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万見
- PDB-7br3: Crystal structure of the protein 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7br3
タイトルCrystal structure of the protein 1
要素Gonadotropin-releasing hormone receptor,GlgA glycogen synthase,Gonadotropin-releasing hormone receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / helix / transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


gonadotropin secretion / gonadotropin-releasing hormone receptor activity / Hormone ligand-binding receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / cellular response to hormone stimulus / peptide binding / G alpha (q) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gonadotrophin-releasing hormone receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Gonadotrophin-releasing hormone receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl dodecanoate / Chem-F5O / FORMIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Gonadotropin-releasing hormone receptor / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Cheng, L. / Shao, Z.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the human gonadotropin-releasing hormone receptor GnRH1R reveals an unusual ligand binding mode.
著者: Yan, W. / Cheng, L. / Wang, W. / Wu, C. / Yang, X. / Du, X. / Ma, L. / Qi, S. / Wei, Y. / Lu, Z. / Yang, S. / Shao, Z.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gonadotropin-releasing hormone receptor,GlgA glycogen synthase,Gonadotropin-releasing hormone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,58512
ポリマ－60,2831
非ポリマー2,30211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area21880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.964, 73.964, 231.156
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Gonadotropin-releasing hormone receptor,GlgA glycogen synthase,Gonadotropin-releasing hormone receptor / GnRH-R / Glycogen synthase / GnRH-R


分子量: 60283.402 Da / 分子数: 1 / 変異: P128K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Gonadotropin-releasing hormone receptor (UNP residues 1-242), GlgA glycogen synthase (UNP residues 218-413), Gonadotropin-releasing hormone receptor (UNP residues 257-328)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
遺伝子: GNRHR, GRHR, PAB2292 / 株: GE5 / Orsay
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30968, UniProt: Q9V2J8

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非ポリマー , 5種, 11分子

#2: 化合物 ChemComp-1QW / (2R)-2,3-dihydroxypropyl dodecanoate / 1-Lauroyl-rac-glycerol / (-)-1-モノラウリン


分子量: 274.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30O4
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-F5O / 4-[[(1R)-2-[5-(2-fluoranyl-3-methoxy-phenyl)-3-[[2-fluoranyl-6-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-4-methyl-2,6-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-1-phenyl-ethyl]amino]butanoic acid / エラゴリックス


分子量: 631.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H30F5N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: 薬剤, アンタゴニスト, ホルモン*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Na cacodyalte pH 6.0-6.5, 30%-38% PEG400, 150-350 mM NH4NO3
PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 17136 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 878 / CC1/2: 0.53 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S0V

4s0v


解像度: 2.79→31.15 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 1319 9.96 %
Rwork0.243 11930 -
obs0.247 13249 69.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.45 Å2 / Biso mean: 51.29 Å2 / Biso min: 33.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→31.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3638 0 132 0 3770
Biso mean--46.99 --
残基数----470
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.79-2.89830.3978490.348440222
2.8983-3.03010.3584790.297663234
3.0301-3.18970.3416880.32296450
3.1897-3.38930.32811420.2864139273
3.3893-3.65060.28771790.2682166488
3.6506-4.01730.29472210.2386167790
4.0173-4.5970.25152010.2206162385
4.597-5.78570.27761870.2219177991
5.7857-31.150.26111730.2265179786
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.9156 Å / Origin y: 16.2136 Å / Origin z: 16.1147 Å
111213212223313233
T0.4181 Å2-0.0931 Å2-0.0395 Å2-0.3337 Å2-0.0818 Å2--0.275 Å2
L1.3993 °20.2362 °2-1.2769 °2-0.3844 °2-0.4053 °2--2.4101 °2
S-0.0848 Å °-0.0748 Å °-0.0738 Å °-0.063 Å °-0.1263 Å °0.0726 Å °0.0457 Å °-0.1724 Å °0.2091 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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