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- PDB-4jvp: Three dimensional structure of broadly neutralizing anti - Hepati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jvp
タイトルThree dimensional structure of broadly neutralizing anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 alpaca nanobody D03
要素Anti-HCV E2 alpaca nanobody D03
キーワードIMMUNE SYSTEM / Heavy-chain antibody / nanobody / Immunoglobulin fold / Antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Krey, T. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Hepatology / 年: 2013
タイトル: An alpaca nanobody inhibits hepatitis C virus entry and cell-to-cell transmission.
著者: Tarr, A.W. / Lafaye, P. / Meredith, L. / Damier-Piolle, L. / Urbanowicz, R.A. / Meola, A. / Jestin, J.L. / Brown, R.J. / McKeating, J.A. / Rey, F.A. / Ball, J.K. / Krey, T.
履歴
登録2013年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-HCV E2 alpaca nanobody D03
B: Anti-HCV E2 alpaca nanobody D03
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,08712
ポリマ－31,1262
非ポリマー96110
水2,378132
1
A: Anti-HCV E2 alpaca nanobody D03
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0446
ポリマ－15,5631
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Anti-HCV E2 alpaca nanobody D03
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0446
ポリマ－15,5631
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area13060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.806, 52.806, 182.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: 抗体 Anti-HCV E2 alpaca nanobody D03


分子量: 15563.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2005mM LiSO4 , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月28日
放射モノクロメーター: LN2 cooled Fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 28387 / Num. obs: 26939 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 23.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4095 / % possible all: 69.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3STB

3stb


解像度: 1.76→44.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9578 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2042 1371 5.1 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
obs0.1834 26863 94.61 %-
all-28367 --
原子変位パラメータBiso mean: 35.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4926 Å20 Å20 Å2
2---1.4926 Å20 Å2
3---2.9851 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.215 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→44.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 0 50 132 2127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012089HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.142848HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d701SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes47HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes320HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2089HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.02
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion263SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2552SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.83 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 84 3.91 %
Rwork0.2022 2063 -
all0.2032 2147 -
obs--94.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.83-9.88250.58657.744-5.33410.49240.3061-0.0413-0.7557-0.3449-0.08710.80520.43890.1391-0.2190.1381-0.0694-0.0691-0.02320.0610.14778.5745-11.4779-7.6826
212.27234.2801-5.55732.4888-2.04050.66770.4522-0.6815-0.26630.1103-0.0537-0.33470.02910.406-0.39850.12190.0341-0.04250.26150.09050.072119.5139-4.45858.6513
31.9481-1.1808-0.49172.9169-1.8966.01320.3350.4523-0.9093-0.52230.11540.14910.5724-0.2397-0.45030.2140.0303-0.03270.2524-0.12490.099613.365-8.5305-12.2114
42.3049-1.51354.59851.02512.04464.21030.22510.38-0.2005-0.18450.2207-0.01990.25031.3837-0.44580.053-0.0217-0.02130.104-0.0087-0.04219.9443-1.8082-17.1415
52.7059-3.3212-6.08589.35051.12460-0.4354-0.3937-0.02440.6616-0.00010.0191-0.21120.28530.4355-0.02870.0222-0.02440.1018-0.008-0.07756.32434.23152.6708
67.8653-0.8044-3.435-2.2669-0.1825.5915-0.0202-0.31230.4144-0.206-0.00640.0557-0.44270.3520.0266-0.0455-0.0172-0.0215-0.0558-0.0257-0.02828.14145.902-3.9878
78.869-2.094-6.90880.62481.925812.9741-0.06331.2933-0.4551-0.2749-0.1377-0.47810.46340.98290.2010.0528-0.00140.03950.3515-0.0254-0.001215.97610.692-20.0475
88.296-1.97920.27674.4482-2.12319.6448-0.10870.48210.1368-0.02810.087-0.1986-0.47020.34980.0218-0.2173-0.0692-0.0287-0.15340.0321-0.218818.11626.1403-9.9207
95.609-1.26261.632410.64487.66330.6289-0.39140.70650.477-0.45960.1457-0.4179-0.08460.57250.2457-0.1971-0.03570.0036-0.0540.0665-0.20721.40272.1287-5.7741
102.92821.4702-7.67145.01582.07849.5042-0.05671.0703-1.0195-0.85770.0998-0.40630.94460.4453-0.04310.25010.1596-0.00630.2648-0.19180.020517.6443-11.0316-15.4439
114.36174.76817.814512.3076-1.861110.23750.3761-0.6615-0.18170.1569-0.37670.08640.2606-0.21090.0006-0.09020.00030.00050.0832-0.0246-0.061619.8356-3.7326-3.7956
1215.77594.1357-0.1094-0.4831-0.39272.85680.20280.32010.31650.1515-0.24-0.0522-0.31640.01180.0372-0.08920.00270.0303-0.0241-0.0114-0.109819.61252.5984.5307
133.48041.53272.13490.6097-0.39273.7705-0.0673-0.09980.0018-0.11380.01710.06370.1314-0.05850.0502-0.11780.00930.0046-0.04450.0142-0.13589.2631-1.7239-1.7593
146.69763.713-4.62439.1512-1.00021.9827-0.08330.37190.2144-0.45660.20120.06430.1416-0.0903-0.1179-0.0223-0.045-0.02180.04830.0472-0.08457.26832.7014-18.5914
1511.3751-5.6831.11348.0076-5.18144.9276-0.0884-0.52440.99720.36330.44760.4003-0.5154-0.3754-0.35920.0060.001-0.02080.01260.03020.09535.47858.5018-11.6038
165.31780.2757-0.8759-1.4394-1.76835.5494-0.1383-0.04540.37680.22480.08960.1467-0.48240.080.0486-0.1638-0.0449-0.0115-0.12580.0282-0.23521.39910.5597-11.8534
171.56340.02424.42451.28562.99317.96720.1438-0.4263-0.233-0.208-0.14170.0970.3854-0.2217-0.0021-0.1474-0.0265-0.0137-0.1080.0372-0.22359.0571-6.40451.0201
18-0.2616-0.3323-4.21256.2734-4.33958.5043-0.1576-0.3609-0.31150.6253-0.33110.02850.19380.92280.4887-0.17320.00950.0245-0.00340.1009-0.221117.4794-6.715514.6469
198.38014.41196.875812.8114-0.240910.59790.3142-0.14790.76110.4512-0.1524-0.334-0.1431.0937-0.1618-0.229-0.03450.0719-0.2374-0.0467-0.0921-5.650512.4968-14.39
202.92262.63522.63874.40642.70263.49950.397-0.32190.38360.06110.11720.3182-0.306-0.3256-0.5142-0.19330.0620.0612-0.0948-0.0881-0.2155-17.96866.37675.9078
218.98211.4122-3.85384.3892-4.03327.3030.50770.0280.67610.4188-0.11650.1607-0.5323-0.1763-0.3911-0.18920.02530.0206-0.08380.0078-0.2458-19.41937.356-2.1486
22-1.78411.955-6.79392.85210.18339.11210.2934-0.0887-0.4968-0.25970.1365-0.1523-0.59780.3035-0.4298-0.06620.05640.08340.02850.0604-0.0544-9.55939.2606-19.3751
233.09642.76531.10248.0862-5.43068.5416-0.04420.54580.1534-1.29110.2234-0.0115-0.034-1.1414-0.17920.098-0.03460.00450.02390.0136-0.1639-11.16631.9776-21.5288
2410.5399-2.1815-6.76073.39470.65738.55850.1763-0.18670.296-0.20740.06770.01450.2297-0.2528-0.244-0.1882-0.03010.0227-0.1458-0.0328-0.2012-9.3031-0.6182-4.5668
255.09070.03464.55181.77280.86372.83570.0019-0.4785-0.14460.1527-0.0014-0.0460.4369-0.6313-0.0005-0.1562-0.01630.0253-0.06930.0259-0.19-7.1852-6.0595-1.2472
2611.63931.84055.37475.4879-0.204414.2184-0.24641.14240.3561-0.30380.11050.4848-0.6256-0.140.1359-0.0798-0.0464-0.04860.10350.0294-0.1805-15.5218-0.768-19.7724
276.5208-2.1485-1.6956.29410.303816.5216-0.23160.3658-0.6111-0.1212-0.14610.48150.7021-0.60510.3777-0.3099-0.06510.0052-0.2049-0.0602-0.2346-19.0344-6.5308-9.9764
286.40860.6046-3.65796.6442-5.27341.9874-0.24250.378-0.3991-0.13520.14180.2933-0.0286-0.57470.1007-0.2719-0.0071-0.022-0.1527-0.027-0.3048-21.8595-1.0575-5.8561
290.92140.2037.96840.2484-2.139311.44130.1611.38380.9779-0.7378-0.22990.486-0.6459-0.20220.06890.09730.15450.02420.18970.2086-0.0548-18.662510.5787-15.643
30-3.8582.2274-5.94943.858-1.35655.96710.4839-0.2399-0.03140.0531-0.2110.2321-0.13530.2522-0.2729-0.1946-0.0093-0.00460.02430.024-0.1218-21.62461.9645-1.077
3115.1631.6707-5.6671-0.30450.49563.5471-0.0578-0.3525-0.66730.22710.09250.0150.17330.1573-0.0347-0.06180.0006-0.01180.05990.0174-0.084-14.1538-2.41954.5949
326.41420.4697-6.52613.71232.985413.30830.073-0.0042-0.0079-0.13080.1715-0.0694-0.4995-0.1366-0.2444-0.08590.00250.0019-0.0563-0.0334-0.1053-8.34852.9176-7.0057
335.0866-4.30795.02046.75332.20474.619-0.01860.40210.0672-0.80740.4092-0.1915-0.1456-0.0497-0.3906-0.054-0.09810.03510.0234-0.0824-0.1727-7.6364-3.931-18.6434
347.69842.91840.29299.977-3.270515.9646-0.09120.1991-0.4434-0.16650.0174-0.17970.54640.30850.0738-0.1306-0.01310.0277-0.1171-0.051-0.1021-8.0929-8.1596-10.9124
353.491-0.1853-3.4612-0.3644-3.22631.81650.1276-0.0715-0.41990.3117-0.1080.2539-0.08930.4115-0.0196-0.0209-0.0370.0110.0358-0.0156-0.1223-2.0106-4.7135-13.8586
366.14622.5748-2.25720.9244-7.81585.28460.3035-0.12890.1264-0.0859-0.256-0.0013-1.06540.1771-0.0476-0.1277-0.05660.0274-0.1449-0.0267-0.1876-3.85185.718-7.5329
37-3.07462.05765.5225.1831.17952.2442-0.1697-0.27060.06480.2246-0.20490.1655-0.1576-0.57250.3746-0.14210.0235-0.02930.0445-0.0601-0.1842-15.85586.188711.0929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|5 - B|11 }B5 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|12 - B|18 }B12 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|19 - B|31 }B19 - 31
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|32 - B|39 }B32 - 39
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6X-RAY DIFFRACTION6{ B|46 - B|51 }B46 - 51
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|52 - B|58 }B52 - 58
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|59 - B|66 }B59 - 66
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|67 - B|73 }B67 - 73
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|74 - B|82 }B74 - 82
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|83 - B|85 }B83 - 85
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|86 - B|91 }B86 - 91
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|92 - B|99 }B92 - 99
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|100 - B|105 }B100 - 105
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|106 - B|114 }B106 - 114
16X-RAY DIFFRACTION16{ B|115 - B|120 }B115 - 120
17X-RAY DIFFRACTION17{ B|121 - B|126 }B121 - 126
18X-RAY DIFFRACTION18{ B|127 - B|132 }B127 - 132
19X-RAY DIFFRACTION19{ A|3 - A|8 }A3 - 8
20X-RAY DIFFRACTION20{ A|9 - A|17 }A9 - 17
21X-RAY DIFFRACTION21{ A|18 - A|23 }A18 - 23
22X-RAY DIFFRACTION22{ A|24 - A|31 }A24 - 31
23X-RAY DIFFRACTION23{ A|32 - A|37 }A32 - 37
24X-RAY DIFFRACTION24{ A|38 - A|41 }A38 - 41
25X-RAY DIFFRACTION25{ A|42 - A|51 }A42 - 51
26X-RAY DIFFRACTION26{ A|52 - A|56 }A52 - 56
27X-RAY DIFFRACTION27{ A|58 - A|67 }A58 - 67
28X-RAY DIFFRACTION28{ A|68 - A|73 }A68 - 73
29X-RAY DIFFRACTION29{ A|74 - A|82 }A74 - 82
30X-RAY DIFFRACTION30{ A|83 - A|88 }A83 - 88
31X-RAY DIFFRACTION31{ A|89 - A|95 }A89 - 95
32X-RAY DIFFRACTION32{ A|96 - A|100 }A96 - 100
33X-RAY DIFFRACTION33{ A|101 - A|106 }A101 - 106
34X-RAY DIFFRACTION34{ A|107 - A|111 }A107 - 111
35X-RAY DIFFRACTION35{ A|112 - A|117 }A112 - 117
36X-RAY DIFFRACTION36{ A|118 - A|123 }A118 - 123
37X-RAY DIFFRACTION37{ A|124 - A|132 }A124 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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