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- PDB-4jyt: Crystal Structure of Matriptase in complex with Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jyt
タイトルCrystal Structure of Matriptase in complex with Inhibitor
要素Suppressor of tumorigenicity 14 protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / MATRIPTASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


matriptase / epithelial cell morphogenesis involved in placental branching / Formation of the cornified envelope / keratinocyte differentiation / serine-type peptidase activity / neural tube closure / protein catabolic process / basolateral plasma membrane / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity ...matriptase / epithelial cell morphogenesis involved in placental branching / Formation of the cornified envelope / keratinocyte differentiation / serine-type peptidase activity / neural tube closure / protein catabolic process / basolateral plasma membrane / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, matripase / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily ...Peptidase S1A, matripase / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N4A / Suppressor of tumorigenicity 14 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Subramanya, H.S. / Ravi, B.C. / Ashok, K.N. / Chakshusmathi, G. / Ramesh, K.S.
引用ジャーナル: ACS MED.CHEM.LETT. / 年: 2013
タイトル: Discovery of Pyridyl Bis(oxy)dibenzimidamide Derivatives as Selective Matriptase Inhibitors
著者: Goswami, R. / Mukherjee, S. / Wohlfahrt, G. / Ghadiyaram, C. / Nagaraj, J. / Chandra, B.R. / Sistla, R.K. / Satyam, L.K. / Samiulla, D.S. / Moilanen, A. / Subramanya, H.S. / Ramachandra, M.
履歴
登録2013年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of tumorigenicity 14 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0162
ポリマ－26,4641
非ポリマー5531
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.423, 140.658, 51.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1017-

HOH

21A-1026-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of tumorigenicity 14 protein / Matriptase / Membrane-type serine protease 1 / MT-SP1 / Prostamin / Serine protease 14 / Serine ...Matriptase / Membrane-type serine protease 1 / MT-SP1 / Prostamin / Serine protease 14 / Serine protease TADG-15 / Tumor-associated differentially-expressed gene 15 protein


分子量: 26463.756 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 615-855 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ST14, PRSS14, SNC19, TADG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5Y6, matriptase
#2: 化合物 ChemComp-N4A / 4,4'-[{3-[(naphthalen-2-ylsulfonyl)amino]pyridine-2,6-diyl}bis(oxy)]dibenzenecarboximidamide


分子量: 552.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H24N6O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1M Tris, 0.2M MgCl2, 20% PEG8000 , pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 33649 / Num. obs: 15425 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0001精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EAX

1eax


解像度: 2→25.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 4.442 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24755 777 5 %RANDOM
Rwork0.21583 ---
obs0.21742 14647 92.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.854 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1858 0 40 30 1928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211973
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.962687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77533989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6885243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.07323.61483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47515290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5791512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.21823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21019
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2820.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7541.51546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1321.5509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93621936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7113937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3624.5751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.312 61
Rwork0.225 1089

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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