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- PDB-4jwh: Crystal structure of spTrm10(Full length)-SAH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jwh
タイトルCrystal structure of spTrm10(Full length)-SAH complex
要素tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / tRNA MTase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / tRNA binding / nucleolus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta knot - #30 / tRNA (guanine(9)-N(1))-methyltransferase TRM10/TRM10A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, eukaryotic / tRNA methyltransferase TRM10-type domain / tRNA methyltransferase TRM10-type domain superfamily / SAM-dependent methyltransferase TRM10-type domain profile. / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / Alpha/beta knot / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Yan, W. / Shao, Z.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of tRNA m1G9 methyltransferase Trm10: insight into the catalytic mechanism and recognition of tRNA substrate.
著者: Shao, Z. / Yan, W. / Peng, J. / Zuo, X. / Zou, Y. / Li, F. / Gong, D. / Ma, R. / Wu, J. / Shi, Y. / Zhang, Z. / Teng, M. / Li, X. / Gong, Q.
履歴
登録2013年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase
B: tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1284
ポリマ－73,3592
非ポリマー7692
水2,648147
1
A: tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0642
ポリマ－36,6801
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0642
ポリマ－36,6801
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.825, 45.653, 66.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase / tRNA methyltransferase 10 / tRNA(m1G9)-methyltransferase / tRNA(m1G9)MTase


分子量: 36679.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPAC6B12.09, trm10 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O14214, tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15% PEG 8000, 0.1M Na acetate, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月6日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 20.24 / 数: 77428 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.28 / D res high: 2.04 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 21488 / % possible obs: 97.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.395097.510.0321.0873.4
3.494.3998.310.0421.1433.6
3.053.4998.110.0541.3363.6
2.773.0597.910.081.2683.6
2.572.7797.910.1081.3173.6
2.422.5797.410.1511.2633.6
2.32.429710.1961.3743.7
2.22.39710.2581.4163.6
2.112.296.810.3411.3233.7
2.042.1195.110.4351.2323.6
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 22084 / Num. obs: 21488 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.04-2.113.60.435195.1
2.11-2.23.70.341196.8
2.2-2.33.60.258197
2.3-2.423.70.196197
2.42-2.573.60.151197.4
2.57-2.773.60.108197.9
2.77-3.053.60.08197.9
3.05-3.493.60.054198.1
3.49-4.393.60.042198.3
4.39-503.40.032197.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.43 Å
Translation2.5 Å37.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→32.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 5.036 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.2634 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25667 1097 5.1 %RANDOM
Rwork0.19788 ---
obs0.20102 20378 97.12 %-
all-22084 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→32.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2932 0 52 147 3131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223056
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9754137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9185363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.98424.765149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9915547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4411520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8281.51832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57422964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25931224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6684.51172
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.037→2.089 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 82 -
Rwork0.219 1414 -
obs--92.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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