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- PDB-4jw2: Selection of specific protein binders for pre-defined targets fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jw2
タイトルSelection of specific protein binders for pre-defined targets from an optimized library of artificial helicoidal repeat proteins (alphaRep)
要素
  • A3 artificial protein
  • bA3-2: binder of A3 protein
キーワードDE NOVO PROTEIN/protein binding / alpha-helical proteins / Proteins engineered to bind to various partners / DE NOVO PROTEIN-protein binding complex
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Guellouz, A. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / Chevrel, A. / Graille, M. / Fourati-Kammoun, Z. / Desmadril, M. / van Tilbeurgh, H. / Minard, P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Selection of Specific Protein Binders for Pre-Defined Targets from an Optimized Library of Artificial Helicoidal Repeat Proteins (alphaRep).
著者: Guellouz, A. / Valerio-Lepiniec, M. / Urvoas, A. / Chevrel, A. / Graille, M. / Fourati-Kammoun, Z. / Desmadril, M. / van Tilbeurgh, H. / Minard, P.
履歴
登録2013年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A3 artificial protein
B: bA3-2: binder of A3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3585
ポリマ－34,1722
非ポリマー1863
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.760, 87.760, 77.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 A3 artificial protein


分子量: 11947.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pQE81L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 bA3-2: binder of A3 protein


分子量: 22224.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pQE81L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 8% (w/v) PEG 2,000 MME, 100 mM Na acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月29日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 24720 / Num. obs: 24498 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 36.05 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.566 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LTM

3ltm


解像度: 1.9→28.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9204 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 1242 5.09 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
all0.1954 24720 --
obs0.1954 24407 --
原子変位パラメータBiso mean: 48.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.5317 Å20 Å20 Å2
2---9.5317 Å20 Å2
3---19.0633 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.261 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2035 0 12 146 2193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012078HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.022796HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d755SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes302HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2078HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.52
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion264SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2614SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 132 4.53 %
Rwork0.2725 2785 -
all0.2726 2917 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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