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- PDB-4jvh: Structure of the star domain of quaking protein in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jvh
タイトルStructure of the star domain of quaking protein in complex with RNA
要素
  • Protein quaking
  • RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / STAR domain / RNA regulator / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macrophage differentiation / internal N(7)-methylguanine-containing RNA reader activity / negative regulation of miRNA catabolic process / myofibroblast contraction / negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / spliceosome-depend formation of circular RNA / regulation of astrocyte differentiation / vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of macrophage differentiation / positive regulation of myelination ...regulation of macrophage differentiation / internal N(7)-methylguanine-containing RNA reader activity / negative regulation of miRNA catabolic process / myofibroblast contraction / negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / spliceosome-depend formation of circular RNA / regulation of astrocyte differentiation / vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of macrophage differentiation / positive regulation of myelination / regulation of epithelial to mesenchymal transition / intracellular mRNA localization / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / microglia differentiation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / mRNA stabilization / long-chain fatty acid biosynthetic process / negative regulation of cold-induced thermogenesis / miRNA binding / negative regulation of type I interferon production / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / spermatid development / mRNA transport / vasculogenesis / myelination / negative regulation of angiogenesis / mRNA 3'-UTR binding / SH3 domain binding / cytoplasmic stress granule / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / transcription coactivator activity / negative regulation of translation / mRNA binding / synapse / positive regulation of gene expression / DNA binding / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein quaking, putative nuclear localisation signal / Putative nuclear localisation signal of quaking / STAR protein, homodimerisation region / Homodimerisation region of STAR domain protein / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily ...Protein quaking, putative nuclear localisation signal / Putative nuclear localisation signal of quaking / STAR protein, homodimerisation region / Homodimerisation region of STAR domain protein / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / KH domain-containing RNA-binding protein QKI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.501 Å
データ登録者Teplova, M. / Hafner, M. / Teplov, D. / Essig, K. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: Structure-function studies of STAR family Quaking proteins bound to their in vivo RNA target sites.
著者: Teplova, M. / Hafner, M. / Teplov, D. / Essig, K. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein quaking
D: RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8304
ポリマ－27,6382
非ポリマー1922
水00
1
A: Protein quaking
D: RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Protein quaking
D: RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6608
ポリマ－55,2764
非ポリマー3844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
2
A: Protein quaking
D: RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Protein quaking
D: RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6608
ポリマ－55,2764
非ポリマー3844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area6010 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.634, 98.634, 103.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Protein quaking / Hqk / HqkI


分子量: 24202.705 Da / 分子数: 1 / 断片: STAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QKI, HKQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96PU8
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 3435.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 120.13 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.501→19.73 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.81 / FOM work R set: 0.7236 / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.91 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3156 397 9.97 %random
Rwork0.2429 ---
obs0.2496 3983 98.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 427.48 Å2 / Biso mean: 101.9961 Å2 / Biso min: 6.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.501→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1412 170 10 0 1592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8712222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.501670
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5009-4.00380.34551270.26261139126697
4.0038-5.03050.3231300.26051179130999
5.0305-19.73040.30351400.2291268140899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30520.1019-0.14470.4222-0.14210.1428-1.28940.50042.31850.98040.135-0.7565-0.29630.6671-0.2562-0.3194-0.2011-0.3356-0.119-1.0855-2.545448.446949.297948.8075
20.0184-0.0135-0.0223-0.00110.0160.010.2337-0.10050.6125-0.00880.58870.0087-0.0783-0.1263-00.65760.0002-0.24550.4027-0.29981.103242.205455.386351.9189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 203 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 4 through 11 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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