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- PDB-4jtd: Crystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jtd
タイトルCrystal structure of Kv1.2-2.1 paddle chimera channel in complex with Lys27Met mutant of Charybdotoxin
要素
  • Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1
  • Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
  • Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN/toxin / potassium channel / pore blocking toxin / protein-protein complex / trans-enhanced dissociation effect / TRANSPORT PROTEIN-toxin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of action potential / optic nerve structural organization / pinceau fiber / positive regulation of long-term synaptic depression / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / regulation of motor neuron apoptotic process / Voltage gated Potassium channels / clustering of voltage-gated potassium channels / potassium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential ...regulation of action potential / optic nerve structural organization / pinceau fiber / positive regulation of long-term synaptic depression / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / regulation of motor neuron apoptotic process / Voltage gated Potassium channels / clustering of voltage-gated potassium channels / potassium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / positive regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of catecholamine secretion / : / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / paranodal junction / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / potassium ion export across plasma membrane / cholinergic synapse / regulation of protein localization to cell surface / corpus callosum development / proximal dendrite / delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / : / axon initial segment / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / outward rectifier potassium channel activity / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of potassium ion transmembrane transport / myoblast differentiation / vesicle docking involved in exocytosis / Neutrophil degranulation / glutamate receptor signaling pathway / optic nerve development / neuronal cell body membrane / postsynaptic specialization membrane / neuromuscular process / response to L-glutamate / ion channel inhibitor activity / regulation of dopamine secretion / lamellipodium membrane / kinesin binding / action potential / voltage-gated potassium channel activity / positive regulation of protein targeting to membrane / response to axon injury / lateral plasma membrane / defense response to fungus / potassium channel regulator activity / cellular response to nutrient levels / hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of insulin secretion / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / dendrite membrane / sensory perception of pain / potassium ion transmembrane transport / calyx of Held / cellular response to calcium ion / SNARE binding / protein localization to plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / postsynaptic density membrane / potassium ion transport / sarcolemma / cerebral cortex development / protein homooligomerization / cytoplasmic side of plasma membrane / glucose homeostasis / lamellipodium / presynaptic membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / perikaryon / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / neuron projection / endosome / postsynaptic density / defense response to bacterium / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / axon / neuronal cell body / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / cell surface / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv2.1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv2 / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Kv2 voltage-gated K+ channel / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor ...Potassium channel, voltage dependent, Kv2.1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv2 / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Kv2 voltage-gated K+ channel / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / NADP-dependent oxidoreductase domain / Helix Hairpins - #70 / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / Voltage-dependent channel domain superfamily / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-PGW / Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1 / Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Leiurus quinquestriatus hebraeus (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Banerjee, A. / Lee, A. / Campbell, E. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Structure of a pore-blocking toxin in complex with a eukaryotic voltage-dependent K(+) channel.
著者: Banerjee, A. / Lee, A. / Campbell, E. / Mackinnon, R.
履歴
登録2013年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
Y: Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,19432
ポリマ－196,6625
非ポリマー14,53327
水5,639313
1
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)436,23592
ポリマ－384,6998
非ポリマー51,53684
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
2
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1
Y: Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,60633
ポリマ－389,0119
非ポリマー6,59524
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.867, 144.867, 284.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

K

21B-502-

K

31B-503-

K

41B-504-

K

51H-501-

K

61H-502-

K

71H-503-

K

81H-504-

K

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AGBH

#1: タンパク質 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / K(+) channel subunit beta-2 / Kv-beta-2


分子量: 37353.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ckbeta2, Kcnab2, Kcnb3 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P62483
#2: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2, Potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 / RAK / RBK2 / RCK5 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv1.2 / Delayed rectifier potassium ...RAK / RBK2 / RCK5 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv1.2 / Delayed rectifier potassium channel 1 / DRK1 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv2.1


分子量: 58821.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This is a chimeric channel between Kv1.2 and Kv2.1 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcna2, Kcnb1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P63142, UniProt: P15387

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Y

#3: タンパク質・ペプチド Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1 / ChTX-Lq1 / ChTx-a / Charybdotoxin / ChTX


分子量: 4312.013 Da / 分子数: 1 / Fragment: Charybdotoxin / Mutation: K27M / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: K27M mutant
由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus hebraeus (サソリ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13487

-
非ポリマー , 4種, 340分子

#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ONE CHANNEL TETRAMER (GENERATED BY USING THE BIOMT TRANSFORMATIONS ON CHAINS G AND H AS NOTED ABOVE) ...ONE CHANNEL TETRAMER (GENERATED BY USING THE BIOMT TRANSFORMATIONS ON CHAINS G AND H AS NOTED ABOVE) BINDS TO ONE MOLECULE OF TOXIN (CHAIN Y). THE TOXIN CAN BIND IN FOUR DISTINCT ORIENTATIONS ALL OF WHICH ARE PARTIALLY OCCUPIED IN THE LATTICE. THE TOXIN WAS REFINED WITH 1/4 OCCUPANCY WITH ONE ORIENTATION OF THE TOXIN IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE SYMMETRY OPERATIONS AROUND THE 4 FOLD SYMMETRY AXIS GENERATES THE OTHER POSSIBLE THREE ORIENTATIONS. PLEASE SEE PRIMARY CITATION FOR MORE DETAILS.
Has protein modificationY
配列の詳細PROTEIN IN CHAINS B,H IS A CHIMERIC PROTEIN OF RAT KV1.2 AND RAT KV2.1. PLEASE REFER TO THE PRIMARY ...PROTEIN IN CHAINS B,H IS A CHIMERIC PROTEIN OF RAT KV1.2 AND RAT KV2.1. PLEASE REFER TO THE PRIMARY CITATION FOR MORE DETAILS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: PEG 400, POTASSIUM CHLORIDE, TRIS , pH 8.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 97913 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.54-2.5860.80916261.041132.8
2.58-2.637.30.7850181.0481100
2.63-2.687.30.68149801.0861100
2.68-2.747.30.62149971.0761100
2.74-2.87.30.51950021.0921100
2.8-2.867.40.40849951.0991100
2.86-2.937.40.32949931.0961100
2.93-3.017.40.27850151.0841100
3.01-3.17.40.22650071.0931100
3.1-3.27.40.18950171.0661100
3.2-3.317.40.15550561.0521100
3.31-3.457.40.12550431.0761100
3.45-3.67.40.10850311.081100
3.6-3.797.30.09150421.0441100
3.79-4.037.30.08150921.0421100
4.03-4.347.30.07650751.081100
4.34-4.787.20.07551191.0981100
4.78-5.477.20.08251451.1261100
5.47-6.8970.07652191.0251100
6.89-506.80.06254411.106199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.54→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THERE IS A TOXIN MOLECULE BOUND TO THE CHANNEL TETRAMER GENERATED BY FOUR COPIES OF A TOGETHER WITH FOUR COPIES OF B. HOWEVER IT WAS NOT BUILT BECAUSE IT WAS NOT SUFFICIENTLY WELL ORDERED. ...詳細: THERE IS A TOXIN MOLECULE BOUND TO THE CHANNEL TETRAMER GENERATED BY FOUR COPIES OF A TOGETHER WITH FOUR COPIES OF B. HOWEVER IT WAS NOT BUILT BECAUSE IT WAS NOT SUFFICIENTLY WELL ORDERED. RESIDUES 133-144 IN CHAIN B WAS BUILT AS A POLYGLYCINE CHAIN BECAUSE OF LACK OF ADEQUATE ELECTRON DENSITY FOR THE SIDE CHAINS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2346 4406 4.4 %random
Rwork0.21 ---
all-100265 --
obs-93308 93.1 %-
溶媒の処理Bsol: 64.2602 Å2
原子変位パラメータBiso max: 202.68 Å2 / Biso mean: 74.5196 Å2 / Biso min: 18.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.563 Å20 Å20 Å2
2---5.563 Å20 Å2
3---11.127 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11453 0 316 313 12082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.245
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1252
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1752.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.54-2.630.26732490.26626257650665.8
2.63-2.740.30693950.26578371876688.8
2.74-2.860.30694230.24488640906391.8
2.86-3.010.2614450.21758855930093.6
3.01-3.20.25434230.21849103952696.1
3.2-3.450.22284870.20429257974497.6
3.45-3.790.21664890.19469367985698.7
3.79-4.340.20984880.18339480996899.2
4.34-5.470.21155080.186295931010199.3
5.47-500.010.24774990.231999791047898.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6nap_par.txtnap_top.txt
X-RAY DIFFRACTION7pgb_ro10.parpgb.top
X-RAY DIFFRACTION8pca.parpca.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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