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- PDB-4js4: Crystal structure of E. coli Exonuclease I in complex with a dA16... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4js4
タイトルCrystal structure of E. coli Exonuclease I in complex with a dA16 oligonucleotide
要素
  • Exodeoxyribonuclease I
  • dT16 oligonucleotide
キーワードHYDROLASE/DNA / exonuclease / processive / DNA repair / DnaQ superfamily / 3'-5' ssDNA exonuclease / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / DNA replication termination / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / DNA repair / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1240 / Exonuclease ExoI, domain 3 / Exonuclease ExoI, domain 2 / Exodeoxyribonuclease I, C-terminal / Exodeoxyribonuclease I / Exonuclease I, SH3-like domain / Exonuclease I, C-terminal alpha-helical domain / Exonuclease I, SH3-like domain superfamily / Exonuclease C-terminal / Exonuclease I (ExoI) SH3-like domain profile. ...Helix Hairpins - #1240 / Exonuclease ExoI, domain 3 / Exonuclease ExoI, domain 2 / Exodeoxyribonuclease I, C-terminal / Exodeoxyribonuclease I / Exonuclease I, SH3-like domain / Exonuclease I, C-terminal alpha-helical domain / Exonuclease I, SH3-like domain superfamily / Exonuclease C-terminal / Exonuclease I (ExoI) SH3-like domain profile. / Exonuclease I (ExoI) C-terminal domain profile. / Oligoribonuclease / PX Domain / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Monooxygenase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Exodeoxyribonuclease I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bell, C.E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
著者: Korada, S.K. / Johns, T.D. / Smith, C.E. / Jones, N.D. / McCabe, K.A. / Bell, C.E.
履歴
登録2013年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: dT16 oligonucleotide
D: dT16 oligonucleotide
A: Exodeoxyribonuclease I
B: Exodeoxyribonuclease I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,39912
ポリマ－119,6304
非ポリマー7698
水00
1
C: dT16 oligonucleotide
A: Exodeoxyribonuclease I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,58410
ポリマ－59,8152
非ポリマー7698
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area22100 Å2
手法PISA
2
D: dT16 oligonucleotide
B: Exodeoxyribonuclease I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8152
ポリマ－59,8152
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area41040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.413, 91.413, 162.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.988813, -0.138681, 0.054924), (-0.142801, 0.986514, -0.079982), (-0.043092, -0.08693, -0.995282)9.32717, -0.79323, -35.75016

-
要素

#1: DNA鎖 dT16 oligonucleotide


分子量: 4966.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical synthesis
#2: タンパク質 Exodeoxyribonuclease I / Exonuclease I / DNA deoxyribophosphodiesterase / dRPase


分子量: 54848.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: sbcB, cpeA, xonA, b2011, JW1993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04995, exodeoxyribonuclease I
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 5% 2-propanol, 25% glycerol, 1.2M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.786
11-H, K, -L20.214
反射解像度: 3.1→40.6 Å / Num. all: 22917 / Num. obs: 22917 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FXX

1fxx


解像度: 3.1→40.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 24.025 / SU ML: 0.452 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25665 1243 5.1 %RANDOM
Rwork0.2249 ---
obs0.22655 22917 99.79 %-
all-22917 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 108.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-39.62 Å20 Å20 Å2
2--39.62 Å20 Å2
3----79.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7098 611 40 0 7749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0198020
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7141.87111120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.768315752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1165925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.23123.582335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15915989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4871545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.21224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0218878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 103 -
Rwork0.313 1665 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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