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- PDB-4jws: Crystal structure of Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jws
タイトルCrystal structure of Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex
要素
  • Camphor 5-monooxygenase
  • Putidaredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / P450cam-Pdx complex / redox partners / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


P450-containing electron transport chain / camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / heme binding ...P450-containing electron transport chain / camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Cytochrome P450, B-class / Beta-grasp domain superfamily / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. ...Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Cytochrome P450, B-class / Beta-grasp domain superfamily / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Camphor 5-monooxygenase / Putidaredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Tripathi, S.M. / Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structural basis for effector control and redox partner recognition in cytochrome P450.
著者: Tripathi, S. / Li, H. / Poulos, T.L.
履歴
登録2013年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Camphor 5-monooxygenase
B: Camphor 5-monooxygenase
C: Putidaredoxin
D: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,93612
ポリマ－117,7114
非ポリマー2,2258
水4,161231
1
A: Camphor 5-monooxygenase
C: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9686
ポリマ－58,8562
非ポリマー1,1134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Camphor 5-monooxygenase
D: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9686
ポリマ－58,8562
非ポリマー1,1134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.590, 106.720, 88.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Camphor 5-monooxygenase / Cytochrome P450-cam / Cytochrome P450cam


分子量: 46597.715 Da / 分子数: 2 / 変異: K344C, C334A, C59S, C86S, C137S, C286S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camC, cyp101 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase
#2: タンパク質 Putidaredoxin / PDX


分子量: 12257.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00259

-
非ポリマー , 5種, 239分子

#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-1N0 / 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione / bis(maleimido)hexane, bound form / 1,1′-(1,6-ヘキサンジイル)ビス(2,5-ピロリジンジオン)


分子量: 280.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N2O4
#6: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.02 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→54.8 Å / Num. obs: 55488 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.792 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2CPP AND 1XLO

2cpp

1xlo


解像度: 2.15→54.799 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 2775 5.01 %
Rwork0.1751 --
obs0.1776 55382 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→54.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7787 0 136 231 8154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25611063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9652999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.18710.28251310.23122640X-RAY DIFFRACTION100
2.1871-2.22680.30661240.24192651X-RAY DIFFRACTION100
2.2268-2.26970.36971540.28792542X-RAY DIFFRACTION98
2.2697-2.3160.26861200.23942640X-RAY DIFFRACTION99
2.316-2.36640.23491560.20662581X-RAY DIFFRACTION100
2.3664-2.42140.26441430.19732639X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.4820.27391260.19772640X-RAY DIFFRACTION100
2.482-2.54910.28881230.20372620X-RAY DIFFRACTION100
2.5491-2.62410.22471590.19392637X-RAY DIFFRACTION100
2.6241-2.70880.29321330.20152607X-RAY DIFFRACTION100
2.7088-2.80560.28661390.20142626X-RAY DIFFRACTION100
2.8056-2.91790.27271300.20292638X-RAY DIFFRACTION100
2.9179-3.05070.27021630.20152614X-RAY DIFFRACTION100
3.0507-3.21150.23961240.18682647X-RAY DIFFRACTION100
3.2115-3.41270.2421550.18282617X-RAY DIFFRACTION100
3.4127-3.67610.24371370.16562623X-RAY DIFFRACTION99
3.6761-4.0460.2011410.14692624X-RAY DIFFRACTION100
4.046-4.63120.17551450.13352652X-RAY DIFFRACTION100
4.6312-5.83380.17991390.14932661X-RAY DIFFRACTION100
5.8338-54.81710.16771330.15812708X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9045-0.59030.44112.2964-0.59112.55070.0329-0.0045-0.3335-0.2045-0.00280.47760.2316-0.04010.01060.1990.00660.03470.2673-0.00550.370811.2713-9.464841.4358
22.3918-0.3511-0.81321.23620.83711.7380.19920.04460.21980.2591-0.0007-0.14340.0613-0.1156-0.19520.43750.0898-0.06670.34240.02340.280331.5372-25.65321.7854
37.342-1.8666-1.00453.36660.72424.8362-0.0864-0.29870.25440.10450.09041.0794-0.4322-0.35650.01080.36610.10710.02590.31420.02810.6318-0.868916.036338.9406
43.2596-0.74751.36142.0613-2.37115.52670.1166-0.2187-0.33480.04870.047-0.22330.88450.321-0.13280.87890.1877-0.2230.4751-0.02550.41745.4973-49.83577.4651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 10:414)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 10:414)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 1:106)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 1:106)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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