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- PDB-4jrb: Structure of Cockroach Allergen Bla g 1 Tandem Repeat as a EGFP fusion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jrb
タイトルStructure of Cockroach Allergen Bla g 1 Tandem Repeat as a EGFP fusion
要素Green fluorescent protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Allergen / asthma / new fold / proposed lipid binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Insect allergen-related / Insect allergen related repeat, nitrile-specifier detoxification / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / Chem-PGT / Green fluorescent protein / Major allergen Bla g 1.0101
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Blattella germanica (チャバネゴキブリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.414 Å
データ登録者Mueller, G.A. / Pedersen, L.C. / Lih, F.B. / Glesner, J. / Moon, A.F. / Chapman, M.D. / Tomer, K. / London, R.E.
引用ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2013
タイトル: The novel structure of the cockroach allergen Bla g 1 has implications for allergenicity and exposure assessment.
著者: Mueller, G.A. / Pedersen, L.C. / Lih, F.B. / Glesner, J. / Moon, A.F. / Chapman, M.D. / Tomer, K.B. / London, R.E. / Pomes, A.
履歴
登録2013年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32013年12月25日Group: Database references
改定 1.42017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / struct_ref_seq_dif / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,58310
ポリマ－46,7391
非ポリマー1,8449
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.768, 141.920, 93.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1401-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 46738.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: designed off of pET28a to include a 6HIS-EGFP fusion at the N-terminus with a AAA linker region in between the EGFP and the Blag1
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Blattella germanica (チャバネゴキブリ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pEGFPX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3-RIL / 参照: UniProt: P42212, UniProt: Q9UAM5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE LIGAND DENOTED ADS D12 IS AN UNKNOWN FATTY ACID, WITH THE CLOSEST MATCH ON OBSERVED ATOMS TO ...THE LIGAND DENOTED ADS D12 IS AN UNKNOWN FATTY ACID, WITH THE CLOSEST MATCH ON OBSERVED ATOMS TO DODECANE. THE LIGAND DENOTED AS PGT IS AN UNKNOWN PHOSPHOLIPID. OTHER STUDIES SUGGEST IT IS LIKELY A PHOSPHATIDYL GLYCEROL FROM BACTERIA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Tris, 10% propanol, 20% PEG4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-BM-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月22日
放射モノクロメーター: si (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 23505 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1087 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AI4

3ai4


解像度: 2.414→25.188 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1130 5.03 %random
Rwork0.1976 ---
all0.2 23505 --
obs0.2001 22483 94.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.53 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4782 Å20 Å2-0 Å2
2--7.7264 Å2-0 Å2
3----7.2482 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.414→25.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3110 0 93 100 3303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.084399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7451213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4135-2.52330.38311170.29252127X-RAY DIFFRACTION77
2.5233-2.65620.27671340.25922508X-RAY DIFFRACTION90
2.6562-2.82240.3251390.24712651X-RAY DIFFRACTION94
2.8224-3.040.30461390.23422683X-RAY DIFFRACTION96
3.04-3.34530.25651460.21042784X-RAY DIFFRACTION99
3.3453-3.82790.28481480.20022817X-RAY DIFFRACTION100
3.8279-4.81720.19991510.16562837X-RAY DIFFRACTION100
4.8172-25.1890.20951560.17872946X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11990.0679-0.98211.2452-1.37971.6499-0.01230.49750.4592-0.0404-0.0345-0.0716-0.71920.0115-0.15080.3794-0.0329-0.06180.24030.10180.372-38.7685-18.8382-36.4261
21.7564-0.3355-0.15151.1121-0.54393.3956-0.10620.19010.0504-0.0057-0.0808-0.0812-0.13730.29990.08290.2421-0.063-0.02150.28170.06380.2246-35.5088-26.9628-33.8521
33.4999-1.0133-0.93650.9046-0.0630.41970.07340.91971.2966-0.06430.0291-0.113-0.3485-0.0771-0.02330.42240.0164-0.06290.34580.05170.6586-24.3405-10.103911.3912
42.71331.52350.08710.86610.26384.0804-0.3910.37011.08220.3715-0.31020.3464-1.27350.38680.151.25510.0629-0.04880.85110.47271.0863-19.9357-6.52565.9219
52.4997-0.80110.27431.26520.33410.4244-0.1098-0.11770.05090.48490.0767-0.15930.3338-0.08750.00670.446-0.0087-0.08440.3843-0.07460.3225-25.2494-18.719518.4927
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:73)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 74:231)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 232:1102)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 1103:1113)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 1129:1216)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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