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- PDB-4jr4: Crystal structure of Mtb DsbA (Oxidized) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jr4
タイトルCrystal structure of Mtb DsbA (Oxidized)
要素Possible conserved membrane or secreted protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thiol:disulfide oxidoreductase / Thioredoxin Fold / Disulfide bond formation / Membrane-anchored
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Possible conserved membrane or secreted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Wang, L.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Structure analysis of the extracellular domain reveals disulfide bond forming-protein properties of Mycobacterium tuberculosis Rv2969c.
著者: Wang, L. / Li, J. / Wang, X. / Liu, W. / Zhang, X.C. / Li, X. / Rao, Z.
履歴
登録2013年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Other
改定 1.22014年6月11日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible conserved membrane or secreted protein
B: Possible conserved membrane or secreted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3016
ポリマ－46,9172
非ポリマー3844
水1,62190
1
A: Possible conserved membrane or secreted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6503
ポリマ－23,4581
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Possible conserved membrane or secreted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6503
ポリマ－23,4581
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.692, 75.009, 119.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Possible conserved membrane or secreted protein / disulfide bond forming-protein A


分子量: 23458.357 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 59-255 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2969c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: O33272
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 28% PEG 2000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate trihydrate, pH 4.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.6 % / Av σ(I) over netI: 12.64 / 数: 97878 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Χ2: 1.06 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 14886 / % possible obs: 97.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385099.910.0731.026.2
4.275.3810010.0751.0766.8
3.734.2799.410.0911.0546.6
3.393.7396.610.1241.0046.5
3.153.3996.710.1621.0376.6
2.963.1595.610.2291.0926.6
2.822.9696.810.3091.0886.6
2.692.8297.310.381.0776.7
2.592.6997.110.4311.086.7
2.52.5997.810.5191.0996.6
反射解像度: 2.498→50 Å / Num. obs: 14886 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.596.60.519197.8
2.59-2.696.70.431197.1
2.69-2.826.70.38197.3
2.82-2.966.60.309196.8
2.96-3.156.60.229195.6
3.15-3.396.60.162196.7
3.39-3.736.50.124196.6
3.73-4.276.60.091199.4
4.27-5.386.80.0751100
5.38-506.20.073199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.498→46.793 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8611 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 708 4.96 %
Rwork0.198 13559 -
obs0.1992 14267 93.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.424 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 98.53 Å2 / Biso mean: 29.435 Å2 / Biso min: 10.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4217 Å2-0 Å20 Å2
2---4.8007 Å20 Å2
3---8.2224 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.498→46.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2906 0 20 90 3016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8264106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1331058
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4981-2.6910.26741220.21722499262189
2.691-2.96180.26191240.23212615273991
2.9618-3.39020.2621700.20972652282294
3.3902-4.27090.22021460.18242790293697
4.2709-46.80120.16671460.18433003314999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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