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- PDB-4jvu: IgM C2-domain from mouse -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jvu
タイトルIgM C2-domain from mouse
要素Ig mu chain C region membrane-bound form
キーワードPROTEIN BINDING / Immunoglobulin M / antibody / oligomerization / Immunoglobulin fold / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / : / IgM B cell receptor complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / B cell receptor complex / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of B cell activation / B cell affinity maturation ...CD22 mediated BCR regulation / : / IgM B cell receptor complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / B cell receptor complex / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of B cell activation / B cell affinity maturation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / regulation of cell morphogenesis / regulation of immunoglobulin production / phagocytosis, engulfment / B cell activation / B cell proliferation / antigen processing and presentation / positive regulation of endocytosis / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of B cell proliferation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / MAPK cascade / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of MAPK cascade / membrane => GO:0016020 / blood microparticle / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant mu / Immunoglobulin heavy constant mu
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Mueller, R. / Graewert, A.M. / Kern, T. / Madl, T. / Peschek, J. / Sattler, M. / Groll, M. / Buchner, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: High-resolution structures of the IgM Fc domains reveal principles of its hexamer formation.
著者: Muller, R. / Grawert, M.A. / Kern, T. / Madl, T. / Peschek, J. / Sattler, M. / Groll, M. / Buchner, J.
履歴
登録2013年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig mu chain C region membrane-bound form
B: Ig mu chain C region membrane-bound form


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5392
ポリマ－25,5392
非ポリマー00
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.440, 44.780, 54.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-456-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.084094, -0.335465, -0.938292), (-0.292768, -0.908386, 0.298534), (-0.952478, 0.249597, -0.174603)19.93882, -6.364, 25.07184

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要素

#1: タンパク質 Ig mu chain C region membrane-bound form


分子量: 12769.625 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 103-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igh-6 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01873, UniProt: P01872*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 1.0 M LiCl, 0.1 M MES, 23% PEG 6000, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月13日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→40 Å / Num. all: 48547 / Num. obs: 48207 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.3→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O0V

1o0v


解像度: 1.3→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.448 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16814 2411 5 %RANDOM
Rwork0.13779 ---
all0.141 45796 --
obs0.1393 45796 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å2-0 Å2-0.51 Å2
2--1.99 Å2-0 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1615 0 0 291 1906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021653
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.9652256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9073.0033676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8495202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.95624.60363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.2715276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.544157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02344
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.07533246
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.714590
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.35253409
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.333 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 176 -
Rwork0.158 3347 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0084-0.0029-0.00680.00860.00140.0056-0.0007-0.0004-0.00060.00020.00030.00080.00110.00030.00040.00850.00050.00090.0001-0.00050.00717.4001-11.313313.6122
20.01680.00190.00240.00920.00340.03040.00010.0007-0.00110.00080.0002-0.0009-0.00120.0026-0.00030.0076-0.00090.00120.00040.00030.006711.49113.01983.4642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A224 - 337
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 560
3X-RAY DIFFRACTION2B230 - 338
4X-RAY DIFFRACTION2B401 - 531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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