3.8462	-14.1441
2	0.3843	0.0014	0.3713	0.7529	0.2619	0.2169	-0.2616	-0.2586	-0.0173	0.0073	0.2407	-0.1261	-0.446	0.0474	-0.0007	0.2052	0.0078	0.0122	0.1933	0.0068	0.1585	10.0144	6.7924	-7.6769
3	0.202	-0.1013	-0.092	0.3428	-0.2485	0.3497	-0.0644	-0.0007	-0.2539	-0.5462	-0.2095	-0.87	0.207	0.4157	-0.0327	0.2561	0.0557	0.0625	0.3283	0.0617	0.3437	22.749	1.298	-4.657
4	0.1086	0.0504	-0.0908	0.1149	0.1401	0.409	0.1263	-0.0918	-0.7048	0.1208	-0.1958	-0.1377	0.2227	0.0321	-0.0127	0.2246	0.0012	-0.0423	0.2216	0.0281	0.2593	16.235	-10.305	-10.851
5	0.4097	-0.0852	-0.5279	0.5175	-0.0263	0.8583	0.0645	-0.0535	0.058	-0.0819	-0.0359	-0.106	-0.0735	-0.0636	0.0141	0.1368	0.024	-0.0048	0.1389	-0.0063	0.1618	13.057	-8.695	-4.155
6	1.1629	0.5333	-0.3641	2.4725	-0.5584	0.2052	-0.8636	-0.3296	0.0407	-1.186	0.5637	0.0487	-0.2944	0.587	-0.0427	0.3675	-0.0862	-0.0455	0.4229	0.0135	0.1859	-2.796	0.086	-6.467
7	0.0795	-0.0871	0.0278	0.0485	0.0094	0.0063	0.0959	0.1868	0.027	0.1843	0.1477	-0.2393	-0.1181	0.4922	0.0004	0.3944	0.0365	-0.0188	0.2106	-0.0535	0.316	-1.644	8.586	-16.738
8	0.4484	-0.2696	0.7998	0.3002	-0.1523	2.8012	-0.1023	-0.0836	0.1401	0.1487	-0.0292	0.2038	-0.0236	-0.0542	0.0227	0.145	-0.0421	0.0408	0.1538	-0.0111	0.2117	13.4041	14.4997	-27.6276
9	0.3378	0.418	0.204	0.9521	0.2693	0.1636	-0.0288	-0.1659	-0.0955	0.6689	0.0423	0.7262	0.2873	0.0052	-0.0065	0.2289	-0.036	0.0312	0.2254	0.0245	0.1571	6.7213	5.0039	-28.9111
10	0.0169	0.0042	0.0299	0.0035	0.0071	0.0332	-0.1079	-0.4044	-0.0943	0.6836	-0.151	-0.1844	0.0464	0.0567	0.0004	0.3057	-0.0258	0.0534	0.2543	0.0165	0.4291	13.9652	-1.6225	-26.8034
11	0.2413	0.2201	-0.6667	0.2506	-0.6893	2.0957	0.0901	-0.102	-0.0079	0.3641	0.1213	-0.063	0.2238	-0.2734	0.0461	0.2489	0.0075	-0.0009	0.1995	-0.0348	0.2719	15.507	-6.069	-31.738
12	0.2569	-0.1694	0.0014	0.1364	0.0933	0.119	-0.1248	0.4656	-0.1641	-0.1693	0.0806	-0.2394	-0.0675	0.1189	-0.0004	0.1828	0.0192	-0.0101	0.1785	0.0124	0.1941	19.2602	1.8732	-33.2393
13	0.4209	-0.2505	-0.2123	0.2995	-0.059	0.2471	0.0542	-0.2538	0.5515	0.788	-0.1173	-0.4935	-0.1082	0.0134	0.0072	0.3695	-0.0015	-0.0939	0.2836	0.0418	0.2162	30.775	6.678	-27.058
14	0.0853	0.0237	0.1793	0.0108	0.0202	0.3218	0.1394	0.5512	0.4404	-0.0836	-0.2286	-0.1668	0.2559	0.2136	-0.029	0.1477	-0.0199	-0.0403	0.1877	0.0576	0.306	20.651	17.611	-26.737
15	0.2951	0.3427	0.3548	0.4136	-0.2462	0.9045	-0.1432	0.2984	-0.0716	0.0056	0.0931	-0.0511	-0.0939	0.0412	-0.0278	0.1374	-0.0124	0.0075	0.1132	-0.0013	0.1544	21.912	14.657	-32.606
16	0.2753	0.1148	0.2896	0.7713	0.2325	0.2684	-0.0419	-0.6505	-0.1781	0.424	0.1269	0.4616	0.0856	-0.1485	-0.039	0.391	-0.0928	0.0832	0.2863	-0.0234	0.2588	5.838	4.726	-38.973
17	0.1852	-0.3605	0.1052	1.4334	-0.4774	1.5275	-0.5649	-0.0375	-1.0544	0.3921	-0.0419	-0.3992	0.2957	0.3919	-0.7272	0.2882	0.0028	0.0887	0.2583	-0.0251	0.4829	3.124	-3.45	-30.104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 27:53)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 57:61)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 67:79)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 80:107)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 108:114)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 115:121)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 1:13)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 15:26)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 27:31)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 32:38)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 39:53)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 57:61)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 67:79)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 80:107)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 108:114)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 115:121)

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)