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- PDB-4jrg: The 1.9A crystal structure of humanized Xenopus MDM2 with RO53131... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jrg
タイトルThe 1.9A crystal structure of humanized Xenopus MDM2 with RO5313109 - a pyrrolidine MDM2 inhibitor
要素E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / protein-inhibitor complex / pyrrolidine / E3 ubiquitin ligase / P53 / nucleus / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of biological quality / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / regulation of gene expression / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / cell cycle / apoptotic process / nucleolus ...regulation of biological quality / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / regulation of gene expression / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / cell cycle / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I09 / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Graves, B.J. / Janson, C.A. / Lukacs, C.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery of RG7388, a Potent and Selective p53-MDM2 Inhibitor in Clinical Development.
著者: Ding, Q. / Zhang, Z. / Liu, J.J. / Jiang, N. / Zhang, J. / Ross, T.M. / Chu, X.J. / Bartkovitz, D. / Podlaski, F. / Janson, C. / Tovar, C. / Filipovic, Z.M. / Higgins, B. / Glenn, K. / ...著者: Ding, Q. / Zhang, Z. / Liu, J.J. / Jiang, N. / Zhang, J. / Ross, T.M. / Chu, X.J. / Bartkovitz, D. / Podlaski, F. / Janson, C. / Tovar, C. / Filipovic, Z.M. / Higgins, B. / Glenn, K. / Packman, K. / Vassilev, L.T. / Graves, B.
#1: ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2013
タイトル: MDM2 small-molecule antagonist RG7112 activates p53 signaling and regresses human tumors in preclinical cancer models.
著者: Tovar, C. / Graves, B. / Packman, K. / Filipovic, Z. / Higgins, B. / Xia, M. / Tardell, C. / Garrido, R. / Lee, E. / Kolinsky, K. / To, K.H. / Linn, M. / Podlaski, F. / Wovkulich, P. / Vu, B. / Vassilev, L.T.
履歴
登録2013年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7004
ポリマ－19,6632
非ポリマー1,0372
水2,306128
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3502
ポリマ－9,8311
非ポリマー5181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3502
ポリマ－9,8311
非ポリマー5181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.542, 72.796, 43.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-348-

HOH

21A-365-

HOH

詳細FULL-LENGTH PROTEIN IS A DIMER, FORMED BY CONTACTS IN THE C-TERMINAL DOMAIN BUT THE N-TERMINAL DOMAIN ON ITS OWN IS A MONOMER

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Xdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 9831.419 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 21-105) / 変異: I50L, P92H, L95I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: mdm2 / プラスミド: PUBS 520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P56273, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-I09 / (3R,4R,5S)-3-(3-chlorophenyl)-4-(4-chlorophenyl)-4-cyano-N-[(3S)-3,4-dihydroxybutyl]-5-(2,2-dimethylpropyl)-D-prolinamide


分子量: 518.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33Cl2N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS, PH 6.0, 5% PEG 550MME, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月2日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 16829 / Num. obs: 16829 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1609 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
CNX2005精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→28.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 957499.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 853 5.1 %RANDOM
Rwork0.25 ---
all0.252 16827 --
obs0.252 16827 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.837 Å2 / ksol: 0.356919 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.13 Å20 Å24.88 Å2
2---9.55 Å20 Å2
3----6.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1366 0 70 128 1564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.392.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.455 142 5.2 %
Rwork0.435 2587 -
obs--97.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paraprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ro5313109-a.prxro5313109-a.tpx

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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